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    Hnrnpd公司异质核核糖核蛋白D[肌肉（家鼠）]

    基因ID:11991，更新于2024年5月14日

    总结

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    官方符号
    Hnrnpd公司由提供MGI公司
    官方全名
    异质核核糖核蛋白D由提供MGI公司
    主要来源
    MGI:MGI:101947
    请参阅相关
    乐团：ENSMUSG00000000568 联盟基因组：MGI:101947
    基因类型
    蛋白质编码
    RefSeq状态
    已验证
    有机体
    肌肉
    血统
    真核生物；后生动物；脊索动物；克兰亚塔；脊椎动物；真造口术；哺乳动物；Eutheria属；尤阿古托格利尔斯；闪光；啮齿动物；肌形态；鼠形目；鼠科；穆里奈；穆斯；穆斯
    也称为
    Auf1；Hnrpd公司
    总结
    预计能够激活染色质结合活性；组蛋白脱乙酰酶结合活性；和核酸结合活性。通过RNA聚合酶II参与mRNA转录和调节含核苷酸化合物代谢过程。作用于mRNA稳定性的上游或调节范围内。位于突触中。表现为多种结构，包括鳃弓；中枢神经系统；泌尿生殖系统；肠道；和溶血磷脂系统腺体。同源于人类HNRNPD（异质核核糖核蛋白D）。【由基因组资源联盟提供，2022年4月】
    表达式
    在CNS E11.5（RPKM 36.7）、CNS E14（RPKM24.3）和18个其他组织中广泛表达查看更多
    直系同源
    人类 全部的
    新款
    尝试新的基因表
    尝试新的成绩单表

    基因组背景

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    地点：
    5 E4；5 48.46立方厘米
    外显子计数：
    11
    注释发布 状态 装配 Chr公司 位置
    RS_2024_02号 现在的 GRCm39型(GCF_000001635.27号) 5 NC_000071.7（100103794..100126926，补体）
    108.20200622 上一个程序集 GRCm38.p6型(GCF_000001635.26号) 5 NC_000071.6（99955935..999979130，补码）

    5号染色体-NC_000071.7描述相邻基因的基因组上下文 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_13715 Neighboring gene predicted gene, 42126 Neighboring gene STARR-positive B cell enhancer mm9_chr5:100335210-100335511 Neighboring gene vesicle-associated membrane protein 9 Neighboring gene RIKEN cDNA 4930524J08 gene Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_13719 Neighboring gene predicted gene, 42127 Neighboring gene STARR-positive B cell enhancer ABC_E2161 Neighboring gene STARR-seq mESC enhancer starr_13720 Neighboring gene heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D-like Neighboring gene enolase-phosphatase 1 Neighboring gene STARR-positive B cell enhancer ABC_E8822 Neighboring gene transmembrane protein 150C, opposite strand Neighboring gene transmembrane protein 150C

    基因组区域、转录物和产物

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    表达式

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    • 项目名称：鼠标ENCODE转录组数据
    • 描述：由Mouse ENCODE项目生成的RNA分析数据集。
    • 生物项目：邮编61617
    • 出版物：PMID 25409824
    • 分析日期：无

    参考文献

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    PubMed中的相关文章

    1. 由AUF1介导的命运决定检查点mRNA的阶段特异性降解控制的肌肉发育和再生。 阿巴迪·D，等美国国家科学院院刊，2019年6月4日。PMID 31113881，免费PMC文章
    2. 在白色念珠菌感染期间，放松管制的AUF1协助BMP-EZH2介导的延迟伤口愈合。 马哈迪克·K，等《免疫学杂志》，2018年12月15日。PMID 30429285
    3. RNA结合蛋白AUF1靶向mRNA降解调节成人肌肉干细胞命运，促进骨骼肌完整性。 切内特DM，等Cell Rep，2016年8月2日。PMID 27452471，免费PMC文章
    4. 以AUF1/hnRNP-D的RGG结构域为模型的肽调节3’UTR依赖性基因的表达。 研究员A，等《国际免疫药理学》，2013年9月，PMID 23747316，免费PMC文章
    5. AUF1参与脾滤泡B细胞的维持。 萨德里·N，等BMC Immunol，2010年1月11日。PMID 20064252，免费PMC文章

