美国国旗

美国政府的官方网站

格式

发送至：

选择目的地
    • 显示当前项目。

    第1阶段STAG1凝集素复合物成分[小家鼠（家鼠）]

    基因ID:20842，更新日期2024年5月12日

    总结

    转到页面顶部 帮助
    官方符号
    第1阶段由提供MGI公司
    官方全名
    STAG1黏着蛋白复合成分由提供MGI公司
    主要来源
    MGI:MGI:1098658
    请参阅相关
    乐团：ENSMUSG00000037286 联盟基因组：MGI:1098658
    基因类型
    蛋白质编码
    RefSeq状态
    已验证
    有机体
    小家鼠
    血统
    真核生物；后生动物；脊索动物；克兰亚塔；脊椎动物；真造口术；哺乳动物；Eutheria；尤阿古托格利尔斯；闪光；啮齿动物；肌形态；鼠形目；鼠科；穆里奈；穆斯；穆斯
    也称为
    SA-1；标准立方厘米
    总结
    启用染色质结合活性。预测参与有丝分裂纺锤体组装和姐妹染色单体结合。预测作用于细胞分裂和染色体分离的上游或内部。位于染色质中。以多种结构表达，包括消化系统；泌尿生殖系统；表皮系统；中脑；和端脑。该基因的人类直系同源基因与常染色体显性精神发育迟滞47有关。与人STAG1同源（基质抗原1）。【由基因组资源联盟提供，2022年4月】
    表达式
    在成人胎盘（RPKM 8.6）、CNS E11.5（RPKM8.5）和22个其他组织中广泛表达查看更多信息
    直系同源
    人类 全部的
    新款
    尝试新的基因表
    尝试新的成绩单表

    基因组背景

    转到页面顶部 帮助
    位置：
    9 E3.3-E4；9 52.77立方厘米
    外显子计数：
    39
    注释发布 状态 装配 Chr公司 位置
    RS_2024_02号 现在的 GRCm39型(GCF_000001635.27号) 9 NC_000075.7（100479762..100840597）
    108.20200622 上一个程序集 GRCm38.p6型(GCF_000001635.26号) 9 NC_000075.6（100597709..100958544）

    染色体9-NC_000075.7描述邻近基因的基因组背景 Neighboring gene STARR-positive B cell enhancer ABC_E3854 Neighboring gene non-catalytic region of tyrosine kinase adaptor protein 1 Neighboring gene predicted gene, 46139 Neighboring gene solute carrier family 35, member G2 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_25037 Neighboring gene STARR-positive B cell enhancer ABC_E6797 Neighboring gene predicted gene 8661 Neighboring gene adaptor-related protein complex 2, beta 1 subunit pseudogene Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_25043 Neighboring gene RIKEN cDNA 6720484G13 gene Neighboring gene STARR-positive B cell enhancer ABC_E11420 Neighboring gene STARR-positive B cell enhancer ABC_E2300 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_25045 Neighboring gene propionyl Coenzyme A carboxylase, beta polypeptide Neighboring gene brain expressed X-linked 2 pseudogene

    基因组区域、转录物和产物

    转到页面顶部 帮助

    表达式

    转到页面顶部 帮助
    • 项目名称：鼠标ENCODE转录组数据
    • 描述：鼠标ENCODE项目生成的RNA分析数据集。
    • 生物项目：PRJNA66167型
    • 出版物：PMID 25409824
    • 分析日期：无

    参考文献

    转到页面顶部帮助

    PubMed中的相关文章

    1. 粘蛋白-SA1对两种小鼠组织中基因表达和染色质结构的贡献。 Cuadrado A，等《核酸研究》，2015年3月31日。PMID 25735743，免费PMC文章
    2. STAG1和STAG2在胚胎干细胞内聚蛋白定位和基因表达中的不同和重叠作用。 荷兰阿鲁达，等。表观遗传学染色质，2020年8月10日。PMID 32778134，免费PMC文章
    3. 由于端粒复制受损，凝集素-SA1缺乏导致小鼠非整倍体和肿瘤发生。 雷梅塞罗·S，等EMBO J，2012年5月2日。PMID 22415365，免费PMC文章
    4. 衔接蛋白成员Stag1和Stag2在HSC自我更新和分化的染色质可及性和拓扑控制中发挥着不同的作用。 维尼AD，等《细胞干细胞》，2019年11月7日。PMID 31495782，免费PMC文章
    5. 凝集素STAG2在小鼠胚胎发育和成体组织平衡中的重要作用。 德科宁克M，等细胞代表，2020年8月11日。项目管理标识号32783938

