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ProtVec公司

swMATH ID: 43346
软件作者: 埃萨内丁·阿斯加里(Ehsaneddin Asgari)、穆罕默德·莫夫拉德(Mohammad R.K.Mofrad)
描述: ProtVec:生物序列的连续分布表示。我们介绍了一种新的生物序列表示和特征提取方法。命名为生物载体(BioVectors,BioVec),泛指蛋白质(氨基酸序列)的蛋白质载体(ProtVec)和基因序列的基因载体(GeneVec)的生物序列,这种表示可以广泛应用于蛋白质组学和基因组学中的深度学习应用。在本论文中,我们重点研究可用于广泛生物信息学研究的蛋白质载体,如家族分类、蛋白质可视化、结构预测、无序蛋白质鉴定和蛋白质相互作用预测。在这种方法中,我们采用人工神经网络方法,用单个密集的n维向量表示蛋白质序列。为了评估该方法,我们将其应用于对从瑞士普罗特(Swiss-Prot)7027个蛋白质家族中获得的324018个蛋白质序列进行分类,其中平均家族分类准确度为93
主页: https://arxiv.org/abs/1503.05140
源代码:  https://github.com/ehsanasgari/Dep-Proteomics网站
相关软件: 亚当;MetaGO公司;GOProFormer公司;多PredGO;深度GO;ProLanGO项目;协同因子;字符串;DeepGOPlus(深度GOPlus);UDSMProt公司;NetGO公司;UniProt公司;ACCpro公司;JPred(红色);github;SSpro公司;凯拉斯;蟒蛇
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