    查看PubMed中的所有（75）条引文

    GeneRIFs：功能的基因引用

    什么是GeneRIF？
    1. RNA结合蛋白AUF1/HNRNPD调节SNCA转录物的核输出、稳定性和翻译。
      标题：RNA结合蛋白AUF1/HNRNPD调节SNCA转录物的核输出、稳定性和翻译。
    2. 小鼠体内AUF-1的敲除通过AUF-1-Dicer-1-mir-122层次结构破坏肠道微生物丁酸盐驱动的低胆固醇血症。
      标题：小鼠中AUF-1的敲除通过AUF-1-Dicer-1-mir-122层次结构破坏肠道微生物丁酸盐驱动的低胆固醇血症。
    3. AUF1通过调节NRF2和ATF3来预防脱铁性贫血，以减轻败血症诱导的急性肺损伤。
      标题：AUF1通过调节NRF2和ATF3，防止铁下垂，减轻脓毒症诱导的急性肺损伤。
    4. AUF1是一种信使核糖核酸衰变因子，在Cpeb1的表达中具有不一致的作用。
      标题：AUF1是一种mRNA衰减因子，在Cpeb1表达中具有不一致的作用。
    5. 因此，AUF1调控肌肉干细胞增殖、自我更新、成肌细胞分化，并通过靶向、阶段性mRNA衰变最终形成肌纤维。
      标题：由AUF1介导的决定命运的检查点mRNA的阶段特异性降解控制的肌肉发育和再生。
    6. 在这项研究中，AUF1在白色念珠菌感染期间被翻译后不稳定，从而导致BMP信号的激活和伤口愈合
      标题：解除管制的AUF1在白色念珠菌感染期间协助BMP-EZH2介导的延迟伤口愈合。
    7. 研究确定RANKL和BCL6 mRNA为AUF1 p42的靶点。对3'UTR的详细分析表明，完全不稳定性需要两个元素，这两个元素在进化中是保守的。在RANKL mRNA中，这两个元素都富含AU并由30个碱基分开，而在BCL6 mRNA中一个元素富含AU，60个碱基来自一个可能形成干环结构的非AU丰富元素。
      标题：RANKL和BCL6的短寿命AUF1 p42结合mRNA各有两个不同的不稳定元件。
    8. AUF1对ARE-mRNA衰变的控制是成人干细胞调控的一种机制。
      标题：RNA结合蛋白AUF1靶向mRNA降解调节成人肌肉干细胞命运，促进骨骼肌完整性。
    9. 这些结果表明，HuR和AUF1对ATX表达的转录后调节调节了癌细胞的迁移。
      标题：自打蛋白的表达在转录后水平受到RNA结合蛋白HuR和AUF1的调节。
    10. MEF2C是AUF1促进的肌生成程序的关键效应器。
      标题：RNA结合蛋白AUF1通过调节MEF2C表达水平促进肌生成。
    提交： 新GenerRIF 更正 查看所有GenerRIF（26）

    变更

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    等位基因

    这类等位基因在《小鼠基因组信息学》上有记载（MGI）
    • 核酸内切酶介导（5）
    • 目标（4）1条引文

    PubChem的途径

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    互动

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    产品 交互作用剂 其他基因 复杂 来源 酒吧 说明

    一般基因信息

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    标记

    同源性

    克隆名称

    • C230004L04型

    基因本体论 由MGI提供

    功能 证据代码 酒吧
    启用DNA绑定 国际能源署
    从电子注释推断
    更多信息
    		  
    启用RNA结合 国际律师协会
    从祖先的生物学角度推断
    更多信息
    		  
    启用RNA结合 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    启用染色质结合 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    启用组蛋白去乙酰化酶结合 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    使mRNA 3'-UTR AU-丰富区域结合 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    启用mRNA结合 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    使富含腺嘌呤胸腺嘧啶的DNA结合形成小凹槽 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    使核酸结合 国际能源署
    从电子注释推断
    更多信息
    		  
    实现蛋白质结合 IPI公司
    从物理相互作用推断
    更多信息
    		 公共医学 
    使端粒DNA结合 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    过程 证据代码 酒吧
    involved_in 3'-UTR介导的mRNA失稳 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    参与CRD介导的mRNA稳定 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    涉及细胞对一氧化氮的反应 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    参与细胞对腐胺的反应 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    参与翻译的昼夜节律调节 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    参与mRNA稳定 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    RNA聚合酶II参与mRNA转录 进口
    由突变表型推断
    更多信息
    		 公共医学 
    参与基因表达的负调控 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    参与核转录mRNA分解代谢过程的负调控，二烯基化依赖性衰变 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    参与细胞质翻译的正调控 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    参与基因表达的正调控 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    参与端粒酶RNA逆转录酶活性的正调控 进口
    由突变表型推断
    更多信息
    		 公共医学 
    参与端粒帽盖的正调控 进口
    由突变表型推断
    更多信息
    		 公共医学 
    参与RNA聚合酶II对转录的正调控 进口
    由突变表型推断
    更多信息
    		 公共医学 
    参与翻译的积极调节 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    参与昼夜节律的调节 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    参与基因表达调控 国际律师协会
    从祖先的生物学角度推断
    更多信息
    		  