    查看PubMed中的所有（41）引文

    GeneRIFs：功能的基因引用

    什么是GeneRIF？
    1. Stag1的N末端需要通过维持rRNA表达和核仁完整性来抑制2C程序。
      标题：Stag1的N末端需要通过维持rRNA表达和核仁完整性来抑制2C程序。
    2. STAG1和STAG2在胚胎干细胞内聚蛋白定位和基因表达中的不同和重叠作用。
      标题：STAG1和STAG2在胚胎干细胞内聚蛋白定位和基因表达中的不同和重叠作用。
    3. 降低SA1剂量改变了SA1杂合小鼠Reg基因座的结构并降低了胰腺中Reg基因的表达
      标题：粘蛋白-SA1对两种小鼠组织中基因表达和染色质结构的贡献。
    提交： 新基因RIF 更正

    变更

    转到页面顶部 帮助

    等位基因

    这类等位基因在《小鼠基因组信息学》上有记载（MGI）
    • 核酸内切酶介导（2）
    • 基因捕获（1）
    • 目标（1）

    PubChem的途径

    转到页面顶部

    互动

    转到页面顶部 帮助
    产品 交互作用剂 其他基因 复杂 来源 酒吧 描述

    一般基因信息

    转到页面顶部 帮助

    标记

    同源性

    基因本体论 由MGI提供

    功能 证据代码 酒吧
    使染色质结合 国际律师协会
    从祖先的生物学角度推断
    更多信息
    		  
    使染色质结合 国际开发协会
    根据直接分析推断
    更多信息
    		 公共医学 
    过程 证据代码 酒吧
    细胞周期内的上游活动 国际能源署
    从电子注释推断
    更多信息
    		  
    acts_upstream_of_or细胞分裂内 国际能源署
    从电子注释推断
    更多信息
    		  
    acts上游of或染色体内分离 国际能源署
    从电子注释推断
    更多信息
    		  
    参与本地化 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    受累于有丝分裂纺锤体组件 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    涉及姐妹染色单体凝聚力 国际律师协会
    从祖先的生物学角度推断
    更多信息
    		  
    组件 证据代码 酒吧
    部分染色质 国际律师协会
    从祖先的生物学角度推断
    更多信息
    		  
    部分染色质 国际开发协会
    根据直接分析推断
    更多信息
    		 公共医学 
    部分染色质 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    染色体定位 国际能源署
    从电子注释推断
    更多信息
    		  
    部分凝集素复合体 国际律师协会
    从祖先的生物学角度推断
    更多信息
    		  
    部分凝集素复合体 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    位于有丝分裂纺锤体极 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    定位于核体 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    在核矩阵中定位 国际标准化组织
    从序列正交推断
    更多信息
    		  
    位于核质中 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    位于核质中 TAS公司
    可追溯作者声明
    更多信息
    		  
    在核心中是活动的 国际律师协会
    从祖先的生物学角度推断
    更多信息
    		  

    一般蛋白质信息

    转到页面顶部 帮助
    首选名称
    凝集素亚基SA-1
    姓名
    SCC3同源物1
    基质抗原1

    NCBI参考序列（RefSeq）

    转到页面顶部 帮助

    新款 尝试新的成绩单表

    独立于注释的RefSeq维护基因组

    这些参考序列独立于基因组构建而存在。解释

    这些参考序列与基因组无关注释循环，因此其版本可能与当前的RefSeq版本不匹配基因组构建。通过比较中RefSeq的版本来确定版本不匹配本节至中报告的那一节基因组区域，成绩单和产品以上。

    mRNA和蛋白质

    1. NM_001357264.2→NP_001344193.1号凝集素亚基SA-1亚型2

      状态：已验证

      描述
      转录变体：与变体1相比，该变体（2）在5'UTR和编码序列上有所不同。与亚型1相比，生成的亚型（2）在N末端较短。
      源序列
      AC115355、AC134825、AC146297、AC147565
      保守领域（1）总结
      pfam08514型
      位置：23→131
      雄鹿；STAG域

