介绍
快速入门提示
查询任何单词, 将查询条件限制为特定字段,或 应用过滤器或属性
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如何维护数据
新记录
A类 参考序列 是为一个完全测序的基因组创建的,该记录包含注释基因。 就原核生物而言, 仅参考基因组和良好采样物种的代表基因组 当前已添加到Gene。 在带有多蛋白前体的RNA病毒的情况下,带注释的蛋白质可以被视为等同于“基因”。 一个公认的基因组特定数据库提供有关基因(最好是定义序列)或映射表型的信息。 计划对模型生物进行测序,并确定代表性序列以表征已知基因。
编号系统
更新
禁止的记录
NCBI工作人员和/或合作者的审查表明,记录不再受支持或不在Gene的范围内。 RefSeq工作人员提供了抑制的解释。 NCBI工作人员和/或合作者的审查表明,原始记录只定义了现在被理解为功能基因单元的一部分。 在这种情况下,一条记录成为另一条记录的次要记录,并提供当前记录的URL。 发现了基因记录的分子基础,该记录以前只是一个映射的表型,并且已经有一个或多个致病位点的记录。 映射表型的记录从属于其中一个致病基因座,并添加到所有表型部分。
用短语“AND alive[属性]”限定查询
如何选择内容
数据的显示方式(显示设置/格式)
表格
官方标志 位置标签 别名集中的第一个符号
总结
UI列表
排序依据
关联 (当前默认值)。 相关性是根据Gene对搜索结果最重要的领域的评估来计算的。 例如,与RefSeq或GeneRIF摘要等自由文本中的匹配相比,Gene为与“Gene Name”(符号)字段中的术语匹配的结果指定更多值。 因此,如果您的查询是单个术语“cat”,那么符号为“猫”的记录将在记录之前排序,而术语“猫”仅在记录中的其他位置。 基因重量 基因权重是根据用于评估基因特征的多行证据计算得出的。 这些行包括: 1 信息性Gene-PubMed链接。 信息量与PubMed记录相关的基因记录数量成反比。 2 信息符号或全名。 例如,符号为LOC+GeneID的基因的权重小于符号为“ABCA1”的基因。 描述以“假想”开头的基因比描述以“囊性纤维化”开头的要轻。 三。 同源基因或蛋白质簇中的内含物。 已知保守的基因(或其产物)权重更高。 4 纳入OMIM或书籍。
姓名 结果按基因符号的字母顺序(不区分大小写)排序。 染色体 。结果按以下顺序排序: 1 按生物名称的字母顺序排列 2 按染色体数量 三。 按染色体上的起始位置编号
数据内容子集
基因表
以图形方式,通过重复 完整报告 在表格中,报告任何外显子或编码区的位置,并报告外显子、编码区和内含子的长度
通用RIF
完整报告
内容元素
标题
总结
基因组背景
基因组区域、转录和产物
查看基因的内含子/外显子/编码区组织及其RNA产物,或假基因在基因组RefSeq上的位置 识别与任何RNA或蛋白质产品相对应的RefSeq,并查看它们所代表的外显子的概述 通过添加RNA-seq轨迹评估不同实验条件下的表达 探索基因组组合之间的差异
将鼠标悬停在某个功能上,通过 工具尖端 通过链接导航到基因组背景的完整显示 绘图 导航到中基因的基因组序列 美国金融服务贸易协会 格式 导航到中基因的基因组序列 GenBank(基因银行) 格式 更改注释基因的基因组序列的显示。 默认显示为参考程序集的染色体; 有些分类群有交替组合。 对于人类,还可以选择RefSeqGene
该图可以标记为预测模型转录本的mRNA加入(格式为 XM_123456号 或XM_123456789),但Entrez Nucleotide中该加入物的显示表明该加入物不再是主要的。 这意味着一个策划的mRNA(加入格式 NM_123456 或NM_123456789),以取代先前的车型。 新加入的“NM”将在Gene的Reference Sequences部分中报告。 该图可能标有精选的RNA加入编号(格式 NM_123456 或NM_123456789或NR_123456)与参考序列部分中列出的不同。 如果在提交带注释的基因组后进行管理,发现更多转录变体,则会出现这种情况,因此,这些转录变体仅列在参考序列部分,而不在图表中。 如果提交带注释的基因组后发现带注释的产品中存在错误,并且该产品的加入被禁止,也会导致这种情况。 在这种情况下,基因组区域、转录本和产物部分将指示基因报告的参考序列部分中未列出的转录本。 图表上可能会标记一个精选的RNA登录号,该编号代表登录的前一版本。 当RefSeq记录的序列发生任何更新时,RefSeq纪录会发生版本号更改(例如,NM_321321.1->NM_321312.2)。 序列更新 包括从记录中更改、添加或删除核苷酸或氨基酸。 较旧的RefSeq记录(NM_321321.1)可能会标记在图表上,但更新的RefSeg记录(NM_221321.2)将在Gene的Reference Sequences部分中报告。 该图显示了在上一版本中注释的RefSeq记录,而Reference Sequences部分显示了RefSeq记录的当前版本。 图表在新的注释版本中更新。 在版本之间,BLAST2SEQ可用于确定较旧和较新RefSeq记录之间的序列差异。
更改显示器中的缩放级别
选择并仅显示子序列。 在带有坐标和标尺的白色区域中单击鼠标左键,然后拖动以选择感兴趣的区域。 然后,右键单击,选择 放大范围 ,显示屏将刷新以提供感兴趣的区域。 使用放大/缩小缩放功能。 单击鼠标右键,然后选择放大或缩小。 显示屏将刷新并按系数2更改显示的区域。
向上游和下游移动
在显示器中标尺部分以外的任何位置单击鼠标左键,然后拖动,将显示上游和下游序列。
表达式
什么是GeneRIF?
