NetGO公司 swMATH ID: 43328 软件作者： 你，R。；姚，S。；熊，Y。；黄，X。；Sun，F。；Mamitsuka，H。 描述： NetGO：利用大量网络信息改进大规模蛋白质功能预测。蛋白质的自动功能预测（AFP）在生物学上具有重要意义。AFP可以被视为大规模多标签分类问题，其中一个蛋白质可以与多个基因本体术语关联作为其标签。基于我们的GOLabeler（一种最先进的功能注释第三次关键评估（CAFA3）方法），本文提出了NetGO，这是一种web服务器，能够通过整合大量蛋白质网络信息来进一步提高大规模AFP的性能。具体来说，NetGO在使用网络信息方面的优势有三：（i）NetGO依赖于机器学习中强大的学习来对框架进行排序，从而有效地整合蛋白质的序列和网络信息；（ii）NetGO在STRING中使用所有物种（>2000）的海量网络信息（除某些特定物种外），以及（iii）即使STRING不包含蛋白质，NetGO仍然可以使用网络信息通过同源转移注释蛋白质。使用相同的CAFA延迟设置分离训练和测试数据，我们全面检查了NetGO的性能。实验结果清楚地表明，NetGO显著优于GOLabeler和其他竞争方法。NetGO web服务器可从以下网站免费获得：http://issubmission.sjtu.edu.cn/netgo/。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6602452/ 相关软件： 深度GO;协同因子;字符串;DeepGOPlus（深度GOPlus）;UDSMProt公司;UniProt公司;亚当;MetaGO公司;GOProFormer公司;多PredGO;ProLanGO项目;ProtVec公司;PSI-爆炸;反应途径;张紧器2传感器;卡塔尔科技大学;ProTranslator软件;戈尔巴勒;深度文本2GO;新GOA 引用于： 3文件 全部的 前5名15位作者引用 1 阿克谢·迪帕克 1 顾、利川 1 胡明磊 1 焦、军 1 戈帕拉克里希南，克里希纳萨米 1 阿什什·兰扬 1 拉夫库什·夏尔马 1 王超 1 王慧 1 王生 1 徐汉文 1 徐文军 1 杨宁 1 张宏伟 1 赵子豪 2篇连载文章中引用 1 遗传学和分子生物学中的统计应用 1 数学生物科学与工程 在2个字段中引用 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文