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.2008年12月;26(12):1367-72.
doi:10.1038/nbt.1511。 Epub 2008年11月30日。

MaxQuant可实现高肽识别率、个体化p.p.b.范围质量准确度和全蛋白质定量

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MaxQuant可实现高肽识别率、个体化p.p.b.范围质量准确度和全蛋白质定量

尤尔根考克斯等。 Nat生物技术. 2008年12月.

摘要

高效分析大量用于肽鉴定和蛋白质定量的原始数据是基于质谱(MS)的蛋白质组学的主要挑战。这里我们介绍MaxQuant,这是一套专门为高分辨率定量MS数据开发的集成算法。利用相关性分析和图论,MaxQuant检测峰、同位素簇和稳定的氨基酸同位素标记(SILAC)肽对作为m/z、洗脱时间和信号强度空间中的三维对象。通过集成多个质量测量并校正线性和非线性质量偏移,我们在p.p.b.范围内实现了质量精度,比标准技术提高了六倍。通过明确分配同位素和错切状态以及单个质量精度,我们将SILAC肽对的已识别裂解光谱比例增加到73%。MaxQuant在每次SILAC-proteome实验中自动量化几十万肽,并允许对哺乳动物细胞裂解液中的4000多个蛋白质进行统计上可靠的鉴定和量化。

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