第8P2I页

火烧球菌apo型RNA聚合酶与Spt4/5收缩钳构象的冷冻电镜结构

PDB内政部：https://doi.org/10.2210/pdb8P2I/pdb
EM地图EMD-17366：EMDB公司 EM数据资源

分类：转录
生物体：火烧球菌DSM 3638
表达式系统：火烧球菌DSM 3638
突变：没有

存款：2023-05-16 发布日期：2024-04-24
提交人：D.M.塔劳。,Reichelt，R。,F.B.海斯。,M.皮尔斯。,W·豪斯纳。,恩格尔，C。,格罗曼，D。
融资组织：德国研究基金会（DFG）

实验数据快照

方法：电子显微镜
分辨率：3.40 Å
聚合状态：粒子
重建方法：单颗粒

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文学类

古代RNA聚合酶转录延伸和Spt4/5募集的结构基础

D.M.塔劳。, F.格伦伯格。, M.皮尔斯。, Reichelt，R。, 海斯，联邦调查局。, 柯尼格，S。, Urlaub，H。, W·豪斯纳。, 恩格尔，C。, 格罗曼，D。

（2024）核酸研究

高分子含量

结构总重量：407.21 kDa
原子数：27479
模拟残留物计数：3430
沉积残留物计数：3569
独特的蛋白质链：13

大分子

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:1
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
DNA导向RNA聚合酶亚基Rpo1N	A类	910	火烧球菌DSM 3638	突变: 0 基因名称：转速A1, 转/分1N, PFDSM3638_07875 欧盟委员会：2.7.7.6
UniProt公司
寻找蛋白质A0A5C0XPL7型（火烧球菌（ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1株）探索A0A5C0XPL7型转到UniProtKB：A0A5C0XPL7
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	A0A5C0XPL7型
序列注释展开
参考序列

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:2
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
DNA导向RNA聚合酶亚单位β	B	1,117	火烧球菌DSM 3638	突变: 0 基因名称：PF1564型
UniProt公司
寻找蛋白质Q8U0M3 （糠热球菌（菌株ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1））探索Q8U0M3 转到UniProtKB：Q8U0M3
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	Q8U0M3
序列注释展开
参考序列

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:3
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
DNA导向RNA聚合酶亚基Rpo1C	C类	397	火烧球菌DSM 3638	突变：0 基因名称：rpo1C公司, 转速A2, PF1562型欧盟委员会：2.7.7.6
UniProt公司
寻找蛋白质Q8U0M5型（火烧球菌（ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1株）探索Q8U0M5型转到UniProtKB:Q8U0M5型
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	Q8U0M5型
序列注释展开
参考序列

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:4
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
DNA导向RNA聚合酶亚基Rpo3	D类	275	火烧球菌DSM 3638	突变: 0 基因名称：转速3, 用途D, PF1647型欧盟委员会：2.7.7.6
UniProt公司
寻找蛋白质Q8U0E4型（火烧球菌（ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1株）探索Q8U0E4型转到UniProtKB：Q8U0E4型
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	Q8U0E4型
序列注释展开
参考序列

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:5
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
DNA导向RNA聚合酶亚基Rpo7	E类	189	火烧球菌DSM 3638	突变: 0 基因名称：转速7
UniProt公司
寻找蛋白质问题8U439 （火烧球菌（ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1株）探索问题8U439 转到UniProtKB：问题8U439
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	问题8U439
序列注释展开
参考序列

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:6
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
DNA导向RNA聚合酶亚基Rpo4	F类	120	火烧球菌DSM 3638	突变: 0 基因名称：转速4, 转/平方英尺, PF1036型欧盟委员会：2.7.7.6
UniProt公司
寻找蛋白质问题8U216 （火烧球菌（ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1株）探索问题8U216 转到UniProtKB：问题8U216
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	第8季度第216季度
序列注释展开
参考序列

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:7
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
DNA导向RNA聚合酶亚基Rpo5	G【授权H】	82	火烧球菌DSM 3638	突变: 0 基因名称：转速5, 用途H, PF1565型欧盟委员会：2.7.7.6
UniProt公司
寻找蛋白质Q8U0M2型（火烧球菌（ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1株）探索Q8U0M2型转到UniProtKB：Q8U0M2型
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	Q8U0M2型
序列注释展开
参考序列

