亚当
ADAM:活动和多样性分析模块
生物导体版本:释放(3.18)
ADAM是一个GSEA R包,用于根据不同物种的比较样本(对照组与实验组)的各自功能(默认为基因本体和KEGG通路)对一组基因进行分组,并通过计算代表原基因多样性和活性的p值来显示其重要性。每一组基因被称为GFAG(功能相关基因组)。
作者:AndréLuiz Molan[aut]、Giordano Bruno Sanches Seco[ctb]、Agnes Takeda[ctb]、Jose Rybarczyk Filho[ctb,cre,ths]
维护人员:Jose Luiz Rybarczyk Filho联合国教科文组织的Jose.Luiz
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“ADAM”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“ADAM”)
细节
生物视图 |
基因表达式,GeneSet扩展,KEGG公司,微阵列,路径,软件 |
版本 |
1.18.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.9(R-3.6)(5年) |
许可证 |
GPL(>=2) |
取决于 |
R(>=3.5)、stats、utils、methods |
进口 |
Rcpp(>=0.12.18),政府.db(>=3.6.0),KEGGREST公司(>=1.20.2),knitr,pbapply(>=1.3-4),dplyr(>=0.7.6),DT(>=0.4),stringr(>=1.3.1),总结性实验(>= 1.10.1) |
系统要求 |
C++11语言 |
统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。