    acts_upstream_of_or在mRNA稳定性的调节范围内 进口
    由突变表型推断
    更多信息
    		 公共医学 
    端粒维持的参与调控 进口
    由突变表型推断
    更多信息
    		 公共医学 
    钙离子参与反应 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    参与雷帕霉素反应 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    与磷酸钠反应有关 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    动作_上游_of_或节律过程中 国际能源署
    从电子注释推断
    更多信息
    		  
    组件 证据代码 酒吧
    部分染色质 国际律师协会
    从祖先的生物学角度推断
    更多信息
    		  
    位于细胞质中 国际能源署
    从电子注释推断
    更多信息
    		  
    定位于胞浆中 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    谷氨酸能突触激活 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    mCRD介导的mRNA稳定复合物的一部分 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    核质中的is_active_ 国际律师协会
    从祖先的生物学角度推断
    更多信息
    		  
    核质定位 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    位于核内 国际能源署
    从电子注释推断
    更多信息
    		  
    is_active_in突触后密度 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    核糖核蛋白复合物的一部分 国际标准化组织
    从序列正畸学推断
    更多信息
    		  
    突触中的活动 经验
    根据实验推断
    更多信息
    		 公共医学 
    突触中的活动 国际开发协会
    根据直接分析推断
    更多信息
    		 公共医学 

    一般蛋白质信息

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    首选名称
    异质核核糖核蛋白D0
    姓名
    富含AU元素的RNA-结合蛋白1
    hnRNP D0

    NCBI参考序列（RefSeq）

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    新款 尝试新的成绩单表

    独立于注释的RefSeq维护基因组

    这些参考序列独立于基因组构建而存在。解释

    这些参考序列独立于基因组进行筛选注释循环，因此其版本可能与当前的RefSeq版本不匹配基因组构建。通过比较中RefSeq的版本来确定版本不匹配本节至中报告的那一节基因组区域，成绩单和产品以上。

    mRNA和蛋白质

    1. NM_001077265.2号→核电厂_001070733.1异质核核糖核蛋白D0亚型a

      参见NP_001070733.1的相同蛋白质及其注释位置

      状态：已验证

      说明
      转录变体：这个变体（1）代表最长的转录，编码最长的亚型（a）。
      源序列
      AC022062、BC049098、CX567003
      共识CDS
      CCDS39182.1号文件
      UniProtKB/Swiss-Prot公司
      第60667号,Q60668问题,Q80ZJ0型,Q91X94型
      相关的
      ENSMUSP00000132735.2公司,ENSMUST0000012361.8号
      保守领域（3）总结
      cd12575
      地点：99→172
      RRM1_hnRNPD_类似；异质核核糖核蛋白hnRNP D0、hnRNP A/B、hnRNP-DL和类似蛋白中的RNA识别基序1
      cd12583型
      地点：183→257
      RRM2_hnRNPD；异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白中的RNA识别基序2
      pfam08143型
      地点：60→78
      CBFNT；CBFNT（NUC161）域

    2. NM_001077266.2号→NP_001070734.1号异质核核糖核蛋白D0亚型b

      参见NP_001070734.1的相同蛋白质及其注释位置

      状态：已验证

      说明
      转录变异体：与变异体1相比，该变异体（2）在5'编码区缺少一个交替的框内外显子。它编码亚型b，与亚型a相比，亚型b缺少内部片段且较短。
      源序列
      AC022062、AK077409、BC049098、CA451481、CK618758
      共识CDS
      CCDS39180.1号文件
      UniProtKB/TrEMBL公司
      G3X9W0型
      相关的
      ENSMUSP00000108561.4号,ENSMUST00000112939.10号
      保守领域（3）总结
      cd12583
      地点：164→238
      RRM2_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序2（RRM2）
      pfam08143型
      地点：60→78
      CBFNT；CBFNT（NUC161）域
      cd12756型
      地点：80→153
      RRM1_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序1（RRM1）

