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生物
结晶学
第58卷
|
第8部分
国际标准编号:1399-0047
2002年8月发行
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表面静电势
-CIN(顶部)和
-CRY(底部)、前(左侧)和后(右侧)视图。
负电荷区用红色表示,正电荷区用蓝色表示,
第1314页
.
研究论文
《水晶学报》。
(2002).
D类
58
,
1255-1261
doi:10.1107/S0907444902008430
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无金属MIRAS定相:apo-S100A3的结构
P.R.E.Mittl先生
,
G.弗里茨
,
D.F.萨金特
,
T.J.里士满
,
C.W.海兹曼
和
M.G.Grütter先生
无金属S100A3,一种富含半胱氨酸的钙
2+
-和锌
2+
-结合蛋白,在严格排除氧气和缺乏二价金属离子的情况下,通过蒸汽扩散结晶。
该结构通过使用碘化钾和氙衍生物的MIRAS相位确定。
PDB参考
:
apo-S100A3,1kso,r1ksosf
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《水晶学报》。
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58
,
1262-1268
doi:10.1107/S0907444902009526
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X射线诱导的Br处核酸脱溴
K(K)
吸收边缘和MAD相位的含义
E.恩尼法尔
,
P.卡彭蒂尔
,
J.-L.费雷尔
,
P.沃尔特
和
P.杜马
使用溴化衍生物的多波长反常分散被认为是解决化学合成核酸结构的一种常见且方便的技术。
这里显示,相对适度的X射线剂量可以诱导足够的脱溴,以防止结构测定。
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58
,
1269-1276
doi:10.1107/S0907444902009599
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尿嘧啶DNA糖基化酶(UDG)的结构域闭合和作用:含有
大肠杆菌
酶和UDG已知结构的比较研究
K.赛克里希南
,
M.Bidya Sagar先生
,
R.拉维尚卡
,
S.罗伊
,
K.Purnapatre公司
,
P.汉达
,
U.瓦什尼
和
M.维贾扬
涉及此处报告的结构和类似已知结构的比较研究表明,UDG分子的迁移率由构成分子的两个域的刚体运动和域内的柔韧性组成。
DNA结合导致结构域闭合,而和蛋白质抑制剂结合则不会。
PDB参考
:
UDG,1磅/平方英寸,1磅/平方英寸
;
UDG–Ugi,形式I,1lqg,r1lqgsf
;
UDG–Ugi,形式II,1lqm,r1lqmsf
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《水晶学报》。
(2002).
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58
,
1277-1281
doi:10.1010/S090744490200971X
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直接方法在蛋白质晶体相延伸中的应用
F.江
提出了一种新的直接方法,该方法使用了最初引入的符号概率来打破相位模糊,其中已知的相位信息可以用作相位细化中的约束相位。
这种新的配方已用于蛋白质晶体相延伸,并证明是有效的。
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,
1282-1286
doi:10.1107/S0907444902009794
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快速旋转匹配
J.A.科瓦茨
和
W.Wriggers公司
提出了一种计算效率高的公式,大大加快了生物分子匹配问题中的旋转搜索。
这是通过一组新的参数实现的,这些参数允许对所有三个旋转自由度进行傅里叶变换。
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,
1287-1297
doi:10.1107/S090744490200999X
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的结构
D类
-甘油醛-3-磷酸脱氢酶与辅酶类似物的络合
Y.Shen先生
,
S.宋
和
Z.林
辅酶类似物ADP-核糖和SNAD与GAPDH的络合结构
+
已通过分子替换确定。
国民账户体系
+
–GAPDH揭示了结晶状态下的显著分子不对称性。
PDB参考
:
国民账户体系
+
–GAPDH、1ihx、r1ihxsf
;
ADPR–GAPDH,1ihy,r1hysf
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1298-1306
doi:10.1107/S090744490201016
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V45E和V45Y突变体的结构及多种细胞色素的结构比较
b条
5
突变体
甘建豪
,
J.Wu先生
,
Z.-Q.王
,
Y.-H.王
,
Z.-X.黄
和
Z.X.夏
细胞色素的结构
b条
5
突变体V45E和V45Y显示突变体中Glu45和Tyr45的大侧链指向溶剂而不是血红素,导致血红素囊的疏水性降低。
V45Y突变体中卟啉环的旋转和轴向配体His39的构象变化表明,血红素的微环境因突变而受到干扰。
PDB参考
:
V45E、1lqx、r1lqxsf
;
V45Y、1lr6、r1lr6sf
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(2002).