表型
变更
请参阅相关信息部分中名为SNP:Geneview的链接的SNP Geneview Report等效。 默认情况下,它只显示编码区域中的变体(请注意,选中了cSNP)。 要查看所有变异,请选择“在基因区域”。 请注意,此页面还支持下载。 参见SNP Genotype Report等同于相关信息部分中名为SNP:Genotype.的链接。 它显示基因区域中基因型数据的群体和提交者的信息。 还提供了LD图。 请参阅SNP Variation Viewer报告,该报告等效于“相关信息”部分中名为SNP:VarView的链接,仅适用于人类。 这种显示更容易显示与医学相关的以及基因区域中提交给dbSNP的所有短变异。
HIV-1相互作用
复制交互
对相互作用的简明描述 PubMed中支持所述交互的论文链接
蛋白质相互作用
HIV-1蛋白,链接到蛋白质数据库中的序列记录 HIV-1基因,与该基因产物的基因记录相连 对相互作用的简明描述 PubMed中支持所述交互的论文链接
对互动进行分类的关键词 人类基因的全名,链接到基因记录 PubMed中支持所述交互的论文链接
互动
另一个交互者,锚定到更多信息的链接 另一个相互作用体的基因名称,在gene中锚定到该记录的链接 相互作用体所属的复合体 这些数据的来源,将链接锚定到该来源的记录 PubMed中支持所述交互的论文链接 交互的简明描述(如果可用)
一般基因信息
一般蛋白质信息
NCBI参考序列(RefSeqs)
1 独立于注释基因组维护的RefSeq ( 图9 ) . RefSeqGene和RefSeq RNA和蛋白质序列不断更新,独立于基因组的任何全面重标记。 因为这些参考序列是独立于基因组注释周期来管理的,所以它们的版本可能与当前基因组构建中的RefSeq版本不匹配。 您可以通过将此部分中的版本与 基因组区域、转录物和产物 部分。 GenBank(基因银行) 和 美国金融服务贸易协会 和 序列查看器(图形) 将链接定位到给定格式的序列 2 注释基因组的参考序列 ( 图10 ) . 本节报告了注释该基因的所有集合的基因组RefSeq,例如染色体的RefSeq和来自参考和备用集合的支架(contigs)。 提供了基因特征的位置和链(偏移量1)。 GenBank(基因银行) 和 美国金融服务贸易协会 和 序列查看器(图形) 锚链接到给定格式的序列。 这里也报道了模型RNA和蛋白质。 三。 基因组注释 RefSeq RNA和蛋白质序列仅通过基因组/染色体注释过程提供。 4 抑制的参考序列。 由于引用的原因,本节中列出的加入号码被禁止。 被抑制的RefSeq不会出现在BLAST数据库、相关序列链接或BLAST链接(BLink)中,但仍可以通过从核苷酸或蛋白质数据库以及单击超链接的accession.version来检索。
相关序列
与注释基因在基因组上具有唯一最佳位置的mRNA cDNA/cDNA序列相关性(根据身份标准、与已知材料重叠的长度和新加入材料的覆盖范围计算) 模型生物数据库或命名机构提交的资料 具有相同序列的蛋白质的鉴定 RefSeq员工管理 ORFeome Collaboration或Celera的带注释的GeneID
其他链接
基因链接输出
XML格式
查询提示:如何提交详细查询,以及更多…
高级搜索
过滤器
1 单击查询栏上的“高级搜索”。 2 使用名为“所有字段”的下拉菜单,然后选择“过滤器”。 三。 单击打开框下的“显示索引”以显示筛选器的名称和每个筛选器的实例数。
属性
基因类型:属性命名为 基因类型名称类型 . RNA类型:属性命名为 rnatype名称类型。 基因来源:财产命名为 源名称source . 为基因提供的RefSeq类型:名为的属性 srcdb refseq类型refseq . 与基因关联的特征注释类型:名为的属性 feattype名称_of_feattype。
基因型生物区域(实验验证的非基因基因组区域,在RefSeq功能元件表示范围内,包括基因调控元件、已知结构元件、特征明确的DNA复制起源、DNA重组区域和基因组不稳定位点) 基因型杂合RNA 基因型ncrna(非编码RNA;包括除snRNA、snoRNA和scRNA外的所有ncrna类别[它们有自己的基因类型]。最大的计数来自miRNA和lncRNA。ncrna类别记录在 ncRNA词汇 .) 其他基因型(当类型已知,但没有特定的枚举;包括免疫球蛋白和TCR基因片段、重复元件和区域) 基因型蛋白质编码 基因型假(假基因) 基因型rrna(核糖体RNA) 基因型scrna(小细胞质RNA) 基因型snorna(小核仁RNA) 基因型snrna(小核糖核酸) 基因型trna(转移RNA) 基因类型未知(当基因类型不确定时)
