OncoSimulR软件

生物导体版本：释放（3.19）

无性生殖人群的正向群体遗传模拟功能，特别关注癌症进展。适合度可以是多个基因或基因模块之间遗传相互作用的任意函数，包括上位性、突变积累的顺序限制和顺序效应。适应度（包括出生、死亡或出生和死亡）也可以是其他基因型相对频率和绝对频率的函数（即频率依赖适应度）。基因之间的突变率可能不同，我们可以包括突变/反突变基因（以模拟突变表型）。模拟多物种场景和治疗干预，包括适应性治疗，也是可能的。仿真使用连续时间模型，可以包括驾驶员和乘客基因和模块。还包括以下功能：模拟癌基因树、连接贝叶斯网络和其他癌症进展模型中发现的随机DAG类型；从单个或多个模拟实现中绘制和采样，包括单细胞采样；绘制克隆体的父子关系；生成随机健身场景（Rough Mount Fuji、House of Cards、additive、NK、Ising和Eggbox模型）并绘制它们。

作者：拉蒙·迪亚兹·乌里亚特[aut，cre]，塞尔吉奥·桑切兹·卡里略[aut]，胡安·安东尼奥·米格尔·冈萨雷斯[aut'，阿尔贝托·冈萨雷斯-克莱因[aut]，哈维尔·穆·诺兹·哈罗[aut:哈维尔·洛佩斯·卡诺[aut].尼古拉斯·恩德斯[ctb]，马克·泰勒[ctb:阿拉什·帕托[ctb].索菲·布鲁伊莱特[ctb'，塞巴斯蒂安·马图舍夫斯基[ctb]，哈里·安诺尼[ctb].卢卡·费雷蒂[ctb=，纪尧姆·阿查兹（Guillaume Achaz）[ctb]、泰莫特斯·沃洛兹科（Tymoteusz Wolodzko）[ctb）[cttb]、吉列尔莫·戈林斯·科尔德罗（Guillermo Gorines Cordero）[ctb]、伊万·洛尔卡·阿隆索（Ivan Lorca Alonso）[ctb]、弗朗西斯科·穆诺兹·洛佩兹（Francisco Mu\~noz Lopez）[ctb]、大卫·罗塞罗·莫罗（David Roncero Moro\~no[ctb][ctb'）、阿尔瓦罗·奎韦多（Alvaro Quevedo）[ct b]、巴勃罗·佩雷斯（Pablo Perez），特蕾莎·尼德伯格、克里斯蒂安·本德、马蒂亚斯·曼内克、克劳迪奥·洛塔兹、蒂姆·贝斯巴思、萨拉·多拉多·阿尔法罗、米格尔·埃尔南德斯·德尔瓦莱、阿尔瓦罗·韦尔塔斯·加西亚、迭戈·马奈斯·凯耶罗、亚历杭德罗·马丁·穆诺兹、玛尔塔·库斯·伊格莱西亚斯、西尔维娅·加西亚·科布斯，卡洛斯·马达里亚加·阿拉门迪（ctb）、安娜·罗德里格斯·朗彻（Ana Rodriguez Ronchel）、卢西娅·桑切斯·加西亚（Lucia Sanchez Garcia）、尤兰达·贝尼特斯·奎萨达（Yolanda Benitez Quesada）、阿西尔·费尔南德斯·帕托（Asier Fernandez Pato）、埃斯佩兰扎·洛佩斯·洛佩兹（Esperanza Lopez Lopez）、阿尔贝托·曼努埃尔·帕拉·佩雷斯（Alberto Manuel Parra Perez）、豪尔赫·加西亚（Jorge Garcia Calleja）、安·德尔·拉莫·加利安，罗莎莉亚·帕洛米诺·卡布雷拉（ctb）、拉斐尔·巴雷罗·罗德里格斯（Rafael Barrero Rodriguez）、西尔维娅·塔拉维拉·马科斯（Silvia Talavera Marcos）

维护人员：拉蒙·迪亚兹·乌里亚特<rdiaz02 at gmail.com>