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58
,
1307-1313
doi:10.1107/S0907444902010090
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原子分辨率数据揭示了核糖核酸酶Sa结构的灵活性
谢夫契克
,
V.S.兰津
,
Z.道特
和
K·S·威尔逊
1.0中重组核糖核酸酶Sa的结构
在低温下收集的同步辐射数据显示,主链在含有活性位点残基的两个环中存在两种交替构象。
根据1.2的室温数据对结构进行改进后,未观察到该特征
奥分辨率。
PDB参考
:
核糖核酸酶Sa,1lni,1lnisf
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(2002).
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58
,
1314-1321年
doi:10.1107/S090744490201107
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对某些植物有毒的蛋白质β-肉桂素的结构
M.L.罗德里格斯
,
M.阿彻
,
P.马特尔
,
A.雅克
,
A.克拉瓦多
和
M.A.Carrondo先生
植物病原真菌分泌的诱导素β-肉桂素的X射线结构
肉桂
通过分子置换法测定,精确到1.8
奥分辨率。
PDB参考
:
β-肉桂素,1ljp,r1ljpsf
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,
1322-1328
doi:10.1107/S0907444902010156
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肌酸酰胺水解酶的结构
放线杆菌
B.帕德马纳班
,
A.帕勒
和
M.Horikoshi先生
肌酸酰胺水解酶的晶体结构
放线杆菌
已通过分子置换法测定,精确到2.7
奥分辨率。
PDB参考
:
肌酸酶,1kp0,r1kp0sf
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结晶纸
《水晶学报》。
(2002).
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58
,
1329-1331
doi:10.1107/S0907444902006170
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钠的可溶结构域的提纯、结晶和初步X射线分析
+
-泵送细胞色素
博
喹啉氧化酶
透明颤菌属
K.-J.金
,
Y.Kim先生
,
K.-W.公园
,
D.A.韦伯斯特
和
A.J.霍华德
24小时
kDa-CyoA可溶性结构域
透明颤菌属
细胞色素
博
喹啉氧化酶是从2的溶液中结晶出来的
M(M)
硫酸铵和5%异丙醇。
晶体属于太空群
P(P)
4
三
32个
一
= 122.2
每个不对称单元含有一个CyoA亚基。
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(2002).
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58
,
1332-1334
doi:10.1107/S0907444902007953
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三角晶型的结晶和初步X射线衍射分析
酿酒酵母
醇脱氢酶I:晶体中存在锌离子的证据
K.-J.金
和
A.J.霍华德
酿酒酵母
醇脱氢酶I在空间群中结晶
P(P)
三
1
21或
P(P)
三
2
21并衍射到3.0
Å分辨率。
晶体的荧光扫描在9671.6处产生峰值
eV,表明存在锌
2+
晶体中的离子。
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(2002).
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58
,
1335-1337
doi:10.1107/S0907444902010466
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大蒜中的蒜氨酸裂解酶(
大蒜
):结晶和初步X射线表征
L.J.W.西蒙
,
A.拉宾科夫
,
T.米隆
,
D.米勒曼
,
M.Wilchek先生
和
F.弗罗洛
从大蒜鳞茎中分离出蒜氨酸酶并结晶。
晶体属于太空群
P(P)
2
1
,带有单位-细胞参数
一
= 70.191,
b条
= 127.006,
c(c)
= 108.085
Å, β = 93.384°.
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《水晶学报》。
(2002).
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58
,
1338-1339
doi:10.1107/S0907444902008478
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好氧高温古菌谷氨酸脱氢酶的结晶和初步X射线衍射分析,
薰衣草
第1页
M.W.Bhuiya先生
,
H.Tsuge公司
,
H.樱叶
,
K.Yoneda公司
,
N.卡图努马
和
T.Ohsima公司
好氧高温古细菌产生的谷氨酸脱氢酶,
A.秘鲁
K1已经结晶。
衍射数据集已在3.0时收集
奥分辨率。
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(2002).