RNA型mirna(microRNA) rnatype miscrna(杂项RNA) RNA型mrna(信使RNA) rnatype ncrna(非编码RNA) rnatype其他 rna型其他遗传 rna型前rna rna型rna酶p-rna 核糖体核糖核酸型 RNA型snorna(小核仁RNA) 核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸核糖核酸 rna型srp rna
源染色体外 源基因组 源线粒体 源细胞器 源-其他 源质粒 源质体 源前病毒 源病毒粒子
特征型caat信号 羽毛笼簇 特征型染色体断点 特征型保守区 特征型dnaseⅠ超敏位点 羽毛增强器 特征型增强器阻塞元件 特征型表观遗传修饰区 特征型gc信号 特征压印控制区 Featt型绝缘子 特征轨迹控制区 特征矩阵附着区域 特征型减数分裂 特征型微球菌核酸酶超敏位点 特征类型杂项特征 特征型杂项重新组合 特征型杂项结构 羽状有丝分裂的 featt型移动元件 特征型非等位同源 特征型核苷酸裂解位点 特征型核苷酸基序 特征型启动子 特征型蛋白结合 特征型复合热点 特征型调节器 特征型代表原点 featt型重复不稳定区 特征重复区域 特征复制调控区 feattype复制开始站点 特征响应元件 特征序列蚀变 特征序列比较 特征序列特征 羽状消声器 羽状杆环 羽毛塔塔盒 特征型转录起始位点 特征型转录顺式调控区
查找结果的子集; “结果筛选边栏”和“筛选结果”选项
使用“结果过滤器侧栏”
使用顶部的“全部清除”链接 使用过滤器组旁边的“清除”链接清除该组中的过滤器 单击复选标记以清除单个过滤器
基因组学 :由染色体或该分类单元的主要基因组大分子编码的基因。 线粒体 :由线粒体编码的基因。 有机硅 :由细胞器编码的基因,包括线粒体、质体和巨核 石膏 :质体编码的基因。
参考序列 :具有关联RefSeq记录的记录。 参考SeqGene :RefSeqGene类中具有相关基因特定基因组RefSeq的记录。
使用My NCBI“筛选结果”
从查询中排除的单词
是[所有字段]
在其他数据库中查找与基因相关的数据
3D结构
书
CCDS公司
ClinVar公司
保留的域
基因邻居
基因组
遗传检测注册中心(GTR)
同源基因
NIH cDNA克隆
核苷酸
MedGen公司
OMIM公司
PubChem生物检测
PubChem化合物
PubChem物质
项目管理委员会
探查
蛋白质
公共医学
SNP公司
分类学
构建强大的查询
范围:查询的目的。 查询:如何构造符合该意图的查询。 注:使用基因检索这些数据与其他基因相关资源(即同源基因或基因组数据查看器)的比较。
程序员小贴士
基因数据模型与DTD
Entrez编程工具和基因
从基因的文档摘要中提取基因摘要和其他信息
摘要文本包含在Gene的文档摘要(docsum)中。
1 使用eSearch查找具有has_summary属性的所有GeneID 2 使用eSummary检索摘要文本( 例如 http://eutils(实用程序) . ncbi.nlm公司 . nih.gov/enterz/eutils/esummary . fcgi? 数据库 = 基因&id=672&retmode = xml格式 ) 三。 提取Summary标记中的字符串。
提取基因邻居
数据
所有相关的登录号,包括RefSeqs(gene2accession.gz) 匹配的信号群注释(gene2ensembl.gz) GO术语(gene2go.gz) 引文(gene2pubmed.gz) 相关RefSeq登录号(gene2refseq.gz) 与其他基因的关系(genegroup.gz) 不再存在的基因(gene_history.gz) 命名、ID和地图数据(gene_info.gz) 邻近基因 MedGen中的MIM编号和记录(mim2gene_MedGen) 与UniProtKB蛋白的关系(gene_refseq_UniProtKB_collab.gz) 正交数据(gene_orthologs.gz)
通用RIF
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