美国国家航空运输协会 swMATH ID: 13835 软件作者： T.Z.DeSantis，Jr.、P.Hugenholtz、K.Keller、E.L.Brodie、N.Larsen、Y.M.Piceno、R.Phan、G.L.Andersen 描述： NAST：用于16S rRNA基因比较分析的多序列比对服务器。微生物学家进行细菌和古生物多样性调查时，通常需要对从样本中采集的数千个16S rRNA基因进行比较比对。构建这种比对所需的计算资源和生物信息学专业知识阻碍了高通量分析。据推测，可以开发一种在线工具，通过NAST（Nearest Alignment Space Termination，最近对齐空间终止）算法有效地对齐数千个16S rRNA基因，以创建多序列比对（MSA）。该工具是通过位于的web界面实现的http://greengenes.lbl.gov/NAST。将每个用户提交的序列与Greengenes的“核心集合”进行比较，其中包括~10 000个对齐的非嵌合序列代表了目前公认的细菌和古菌的多样性。用户序列被定向，并与核心集中最接近的匹配项配对，作为插入间隙字符的模板。非16S数据（来自载体或周围基因组区域的序列）可以在返回的比对中方便地删除。根据所得的MSA，可以计算距离矩阵以进行多样性估计，并且可以根据分类法对生物进行分类。使用简单界面对大型序列集进行对齐和分类的能力使具有不同经验水平的研究人员能够获得细菌和古生物群落的概况。 主页： http://nar.oxfordjournals.org/content/34/suppl_2/W394.short 相关软件： 盖杰内斯;POY公司;MLTreeMap（MLTree地图）;SEPP公司;间隙编码器;COBALT公司;FASTSP公司;MSACompro公司;SPEM公司;萨特赫莫-JS;记录-I-DCM3;充分满足;普罗瓦林;莫韦;NINJA公司;四重奏MaxCut;DACTAL公司;HybTree（混合树）;巴克;探针Cons 引用于： 2文件 2位作者引用 1 Ryan R.Rahrig。 1 Tandy J.沃诺。 连载1篇 1 远东应用数学杂志 在2个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文