植物醇 swMATH ID: 10003 软件作者： 利亚姆·雷维尔 描述： R包植物醇：用于比较生物学（和其他东西）的系统发育工具：该包包含用于系统发育分析的各种功能。这种功能集中在物种比较数据的系统发育分析中。例如，该软件包包括贝叶斯和ML祖先状态估计函数；性状进化的可视化模拟；性状进化与多重布朗速率和相关性的拟合模型；使用颜色或特征空间投影可视化离散和连续的字符进化；确定树上字符进化速度变化的位置；快速布朗运动仿真和其他几种连续特征进化模型下的仿真；拟合相关二元性状进化模型；使用ML的连续特征数据确定化石或最近灭绝的谱系在树上的位置；绘制随时间的谱系积累，包括跨多棵树（例如贝叶斯后验样本）；进行一种称为随机特征映射的分析，其中从模型下的后验概率分布中对离散特征的特征历史进行采样；进行多次（即部分）Mantel测试；用预测因子和响应变量的误差拟合系统发育回归模型；进行系统发育主成分分析、系统发育回归、简化主轴回归、系统发育典型相关分析和系统发育方差分析；将树投影到地理地图上；在树上模拟离散的字符历史；并拟合一个离散特征在阈值模型下演化的模型。除了这种系统发育比较方法功能外，该软件包还包含用于系统发育生物学中广泛其他目的的功能。例如，这个包中的功能包括（但不限于）：将分类单元添加到树中（包括随机、无处不在或自动添加到属中）；生成一组分类群的所有双分支和多分支树；将系统发育减少到主干树；在特殊类型的系统发育树中删除提示或添加提示；将树导出为XML文件；将具有映射字符的树转换为具有单个节点和每个边一个字符状态的树；用最小二乘法估计系统发育；在一系列条件下模拟出生死亡树；重新植树；树的各种可视化；以及系统发育生物学家可能会发现对他们的研究有用的各种其他操作和分析。 主页： http://cran.r-project.org/web/packages/phytools/index.html 源代码： https://github.com/cran/phytools网站 依赖项： R（右） 关键词： 系统发育分析;比较生物学 相关软件： 猿;R（右）;GEIGER公司;Rphylopars公司;杂色树;贝叶斯先生;BEAUti公司;潘戈恩;mvMORPH公司;PCM底座;藻糖酶;生物钟;ARB公司;谱系图;右旋糖;CRAN（起重机）;apTreeshape（树形图）;树突镜;LBFGS-B型;EMpht公司 引用于： 12文件 全部的 前5名29位作者引用 2 菲利普·莱米 2 马克·苏查德（Marc A.Suchard）。 1 威廉·L·艾伦。 1 乔治奥斯·阿西莫米提斯 1 巴托斯克·克日什托夫（Krzysztof Bartoszek） 1 特雷弗·贝德福德 1 加布里埃拉·贝特拉（Gabriela Bettella Cybis） 1 迪迪埃，吉尔 1 迈克尔·G·埃利奥特。 1 Fischer，马雷克 1 加布里埃尔·哈斯勒 1 何林思栋 1 巴巴拉·霍兰德。 1 胡迪 1 Jhwueng、Dweeng-Chwuan 1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 1 艾莉森·马瑟。 1 威尼斯米托夫 1 O'Reilly，Małgorzata M。 1 曼努埃拉·罗耶尔·卡伦齐 1 珍妮特·辛希默（Janet S.Sinsheimer）。 1 Albert Ch.Soewongsono。 1 塔尼娅·斯塔德勒 1 孙荣磊 1 内森·斯文森。 1 马克斯·托尔科夫（Max R.Tolkoff）。 1 内森·尤滕代尔 1 克里斯蒂娜·威克 1 熊彩华 全部的 前5名9篇连载文章中引用 4 理论生物学杂志 1 数学生物学通报 1 美国统计协会杂志 1 理论种群生物学 1 计算统计学 1 计算统计与数据分析 1 应用统计学年鉴 1 使用R！ 1 分子生物学方法 全部的 前5名在6个字段中引用 8 生物学和其他自然科学（92-XX） 4 统计学（62-XX） 2 概率论与随机过程（60-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 博弈论、经济学、金融和其他社会和行为科学（91-XX） 按年份列出的引文