生物模型

生物模型数据库:一个自由的,集中的数据库,包括生物化学和细胞系统的定量动力学模型。生物模型数据库(http://www.ebi.ac.uk/biomodels/)作为国际生物模型倡议的一部分,它提供了已发表的、同行评审的、生物化学和细胞系统的定量模型。每一个模型都经过精心策划,以验证其是否符合参考出版物,并给出了适当的数值结果。策展人还用受控词汇表中的术语和其他相关数据资源的链接对模型的组件进行注释。这允许用户准确地搜索他们需要的模型。目前可以用SBML格式检索模型,并且正在开发导入/导出工具来扩展资源支持的格式范围。


zbMATH中的参考文献(参考文献30篇文章)

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按年份排序(引用)
  1. 斯大立德赞,埃吉斯;兰德曼,卡特里娜;苏林斯,朱瑞斯;Sahle,Sven:多重优化运行揭示的动力学模型全球随机优化的误解风险(2019年)
  2. 苏德曼,瑞安;米特拉,埃山D。;林燕婷;埃里克森,基沙E。;冯、宋;Hlavacek,William S.:推广Gillespie的直接方法以实现无网络模拟(2019年)
  3. 布拉德福德,拉塞尔;达文波特,詹姆斯H。;英格兰,马修;埃拉米,哈桑;格特,弗拉基米尔;格里戈里耶夫,迪玛;霍伊特,查尔斯;科斯塔,马雷克;拉杜列斯库,奥维迪乌;斯图姆,托马斯;韦伯,安德烈亚斯:多稳态参数发生的案例研究(2017)
  4. 英格兰,马修;埃拉米,哈桑;格里戈里耶夫,迪玛;拉杜列斯库,奥维迪乌;斯图姆,托马斯;韦伯,安德烈亚斯:生物网络多稳态参数区域的符号与数值计算与可视化(2017)
  5. Johnston,Matthew D.:具有离散状态空间的化学反应网络中灭绝事件的计算方法(2017)
  6. 沙法格哈蒂,莱拉;拉扎吉·莫哈达姆,扎哈拉;Mohammadnejad,Javad:了解酒精性肝病分子机制的系统生物学方法:静态和动态模型的发展(2017)
  7. 纳布利,法顿;马丁内斯,蒂埃里;法吉斯,弗朗索瓦;Soliman,Sylvain:关于使用CLP和SAT解算器在Petri网中枚举最小信标:理论和实践复杂性(2016)
  8. 法吉斯,弗朗索瓦;同性恋,史蒂文;Soliman,Sylvain:从常微分方程推断反应系统(2015)
  9. 海因勒,阿尔伯特;Levandovskyy,Viktor:The\textscSDEvalbenchmarking toolkit(2015年)
  10. 萨玛尔,萨提亚·斯瓦鲁普;格里戈里耶夫,迪玛;弗里奇,霍尔格;Radulescu,Ovidiu:使用热带几何分析反应网络系统(2015)
  11. 萨玛尔,萨提亚·斯瓦鲁普;格里戈里耶夫,迪玛;弗里奇,霍尔格;韦伯,安德烈亚斯;Radulescu,Ovidiu:具有多项式速率函数的生化网络模型简化的几何方法(2015)
  12. 保列夫,洛伊奇;克拉昆,格奥尔赫;Koeppl,Heinz:离散反应网络的动力学性质(2014)
  13. 德马特斯,乔瓦尼;格雷登兹,亚历克斯;Antoniotti,Marco:关于肠隐窝和结直肠癌发展的多细胞系统空间计算模型综述(2013)
  14. 库迪斯,帕纳约蒂斯D。;Goussis,Dimitris A.:酿酒酵母中的糖酵解:稳健性和振荡起源的算法探索(2013)
  15. 坎贝尔,大卫;Steele,Russell J.:非线性微分方程模型的光滑函数回火(2012)
  16. 米克瑞斯基;安娜甘宾:基于模型的稳健JAK-STAT激活机制选择(2012)
  17. 萨玛尔,萨提亚·斯瓦鲁普;埃拉米,哈桑;Weber,Andreas:PoCaB:探索生化反应网络代数方法的软件基础设施(2012)
  18. 刘兵;许,大卫;Thiagarajan,P.S.:基于ODE的生物通路动力学的概率近似(2011)
  19. 米勒,安德鲁K。;你,汤米;布里顿,兰德尔;冷静,迈克·T。;劳森,詹姆斯R。;考恩,道格;加尼,艾伦;哈尔斯特德,马特·D·B。;亨特,彼得J。;尼克森,大卫P。;纳恩斯,杰夫;维马拉特尼,萨拉拉M。;Nielsen,Poul M.F.:修订生物系统计算模型的历史知识库(2011)ioport公司
  20. 利基奇,弗拉基米尔A。;麦康维尔,马尔科姆J。;利奇哥,特雷弗;巴西克,安东尼:系统生物学:生物信息学的下一个前沿(2010)