OGRE公司 swMATH ID: 43118 软件作者： 马琳·巴尔弗特、小罗、厄内斯特娜·豪普特菲尔德、亚历山大·施胡特、巴斯·杜迪尔 描述： OGRE：基于重叠图的宏基因组阅读集群Ering。动机：生活在环境中的微生物可以从组合的基因组材料中识别出来，也称为宏基因组。对宏基因组进行测序可以产生大量的测序读数。减少宏基因组数据集大小的一种很有前途的方法是根据它们的重叠将读数聚类到组中。集群读取对于促进下游分析很有价值，包括计算密集型应变软件组装。由于目前的读聚类方法无法处理高通量元基因组测序产生的大数据集，因此需要一种新的读聚类算法。在本文中，我们提出了OGRE，这是一种基于重叠图的读取集群Ering程序，用于高通量测序数据，重点是鸟枪宏基因组。结果：我们表明，对于小数据集，OGRE在簇中包含的物种数量（也称为簇纯度）以及放置在其中一个簇中的所有读取的分数方面优于其他读取binner。此外，OGRE能够将对其他读取binner来说太大的宏基因组数据集处理成高纯度的集群。结论：OGRE是唯一一种能够在物种特定的集群中成功对大型宏基因组数据集的读取进行聚类的方法，而不会出现计算时间或内存问题。可用性和实现：代码在Github上可用(https://github.com/Marleen1/OGRE网站). 主页： https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/7/905/5900259 源代码： https://github.com/Marleen1/OGRE网站 依赖项： 蟒蛇 相关软件： metaFlye公司;剪影;UMAP公司;快速;MetaQUAST公司;琥珀色;离心机;序列2Vec;LR宾纳;金属BCC LR;MaxBin（最大箱子）;MetaBAT公司;扁圆;hdbs扫描;最小值2;SimLoRD公司;github;PyTorch公司 引用于： 1文件 2位作者引用 1 林，于 1 Wickramarachchi，Anuradha S。 0连载引用 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文