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工具书类
作者:K.Rasmussen,W.Gerlach
SWIFT诉讼是一个用于快速基于索引的序列比较的软件集合。
  • SWIFT银行代码��� 快速局部对齐搜索,确保在两个序列之间找到ε匹配。
  • SWIFT BALSAM银行��� 一个基于k-mer种子的快速程序,用于查找半全局无间隙对齐。

SWIFT银行代码

SWIFT是一个用于快速局部对齐搜索的程序,确保在两个序列之间找到ε匹配。ε匹配是给定长度以上的局部对齐,错误率最多为ε。

SWIFT BALSAM银行

SWIFT BALSAM(BAsic fiLter for Semigobal non-gapped AlignMent search)是一种工具,用于在一组读取(或任何其他DNA序列)中查找与给定参考序列(例如基因组)具有完美k元匹配的读取

当BLAST需要很长时间(数小时或数天)来将数百万个读取与基因组对齐时,BALSAM可以在几分钟内完成。因此,它可以在预处理步骤中用作过滤器,以查找具有k-mer匹配(和给定相似性阈值)的所有读取。然后,可以在更短的时间内将更小的匹配读取集与基因组“爆炸”。

外部链接

请同时查看RazerS(剃须刀)RazerS也基于SWIFT引入的主要技术。

请SWIFT诉讼的用户引用:
Rasmussen,Kim R.和Stoye,Jens和Myers,Eugene W。 高效q-gram过滤器,用于查找给定长度上的所有epsilon-匹配,《计算生物学杂志》,2006
建造于2015年6月25日(4:56ff75259d8f)