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KEG转换器

swMATH ID: 13870
软件作者: Wrzodek,C.,Dräger,A.,泽尔,A。
描述: KEGGtranslator:将KEGG PATHWAY数据库可视化并转换为各种格式。小结:KEGG PATHWAY数据库为代谢和非代谢途径提供了广泛使用的服务。它包含手动绘制的路径图,其中包含有关基因、反应和关系的信息。为了存储这些路径,KEGG使用KGML,一种专有的XML格式。需要解析器和翻译器来处理路径图,以便在其他应用程序和算法中使用。我们开发了KEGGtranslator,这是一个易于使用的独立应用程序,可以可视化KGML格式的XML文件并将其转换为多种输出格式。与其他翻译人员不同,KEGGtranslator支持过多的输出格式,能够在KGML文档范围之外增加翻译文档(例如MIRIAM注释)中的信息,并将缺失的组件修改为路径中的零碎反应,以便对其进行模拟。可用性:KEGGtranslator可作为Java™Web Start应用程序免费提供,下载网址为http://www.cogsys.cs.uni-tuebingen.de/software/KEGGtranslator/。KGML文件可以从应用程序中下载。
主页: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/27/16/2314.short
相关软件: KEGG公司;Sbml工具箱;算法432;SDE工具箱;科瓦因;苏布利米纳;欧内斯特;JSBML公司;生物模型;元工具;JUNG(郑);牢房设计师;MetaCyc公司;PoCaB公司;JGraphT公司;多晶的
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