间隙编码器 swMATH ID: 38913 软件作者： 杨，N.，希利，J。 描述： GapCoder自动使用indel字符进行系统发育分析。背景：有人提出了几种将indels纳入系统发育分析的方法。简单的indel编码有两个优势：（1）生物学真实性和（2）分析效率。在该方法中，具有不同开始和/或结束位置的每个索引都被视为一个单独的字符。然后将这些indel字符的存在/不存在添加到数据集中。算法：我们已经编写了一个程序，GapCoder来自动化这个过程。该程序可以输入PIR格式的对齐数据集，查找索引并添加基于索引的字符。输出是一个NEXUS格式文件，其中包含一个表，显示每个索引字符所基于的区域。如果从分析中排除了区域，则此表可以轻松识别要排除的相应索引字符。讨论：手动实现简单的索引编码方法可能非常耗时，尤其是在索引数量众多和/或重叠的数据集中。GapCoder自动化了这种方法，因此在需要多次重复进行系统发育分析的过程中特别有用，例如在探索不同的比对或探索不同的分类单元或字符集时。GapCoder当前可用于Windows，从网址：http://www.home.dux.edu/年轻人/GapCoder。 主页： https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-4-6 相关软件： 记录-I-DCM3；普罗瓦林；充分满足；莫韦；NINJA公司；四重奏MaxCut；DACTAL公司；HybTree（混合树）；巴克；探针Cons；PAUP公司*；野兽；国际GTP；防护测试3；贝叶斯先生；盖杰内斯；波伊；MLTreeMap（MLTree地图）；SEPP公司；钴 引用于： 1文件 由1位作者引用 1 Tandy J.沃诺。 0连载引用 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文