COXPRES数据库 swMATH ID: 41318 软件作者： Obayashi，T。；Hayashi，S。；Shibaoka，M。；Saeki，M。；Ohta，H。；基诺希塔，K。 描述： COXPRESdb：十一种哺乳动物比较基因共表达网络数据库。共表达基因数据库是鉴定代谢途径和信号通路中新基因功能或功能模块的宝贵资源。尽管共表达基因数据库是植物生物学领域的基本平台，但它们在动物研究中的使用相对有限。COXPRESdb(http://coxpresdb.jp)提供了多种动物物种的共表达关系，因为共表达基因列表的比较可以提高基因共表达测定的可靠性。在这里，我们报告数据库的更新，主要关注以下两点。首先，我们更新了我们的共表达数据，包括前七个物种（人类、小鼠、大鼠、鸡、苍蝇、斑马鱼和线虫）的最新微阵列数据，并添加了四个新物种（猴子、狗、芽殖酵母和裂变酵母），以及一个新的人类微阵列平台。还实现了基于共表达守恒的可靠性评分函数，以筛选出可靠性低的共表达。其次，更新了网络绘制功能，以实现自动聚类分析，包括基因本体和顺式元件的富集分析，以及与Cytoscape Web的交互式网络分析。随着这些更新，COXPRESdb将成为分析各种动物物种基因功能和调控网络的更强大工具 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3531062/ 相关软件： KEGG公司;阵列Express;细胞景观;XGBoost公司;形状;SMOTE公司;亚当;TensorFlow公司;对称NMTF;QPLIB公司;字符串;Matlab公司;github;PLANEX公司;GeneFriends公司;TGCnA公司;clusterProfiler（群集探查器）;WGCNA公司;最大客户动态;HMDB公司 引用于： 4文件 全部的 前5名18位作者引用 1 豪尔赫·芬克 1 蒂莫泰·赫加 1 韩国赫里巴尔 1 黄、燕 1 焦庆举 1 赖玉彤 1 李金玉 1 格雷戈·帕帕 1 加什佩·佩特林 1 Janez Povh 1 纳塔沙·普日乌尔吉 1 奥斯卡·拉米雷斯 1 卡米洛·罗查 1 米盖尔·罗梅罗 1 沈宏斌 1 维达·武卡西诺维奇 1 张驰 1 张琪 3篇连载文章中引用 1 全球优化杂志 1 应用统计学杂志 1 计算生物学和化学 在3个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 统计学（62-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文