    3. NM_001077267.2号→NP_001070735.1号异质核核糖核蛋白D0亚型d

      参见NP_001070735.1的相同蛋白质及其注释位置

      状态：已验证

      说明
      转录变体：与变体1相比，该变体（4）缺少两个交替的框架内外显子，分别位于5'和3'编码区。它编码亚型d，比亚型a短。
      源序列
      AC022062、BC049098、CF751545、CK618758
      共识CDS
      CCDS51571.1号文件
      UniProtKB/TrEMBL公司
      G5E8G0型
      相关的
      ENSMUSP00000072533.7号,ENSMUST00000072750.13
      保守领域（3）总结
      cd12583
      地点：164→238
      RRM2_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序2（RRM2）
      pfam08143型
      地点：60→78
      CBFNT；CBFNT（NUC161）域
      cd12756
      地点：80→153
      RRM1_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序1（RRM1）

    4. NM_007516.3号→NP_031542.2型异质核核糖核蛋白D0亚型c

      参见NP_031542.2的相同蛋白质及其注释位置

      状态：已验证

      说明
      转录变异体：与变异体1相比，该变异体（3）在3'编码区缺少一个交替的框内外显子。它编码亚型c，与亚型a相比，亚型c缺少内部片段且较短。
      源序列
      AC022062、BC049098
      共识CDS
      CCDS39181.1号文件
      UniProtKB/Swiss-Prot公司
      Q60668问题
      相关的
      ENSMUSP000000019128.9,ENSMUST00000019128.15号
      保守领域（3）总结
      cd12583
      地点：183→257
      RRM2_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序2（RRM2）
      pfam08143型
      地点：60→78
      CBFNT；CBFNT（NUC161）域
      cd12756
      地点：99→172
      RRM1_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序1（RRM1）

    注释基因组的参考序列：GCF_000001635.27-RS_2024_02

    以下部分包含属于特定基因组构建。解释

    参考GRCm39 C57BL/6J

    基因组学

    1. NC_000071.7参考GRCm39 C57BL/6J

      范围
      100103794.100126926补码
      下载
      GenBank（基因银行）,美国金融服务贸易协会,序列查看器（图形）

    mRNA和蛋白质

    1. XM_036164755.1号→XP_036020648.1号异质核核糖核蛋白D0亚型X4

      UniProtKB/TrEMBL公司
      G5E8G0型
      保守领域（3）总结
      cd12583
      地点：164→238
      RRM2_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序2（RRM2）
      pfam08143型
      地点：60→78
      CBFNT；CBFNT（NUC161）域
      cd12756
      地点：80→153
      RRM1_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序1（RRM1）

    2. XM_036164753.1号→XP_036020646.1号异质核核糖核蛋白D0亚型X2

      UniProtKB/TrEMBL公司
      G3X9W0型
      保守领域（3）总结
      cd12583
      地点：164→238
      RRM2_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序2（RRM2）
      pfam08143型
      地点：60→78
      CBFNT；CBFNT（NUC161）域
      cd12756
      地点：80→153
      RRM1_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序1（RRM1）

    3. XM_036164754.1号→XP_036020647.1号异质核核糖核蛋白D0亚型X3

      保守领域（3）总结
      cd12583
      地点：183→257
      RRM2_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序2（RRM2）
      pfam08143型
      地点：60→78
      CBFNT；CBFNT（NUC161）域
      cd12756
      地点：99→172
      RRM1_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序1（RRM1）

    4. XM_006534735.5号→XP_006534798.1号异质核核糖核蛋白D0亚型X1

      参见XP_006534798.1的相同蛋白质及其注释位置

      UniProtKB/Swiss-Prot公司
      Q60667问题,Q60668问题,Q80ZJ0型,Q91X94型
      保守领域（3）总结
      cd12575型
      地点：99→172
      RRM1_hnRNPD_类似；异质核核糖核蛋白hnRNP D0、hnRNP A/B、hnRNP-DL和类似蛋白中的RNA识别基序1
      cd12583
      地点：183→257
      RRM2_hnRNPD；异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白中的RNA识别基序2
      pfam08143型
      地点：60→78
      CBFNT；CBFNT（NUC161）域

    5. XM_036164756.1号→XP_036020649.1号异质核核糖核蛋白D0亚型X5

      UniProtKB/TrEMBL公司
      F6ZV59型
      保守领域（2）总结
      cd12583
      地点：85→159
      RRM2_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序2（RRM2）
      cd12756
      地点：1→74
      RRM1_hnRNPD；在异质核核糖核蛋白D0（hnRNP D0）和类似蛋白质中发现的RNA识别基序1（RRM1）

    核糖核酸

    1. XR_004942430.1号RNA序列

    2. XR_389258.5号RNA序列

    3. XR_389257.5号RNA序列

    核苷酸 蛋白质 应变
    标题 访问和版本
    蛋白质接入 链接
    GenPept链接 UniProtKB链接
    问题60668.2 GenPept公司 UniProtKB/瑞士Prot:Q60668

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