淡紫色

紫红色:保守基因组序列与重排的多重比对。随着基因组的进化,它们经历了大规模的进化过程,这对不是由短序列构成的序列比较提出了挑战。重组导致频繁的基因组重排,水平转移将新的序列引入细菌染色体,缺失则会移除基因组的片段。因此,每个基因组都是一个独特的谱系特异片段的镶嵌,这些片段与其他基因组的子集共享,以及在所有考虑中的基因组中保守的片段。此外,这些片段的线性顺序可能会在基因组之间发生混乱。我们提出了在重排和水平转移的情况下鉴定和排列保守基因组DNA的方法。我们的方法已经在一个名为mave的软件包中实现。紫红色已被应用于校准九个肠杆菌基因组和确定三个哺乳动物基因组的全球重排结构。我们已经评估了紫红色排列的质量,并通过广泛的基因组进化模拟与其他方法进行了比较。


zbMATH中的参考文献(参考文献16条)

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