IntLIM公司 swMATH ID: 28989 软件作者： Jalal K.Siddiqui、Elizabeth Baskin、Mingrui Liu、Carmen Z.Cantemir-Stone、Bofei Zhang、Russell Bonneville、Joseph P.McElroy、Kevin R.Coombes、Ewy A.Mathé 描述： IntLIM：利用代谢组学和基因表达数据的线性模型进行集成。代谢组学数据的解释非常具有挑战性。然而，它可以通过代谢组学与其他“组学”数据的整合来缓解。IntLIM软件包包括一个用户友好的RShiny网络应用程序，旨在将代谢组学数据与转录组学数据集成。与其他方法不同，IntLIM侧重于了解特定基因-分子筛关联如何受表型特征的影响。为此，我们开发了一种线性建模方法，描述基因-分子筛关联如何受表型影响。该工作流程包括以下步骤：1）输入基因表达/代谢组学数据文件，2）按基因和代谢物丰度和输入值过滤数据集，3）运行线性模型以提取FDR调整的相互作用p值，4）按p值和Spearman相关差异过滤结果，和5）绘制/可视化特定的基因-陨石组合。 主页： https://arxiv.org/abs/1802.10588 源代码： https://github.com/mathelab/IntLIM 依赖项： R（右） 关键词： 基因组学;arXiv_q-bio.GN;arXiv_q-bio.QM;R（右）;R包;代谢组学;转录组学;线性建模;集成;arXiv_发布 相关软件： 巧妙地;高特许权;闪亮的;OOMPA公司;hgu133加2分贝;HMDB公司;代谢物;元分析人员;INMEX公司;Diffcorr公司;积分学;mixOmics公司;R（右） 引用于： 0个文档 标准条款 1出版物描述软件 年份 IntLIM：利用代谢组学线性模型和基因表达数据进行集成arXiv公司Jalal K.Siddiqui、Elizabeth Baskin、Mingrui Liu、Carmen Z.Cantemir-Stone、Bofei Zhang、Russell Bonneville、Joseph P.McElroy、Kevin R.Coombes、Ewy A.Mathé 2018