扁圆 swMATH ID: 43117 软件作者： 阿努拉达·维克拉马拉奇；林，于 描述： 宏基因组学使用读-覆盖图对长读进行装箱。宏基因组测序可以直接研究微生物群落，揭示重要信息，如分类和物种相对丰度。宏基因组分类有助于将这些遗传物质分离为不同的分类群。由于读取长度的增加，从第二代测序技术转移到第三代测序方法可以在组装之前将读取数据分为binning。现有的长读装箱工具数量有限，但单个长读的覆盖率估计仍不可靠，在恢复低丰度物种方面面临挑战。在本文中，我们提出了一种使用读覆盖图对二进制长读进行装箱的新方法。读覆盖图（1）能够快速可靠地估计单个长读的覆盖范围；（2） 允许将读取之间的重叠信息合并到装仓过程中；（3） 有助于对不同丰度物种的长读数进行更统一的采样。实验结果表明，我们的新binning方法在长读取时产生了更好的binning结果，并产生了更好地组合，特别是在恢复低丰度物种时。源代码和功能性谷歌Colab笔记本可从url获得{https://www.github.com/anuradhawick/oblr}. 主页： https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-06220-9_15 源代码： https://github.com/anuradhawick/oblr 关键词： 宏基因组装箱；长时间读取；读覆盖图 相关软件： 离心机；MaxBin（最大箱子）；金属BAT；LR宾纳；metaSPAdes（元SPAdes）；图形箱；SPAdes系列；克拉克；海怪；MetaProb公司；metaFlye公司；琥珀色；最小值2；GTDB-Tk公司；检查M；MetaWRAP（元WRAP）；MetaCoAG公司；METAMVGL公司；BMC3C公司；固体垃圾桶 引用于： 4文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 宏基因组学使用读-覆盖图对长读进行装箱。 兹比尔1496.92055阿努拉达·维克拉马拉奇；林，于 2022 3位作者引用 4 林，于 三 Wickramarachchi，Anuradha S。 2 Mallawaarachi，维吉尼G。 0连载引用 在3个字段中引用 4 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 组合数学（05-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文