抽象形状是RNA结构的数学定义良好的粗粒度视图，支持用户只关注“有趣”的结构特征。
RNAshapes和pKiss操作于单序列输入。它们的对应物RNAlishapes和pAliKiss将多序列比对作为输入。RNAshapes和RNAlishapes预测纯嵌套的二级结构。pKiss和pAliKiss还考虑了H型假结和接吻发夹。
结框架-KnotInFrame是一种预测核糖体-1移码位点的管道，在DNA和RNA序列中以简单的假结作为二级结构。
pAliKiss（爱丽丝之吻）-pAliKiss是一个二级结构预测工具，包括亲吻发夹图案。
p亲吻-pKiss是一种二级结构预测工具，包括亲吻发夹图案。
密码RG-RNA折叠和热力学匹配
快速形状-使用运行时启发式进行概率形状分析，计算热力学匹配器（TDM）。
RNA模拟形状-用于序列比对的R2222NA二级结构预测和形状提取。
RNA形状-RNA二级结构预测和RNA序列的形状提取。
