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如何提交到dbSNP:

III、 dbSNP预提交流程

版本4.1;2015年12月11日

在创建提交元文件并使用dbSNP格式化提交之前,您需要完成dbSNP提交前流程,该流程将为您提供提交时需要向dbSNP提供的必要ID和登录号。本页描述了提交前的过程,概述了dbSNP HUP策略,并将引导您访问dbSNP的提交帮助资源。

dbSNP提交前流程

dbSNP 5步预提交过程是一系列必需的操作,您需要先执行这些操作,然后才能将数据提交给dbSNP。完成这些任务将缩短提交所需的时间,并允许dbSNP加快提交处理。 

1.获取MyNCBI ID

我们强烈建议您获取MyNCBI ID。它将用于跟踪您在NCBI的学习,并且对于将您的学习数据与NCBI上的众多资源集成非常有用。如果您还没有MyNCBI登录,请在NCBI登录页面.

2.将原始数据存入公共数据库

如果您还没有这样做,请将所有序列和/或数组数据存放在公共数据库中:例如。,GenBank(基因银行),地理位置,数据库间隙P,SRA公司跟踪.

3.加入BioProject

我们强烈建议您在生物项目.一旦你有了你的BioProject登录号,你可以在dbSNP提交中引用它,这样用户就可以很容易地从你提交的变体的dbSNP记录链接到你提供给BioProject的详细信息,让研究人员研究你的变种,看看产生变种的实验如何符合你的总体研究目标。请参见BioProject、BioSample和dbSNP有关BioProject收集、组织并提供给dbSNP用户的数据类型的更多信息。

国家卫生研究院资助的项目必须在生物项目中注册,指定的生物项目加入号与赠款编号相关,以符合美国国立卫生研究院基因组数据共享(GDS)政策。如果您的数据尚未与NCBI生物项目加入相关联,请通过NCBI提交门户请求加入。您可以重用BioProject登录为同一NIH资助项目注册,以提交给其他NCBI数据库,包括GenBank、SRA和dbSNP。

4.获取生物样本访问

我们强烈建议您将样品注册到生物样品。一旦您有了BioSample Accession编号,请在dbSNP提交中引用它,以便用户可以轻松地从您提交的变体的dbSNP记录链接到您提供给BioSample的有关用于生成变体的样本特征的详细信息。如果您使用的是研究社区反复使用的任何常用商业细胞系的纯来源,那么您可以绕过Biosample提交,而在dbSNP提交中使用“Reference Biosamples”登录。请参见BioProject、BioSample和dbSNP有关“参考生物样本”和BioProject收集、组织并提供给dbSNP用户的数据类型的更多信息。

5.请求提交句柄

dbSNP要求每个向dbSNP提交数据的实验室在第一次提交之前选择并请求一个“句柄”,以便dbSNP可以随时间跟踪数据来源。dbSNP在线处理申请表允许新提交者选择句柄(通常是提交实体的缩写或简称),并提交该句柄的联系信息。

逐步请求dbSNP提交句柄

*搜索https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/SNP_tableList.cgi?type=提交者查看您的实验室或小组是否已经有提交者句柄。

*如果您还没有句柄,可以使用dbSNP句柄请求表使用中的示例处理联系人信息部分帮助您填写表格。

*或者,如果您决定使用NCBI变更提交门户,我们将根据您在myNCBI注册时提供的联系信息为您创建一个句柄。

处理联系人信息

处理所需的联系信息应为与实验室相关的授权人员的联系信息,无论实际处理和提交数据的人员是谁,我们建议您使用主要研究者的联系信息。dbSNP的Handle Request表单中请求的信息如下:

手柄:识别提交实验室的缩写名称或首字母缩写
姓名:实验室负责人或主要研究人员的姓名
传真:包括区号(如果不在美国,则包括国家代码)
电话:包括区号(如果不在美国,则包括国家代码)
电子邮件:实验室主任或首席调查员
实验室:实验室名称,或者如果提交实验室是私立机构,则使用主要研究者的名称
说明: 实验室所属机构的名称
地址: 提交实验室的完整邮寄地址

处理联系人信息的更改

如果与手柄相关的主要研究者的联系信息发生变化,请通过以下方式通知NCBI:snp-admin@ncbi.nlm.nih.gov,我们将更新该句柄,以便在转移到新机构的情况下,主调查员与他/她的数据保持关联。

联系dbSNP

如果您在如何提交到dbSNP文档系列,联系dbSNP提交snp-sub@ncbi.nlm.nih.gov,我们将尽力回答您的提交问题或帮助您解决困难的提交问题。

中的标题如何提交到dbSNP系列:

上次更新时间:2015-12-23T18:47:56-05:00