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p亲吻
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p亲吻是一种折叠RNA二级结构的工具,包括两类有限的伪结。

作为p亲吻是的继承人密码RG,第一个伪结类是标准简单递归伪结密码RG。新班级是标准简单递归接吻发夹

为了在添加更复杂的接吻发夹类的同时保持快速的运行时间,我们从两个典型的简单递归伪结的重叠中启发式地构造了接吻发卡。通过应用这个技巧,我们有点不彻底了。根据我们的评估,表现仍然很好。
如果你对这种情况感到不舒服,p亲吻提供了另外三种计算接吻发夹的策略。这些策略要么速度较慢,要么消耗更多内存。
我们强烈建议使用策略A。请参阅手册详细信息。

战略 时间复杂性 空间复杂性
策略A O(n)4) O(n2)
策略B O(n)4) O(n))
策略C O(n5) O(n)2)
策略D O(n)6) O(n)2)

作者:S.Janssen

请pKiss用户引用:
詹森、斯特凡和吉格里奇、罗伯特 RNA成型工作室,生物信息学,2015
建造于2015年6月25日(32:49335b54b1ba)