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:8
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
DNA导向RNA聚合酶亚基Rpo6	H[认证K]	57	火烧球菌DSM 3638	突变: 0 基因名称：转/分6, rpoK（转/分）, PF1642型欧盟委员会：2.7.7.6
UniProt公司
寻找蛋白质Q8U0E8型（火烧球菌（ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1株）探索Q8U0E8型转到UniProtKB：Q8U0E8型
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	Q8U0E8型
序列注释展开
参考序列

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:9
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
DNA导向RNA聚合酶亚基Rpo11	本人[授权L]	95	火烧球菌DSM 3638	突变: 0 基因名称：转速11, rpoL（转/分）, PF0050型欧盟委员会：2.7.7.6
UniProt公司
寻找蛋白质第8季度第4季度（火烧球菌（ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1株）探索Q8U4N1型转到UniProtKB：Q8U4N1型
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	Q8U4N1型
序列注释展开
参考序列

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:10
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
DNA导向RNA聚合酶亚基Rpo10	J[授权N]	65	火烧球菌DSM 3638	突变: 0 基因名称：转速10, 转速（rpoN）, PF1643型欧盟委员会：2.7.7.6
UniProt公司
寻找蛋白质第60292页（火烧球菌（ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1株）探索第60292页转到UniProtKB：第60292页
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	第60292页
序列注释展开
参考序列

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:11
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
DNA导向RNA聚合酶亚基Rpo12	K[认证P]	49	火烧球菌DSM 3638	突变: 0 基因名称：转速12, rpoP（转/分）, PF2009系列欧盟委员会：2.7.7.6
UniProt公司
寻找蛋白质Q8TZI3类（火烧球菌（ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1株）探索Q8TZI3类转到UniProtKB：Q8TZI3类
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	第8季度3
序列注释展开
参考序列

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:12
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
转录延伸因子Spt5	L[授权G]	152	火烧球菌DSM 3638	突变: 0 基因名称：标准贯入试验5, 1990年6月
UniProt公司
寻找蛋白质Q8TZK1孔（火烧球菌（ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1株）探索Q8TZK1孔转到UniProtKB：Q8TZK1孔
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	Q8TZK1孔
序列注释展开
参考序列

通过以下方法查找类似蛋白质：

（通过身份截止）|3D结构

实体ID:13
分子	链条	序列长度	有机体	细节	图像
转录延伸因子Spt4	M[认证I]	61	火烧球菌DSM 3638	突变: 0 基因名称：标准贯入试验4, PF0255型
UniProt公司
寻找蛋白质Q8U440型（火烧球菌（ATCC 43587/DSM 3638/JCM 8422/Vc1株）探索Q8U440型转到UniProtKB:Q8U440型
实体组
序列簇	30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团	Q8U440型
序列注释展开
参考序列

小分子

配体2独特
身份证件	链条	姓名/配方/InChI密钥	二维示意图	3D交互
ZN公司（调查对象/LOI） ZN查询下载理想坐标CCD文件 SDF格式，链N[auth A] SDF格式，链O[auth A] SDF格式，链Q[auth B] SDF格式，链R[auth N] SDF格式，链S[auth P] SDF格式，链T[auth I] MOL2格式，链N[auth A] MOL2格式，链O[auth A] MOL2格式，链Q[auth B] MOL2格式，链R[auth N] MOL2格式，链S[auth P] MOL2格式，链T[auth I]	N[认证A] O[认证A] Q[认证B] R[认证编号] S[认证P] N[身份验证A]， O[认证A]， Q[认证B]， R[认证编号]， S[认证P]， T[认证I]	锌离子锌 PTFCDOFLOPIGGS-UHFFFAOYSA-N公司		互动焦点链N[auth A] 焦点链O[auth A] 焦点链Q[auth B] 焦点链R[身份验证N] 焦点链S[auth P] 焦点链T[auth I] 相互作用和密度焦点链N[auth A] 焦点链O[auth A] 焦点链Q[auth B] 焦点链R[auth N] 焦点链S[auth P] 焦点链T[auth I]
MG公司（调查对象/LOI） MG查询下载理想坐标CCD文件 SDF格式，链P[auth A] MOL2格式，链P[auth A]	P[认证A]	镁离子镁 JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N公司		互动焦点链P[auth A] 相互作用和密度焦点链P[auth A]