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58
,
1340-1342
doi:10.1107/S0907444902008958
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TRAF3的TRAF结构域的结晶和初步X射线分析
C.-Z.镍
,
K.威尔士
,
J.郑
,
M.哈弗特
,
J.C.里德
和
K.R.伊利
已确定结晶条件,以制备TNF受体相关因子TRAF3的TRAF结构域的高质量晶体,适用于该因子单独或与TNF受体相互作用区域的肽复合物的结构研究。
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(2002).
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58
,
1343-1345
doi:10.1107/S0907444902009125
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限制性内切酶的一种新晶型
生态
衍射至2.8的RII
奥数分辨率
E.X.周
,
M.路透社
,
E.J.Meehan先生
和
L.Chen先生
一种新的晶体形式
生态
RII是一种IIe型限制性内切酶。
新单斜晶衍射到2.8
奥分辨率。
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(2002).
D类
58
,
1346-1349
doi:10.1107/S0907444902009137
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鼠李糖乳聚糖裂解酶晶体的逐步优化
尖曲霉
R.卡迪维拉吉
,
P.哈里斯
,
J.-C.N.鲍尔森
,
S.Kauppinen公司
和
S.Larsen公司
结晶条件的逐步优化、X射线衍射表征和重原子衍生鼠李糖乳聚糖裂解酶的空间群变化
刺突A.acuretus
已报告。
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(2002).
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58
,
1350-1352年
doi:10.1107/S0907444902009150
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咔唑1,9a-加氧酶末端加氧酶组分的结晶及初步晶体学分析
树脂假单胞菌
应变CA10
J.-W.南
,
Z.藤本
,
H.瑞穗
,
H.亚马内
,
吉田(T.Yoshida)
,
H.哈贝
,
H.诺吉里
和
T.奥莫里
CarAa,咔唑1,9a-双加氧酶的末端加氧酶组分
P.树脂原
应变CA10已结晶,衍射数据已收集到3.0
奥分辨率。
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58
,
1353-1355
doi:10.1107/S0907444902009162
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Shank1 PDZ结构域的结晶和初步X射线晶体学研究
褐家鼠
S.H.公园
,
Y.J.进口
,
S.-H.Rho公司
,
J.H.李
,
S.杨
,
E.金
和
S.H.Eom公司
Shank1的PDZ域
褐鼠
以无肽形式结晶,并与GKAP的C末端八肽形成络合物。
天然晶体和复杂晶体属于空间群
P(P)
2
1
和
P(P)
2
1
2
1
2
1
衍射到1.8和3.2
分别为?分辨率。
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(2002).
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58
,
1356-1358
doi:10.1010/S0907444902009447
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产肌酸酶的结晶及初步晶体学分析
恶臭假单胞菌
B.贝斯
,
K.尼芬
和
D.朔姆堡
肌酐水解酶肌酸酶首次成功结晶。
晶体对X射线的衍射至少为2.5
奥分辨率。
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《水晶学报》。
(2002).
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58
,
1359-1361
doi:10.1107/S0907444902010004
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ezrin FERM畴的结晶和初步晶体学分析
W·J·史密斯
和
R.A.Cerione公司
细胞骨架-质膜连接分子ezrin的FERM结构域已结晶。
单斜晶体衍射到2.3
奥分辨率。
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《水晶学报》。
(2002).
D类
58
,
1362-1364
doi:10.1010/S0907444902010028
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转录调控因子TraR与其辅因子和特定DNA序列结合的结晶和初步X射线衍射研究
A.瓦尼尼
,
C.沃尔帕里
,
C.加乔利
,
E.穆拉格里亚
,
R.德弗朗西斯科
,
P.内德曼
和
S.Di Marco公司
转录调控因子TraR来自
A.肿瘤
已与其激活分子信息素形成复合物结晶
N个
-3-氧辛基-
L(左)
-高丝氨酸内酯(AAI)及其靶DNA序列,一种称为TraBox的18碱基对DNA序列。
使用seleno的三波长MAD数据集-
L(左)
-蛋氨酸取代晶体的收集分辨率为3
Å.
阅读文章
《水晶学报》。
(2002).
