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亚当

ADAM:活动和多样性分析模块


生物导体版本:释放(3.18)

ADAM是一个GSEA R包,用于根据不同物种的比较样本(对照组与实验组)的各自功能(默认为基因本体和KEGG通路)对一组基因进行分组,并通过计算代表原基因多样性和活性的p值来显示其重要性。每一组基因被称为GFAG(功能相关基因组)。

作者:AndréLuiz Molan[aut]、Giordano Bruno Sanches Seco[ctb]、Agnes Takeda[ctb]、Jose Rybarczyk Filho[ctb,cre,ths]

维护人员:Jose Luiz Rybarczyk Filho联合国教科文组织的Jose.Luiz

引文(从R中输入引文(“ADAM”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“ADAM”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“ADAM”)
使用ADAM HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 基因表达式,GeneSet扩展,KEGG公司,微阵列,路径,软件
版本 1.18.0
在生物导体中 生物技术3.9(R-3.6)(5年)
许可证 GPL(>=2)
取决于 R(>=3.5)、stats、utils、methods
进口 Rcpp(>=0.12.18),政府.db(>=3.6.0),KEGGREST公司(>=1.20.2),knitr,pbapply(>=1.3-4),dplyr(>=0.7.6),DT(>=0.4),stringr(>=1.3.1),总结性实验(>= 1.10.1)
系统要求 C++11语言
统一资源定位地址
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 ADAM_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 ADAM_1.18.0.zip文件(仅64位)
macOS二进制(x86_64) ADAM_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64) ADAM_1.18.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ADAM
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ADAM
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ADAM网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/ADAM/
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