法玛特

代谢和转录组数据的功能分析

生物导体版本：释放（3.18）

Famat旨在收集用户提供的基因和代谢物列表的数据，并通过Shiny应用程序将其可视化。收集的信息是：-含有用户基因和代谢物的通路（通过通路富集分析获得）。-路径内用户元素之间的直接交互有关元素的信息（其标识符和描述）对用户基因进行Go术语富集分析。Shiny应用程序由以下信息组成：-有关基因、代谢产物以及它们在通路内的直接相互作用的信息。-显示列表中哪些元素位于路径中的heatmap（路径是按层次结构构建的）使用分子功能和生物过程的富集go-terms层次。

作者：马修·查尔斯

维护人员：马修·查尔斯（Mathieu Charles）<Mathieu.Charles at inrae.fr>

引文（从R中输入引文（“famat”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“famat”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“famat”）

法玛特	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	功能预测,GO（开始）,GeneSet扩展,KEGG公司,路径,反应途径,软件
版本	1.12.0
在生物导体中	生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.0）
进口	KEGGREST公司，mgcv，stats，BiasedUrn，dplyr，gprofiler2，rWikiPathways（维基路径）,反应.db，字符串，政府.db，本体指数，tidyr，shinny，shinnydashboard，shinnyBS，plotly，magrittr，DT，clusterProfiler（群集探查器）,组织Hs.eg.db
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/emiliesecherre/famat
错误报告	https://github.com/emiliesecherre/famat/issues网站

建议	仿生风格、knitr、rmarkdown、testtat、BiocManager
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	famat_1.12.0.tar.gz（法语）
Windows二进制	famat_1.12.0.zip
macOS二进制（x86_64）	法马特_1.12.0.tgz
macOS二进制（arm64）	法马特_1.12.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/famat网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/法马特
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/famat/
包短Url	https://bioductor.org/packages/famat/
软件包下载报告	下载统计信息