形状工作室-RNA形状工作室包括四个RNA二级结构预测工具，它们大量使用形状抽象。
aCM-双变量协方差模型是一种随机同源搜索工具，支持多个一致的二级RNA结构。
GUGle公司-RNA碱基配对规则下的快速精确匹配实用程序
InSilicioDicer公司-InSilicioDicer-成熟miRNA的内在和外在预测。
运动（Locomotif）-运动：用生成的热力学匹配子定位RNA模体
paRNAs公司-paRNAss-替代RNA二级结构的预测。
平面ACstar-planACstar是计划AC*的一个实现，通过结构比较改进结构RNA比对。
RNAforester公司-RNAforester是RNA二级结构比较的工具。
RNA杂交-求最小自由能杂交
RNA筛选器没有可用的描述