D类
58
,
1365-1367
doi:10.1010/S090744490201003X
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一种醌氧化还原酶的过度生产、结晶和初步X射线衍射分析
嗜热菌
HB8型
下村义夫
,
K.Sumiguchi-Agari公司
,
R.Masui先生
,
S.Kuramitsu公司
和
K.Fukuyama(福山)
醌氧化还原酶来自
嗜热杆菌
年HB8生产过剩
大肠杆菌
然后在无NADPH和有NADPH的情况下结晶。
阅读文章
《水晶学报》。
(2002).
D类
58
,
1368-1370
doi:10.1107/S090744490201120
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亮氨酸肌动蛋白结合域的纯化、结晶和初步X射线分析
L.Urbániková
,
L.詹达
,
A.波波夫
,
G.威切
和
谢夫契克
表达、纯化并结晶了一种细胞连接蛋白——plectin的肌动蛋白结合域。
单斜晶体衍射到2.0
使用同步辐射的光学分辨率。
阅读文章
《水晶学报》。
(2002).
D类
58
,
1371-1373
doi:10.1107/S0907444902010132
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博尔纳病病毒基质蛋白的结晶及初步X射线分析
I.克劳斯
,
H.谢夫奇克
,
M.艾克曼
,
S.Kiermayer公司
,
M.T.斯塔布斯
和
W.加滕
16人
博尔纳病病毒包膜的kDa基质蛋白在
大肠杆菌
在空间群中结晶
我
432,带单元间参数
一
=
b条
=
c(c)
= 144.6
Å.
晶体衍射到3.1
Å.
阅读文章
《水晶学报》。
(2002).
D类
58
,
1374年-1375年
doi:10.1107/S0907444902010168
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水稻α-半乳糖苷酶的结晶及初步X射线晶体学研究
Z.藤本
,
O.小林
,
S.Kaneko公司
,
M.妈妈
,
H.小林
和
H.瑞穗
α-半乳糖苷酶催化低聚半乳糖和半乳多糖水解为α-半乳糖残基。
水稻α-半乳糖苷酶(
欧·萨提娃
L.ssp公司。
日本的
)结晶,在1.9时收集X射线数据
奥分辨率。
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《水晶学报》。
(2002).
D类
58
,
1376-1378
doi:10.1107/S0907444902010429
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43的结晶
的kDa ATP酶域
嗜热菌
新生霉素复合物中的回转酶B
V.拉穆尔
,
L.霍尔曼
,
J.-M.杰利奇
,
P.乌代特
和
D.莫拉斯
第43页
的kDa ATP酶域
嗜热杆菌
回转酶B在
大肠杆菌
三步纯化法产生了大量高纯度的酶,并在数周内保持稳定。
43的水晶
获得了kDa结构域与新生霉素复合物,新生霉素是细菌拓扑异构酶最有效的抑制剂之一。
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《水晶学报》。
(2002).
D类
58
,
1379-1380年
doi:10.1107/S0907444902008156
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人体结晶与初步晶体学分析
L(左)
-木糖还原酶
O.El Kabbani公司
,
R.P.-T.Chung
,
石仓S.Ishikura
,
N.乌萨米
,
J.中川
和
A.哈拉
人的正交晶体
L(左)
-木糖还原酶是从缓冲聚乙二醇溶液中生长出来的,衍射到2.1
奥分辨率。
阅读文章
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《水晶学报》。
(2002).
D类
58
,
1381-1384
doi:10.1107/S090744490200896X
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d的结构(TGCGCA)
2
293
K: 序列和温度影响的比较
S.Thiyagarajan公司
,
P.Satheesh Kumar先生
,
S.S.拉詹
和
N.高萨姆
序列为d的六聚体DNA片段的晶体结构(TGCGCA)
2
已在293求解并细化
K,分辨率为1.64
Å.
当前结构与低温结构和d(CGCGCG)结构的比较
2
揭示了序列和温度对Z-DNA六聚体双重结构的影响。
NDB参考
:
d(TGCGCA)
2
、ZD0007
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(2002).
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58
,
1385-1386
doi:10.1107/S090744490200985X
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PDB Goodies公司
–基于web的GUI,用于操作蛋白质数据库文件
A.S.Z.侯赛因
,
五、山蒂
,
S.S.Sheik公司
,
杰亚坎坦
,
P.塞尔瓦拉尼
和
K.塞卡尔
开发了一个基于万维网的图形用户界面,用于操作蛋白质数据库中可用的蛋白质结构。
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