×

PoCaB公司

swMATH ID: 6416
软件作者： 萨马尔、萨蒂亚·斯瓦鲁普；埃拉米、哈桑；安德烈亚斯·韦伯
描述： PoCaB：探索生物化学反应网络代数方法的软件基础设施给定一个生物化学反应网络，我们讨论了不同的代数实体，例如化学计量矩阵、多项式系统、亏数和通量锥，这些是应用各种代数方法进行定性分析的先决条件。我们根据从两个公开可用的生物数据库（称为Biomodels和KEGG）中获得的示例计算这些实体。计算涉及使用计算机代数工具（例如polco、polymake）。主要由矩阵组成的结果以称为PoCaB（化学和生物数据平台）的衍生数据库的形式排列。我们还提供了一个可视化程序来可视化通量锥的极端电流。我们希望这将有助于发展涉及计算机代数的计算系统生物学相关方法。数据库在url上公开可用{网址：http://pocab.cg.cs.uni-bonn.de/}.
主页： http://pocab.cg.cs.uni-bonn.de/
相关软件： 生物模型;多晶的;z3（零3）;KEGG公司;重新记录;StarExec公司;S评估;CVC4型;符号数据;SMT-LIB公司;SageMath公司;霍马格;间隙;QEPCAD公司;古罗比;科帕西;苏布利米纳;欧内斯特;JSBML公司;KEG转换器
引用于： 7文件

标准文章

1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份
PoCaB：探索生物化学反应网络代数方法的软件基础设施。 Zbl 1373.92002年
萨马尔、萨蒂亚·斯瓦鲁普;哈桑·埃拉米;安德烈亚斯·韦伯
2012
全部的 前5名

15位作者引用

4 德米特里·格里戈列夫
4 安德烈亚斯·古恩特·韦伯
三 萨马尔、萨蒂亚·斯瓦鲁普
2 哈桑·埃拉米
2 霍尔格·弗里奇
2 奥维迪乌·拉杜列斯库
1 马库斯·艾斯沃思
1 弗拉基米尔·彼得罗维奇·格特
1 阿尔伯特·海因勒
1 沃尔夫拉姆·科普夫（Wolfram A.Koepf）。
1 维克托·列万多夫斯基
1 恩斯特·梅尔（Ernst W.Mayr）。
1 Werner M.塞勒。
1 托马斯·斯特姆
1 沃罗佐佐夫，叶夫根尼五世。

引用于4个系列

1 计算物理杂志
1 数学生物学通报
1 计算机科学课堂讲稿
1 计算机代数中的ACM通信
全部的 前5名

在7个字段中引用

5 生物学和其他自然科学（92-XX）
4 计算机科学（68至XX）
2 常微分方程（34-XX）
1 总体主题；集合（00-XX）
1 代数几何（14-XX）
1 数值分析（65-XX）
1 经典热力学，传热（80-XX）

按年份列出的引文