    2. NM_001357265.2→NP_001344194.1号粘附素亚单位SA-1亚型3

      状态：已验证

      描述
      转录变体：与变体1相比，该变体（3）在5’UTR和编码序列上有所不同。与亚型1相比，生成的亚型（3）在N末端较短。
      源序列
      AC115355、AC134825、AC146297、AC147565
      UniProtKB/TrEMBL公司
      F6XQW1层
      相关的
      ENSMUSP00000120974.2公司,ENSMUST00000146934.8号

    3. NM_001420288.1号→NP_001407217.1号凝集素亚基SA-1亚型1

      状态：已验证

      源序列
      AC115355、AC134825、AC146297、AC147565
      UniProtKB/Swiss-Prot公司
      O08982号,问题6P5D1,问题9D3E6

    4. NM_001420289.1号→NP_001407218.1凝集素亚基SA-1亚型2

      状态：已验证

      源序列
      AC115355、AC134825、AC146297、AC147565

    5. NM_009282.5→NP_033308.2号凝集素亚基SA-1亚型1

      参见NP_033308.2的相同蛋白质及其注释位置

      状态：已验证

      描述
      转录变体：该变体（1）编码最长的亚型（1）。
      源序列
      AC115355、AC134825、AC146297、AC147565
      共识CDS
      CCDS23441.1号文件
      UniProtKB/Swiss-Prot公司
      O08982号,问题6P5D1,问题9D3E6
      相关的
      ENSMUSP00000116205.2,ENSMUST0000019269.8
      保守领域（2）总结
      pfam08514型
      位置：160→268
      雄鹿；STAG域
      pfam14621型
      位置：三→58
      RFX5_DNA_bdg；RFX5 DNA-结合域

    注释基因组的参考序列：GCF_000001635.27-RS_2024_02

    以下部分包含属于特定基因组构建。解释

    参考GRCm39 C57BL/6J

    基因组学

    1. NC_000075.7参考GRCm39 C57BL/6J

      范围
      100479762..100840597
      下载
      GenBank（基因银行）,美国金融服务贸易协会,序列查看器（图形）

    mRNA和蛋白质

    1. XM_006510924.4号→费用_006510987.1凝集素亚基SA-1亚型X1

      参见XP_006510987.1的相同蛋白质及其注释位置

      UniProtKB/Swiss-Prot公司
      O08982号,问题6P5D1,第9季度第3季度第6季度
      保守领域（2）总结
      pfam08514型
      位置：160→268
      雄鹿；STAG域
      pfam14621型
      位置：三→58
      RFX5_DNA_bdg；RFX5 DNA-结合域

    2. XM_030244173.2号→XP_030100033.1号凝集素亚基SA-1亚型X3

      保守领域（1）总结
      pfam08514型
      位置：63→171
      雄鹿；STAG域

    3. XM_006510925.2号→XP_006510988.1号凝集素亚基SA-1亚型X2

      UniProtKB/TrEMBL公司
      8层WHU7
      相关的
      库存0000040724.7,ENSMUST0000004141.13号
      保守领域（2）总结
      pfam08514型
      位置：160→268
      雄鹿；STAG域
      pfam14621型
      位置：三→58
      RFX5_DNA_bdg；RFX5 DNA-结合域

    4. XM_011242692.3号→XP_011240994.1型凝集素亚基SA-1亚型X6

      保守领域（2）总结
      pfam08514型
      位置：160→268
      雄鹿；STAG域
      pfam14621型
      位置：三→58
      RFX5_DNA_bdg；RFX5 DNA结合域

    5. XM_036154768.1号→XP_036010661.1号凝集素亚基SA-1亚型X5

      保守领域（1）总结
      pfam08514型
      位置：23→131
      雄鹿；STAG域

    6. XM_030244172.2号→XP_030100032.1号凝集素亚基SA-1亚型X1

      UniProtKB/Swiss-Prot公司
      O08982号,问题6P5D1,问题9D3E6
      保守领域（2）总结
      pfam08514型
      位置：160→268
      雄鹿；STAG域
      pfam14621型
      位置：三→58
      RFX5_DNA_bdg；RFX5 DNA-结合域
    核苷酸 蛋白质 应变
    标题 访问和版本
    蛋白质接入 链接
    GenPept链接 UniProtKB链接
    问题9D3E6.3 GenPept公司 UniProtKB/Swiss-Prot:Q9D3E6

    基因链接

    以下内容链接输出资源由外部提供者提供。这些提供者负责维护链接。

    化学信息
    分子生物学数据库
    研究材料
    工具
    其他