The IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY in 2016: towards curated quantitative interactions between 1300 protein targets and 6000 ligands

doi:10.1093/nar/gkv1037

.2016年1月4日；44（D1）：D1054-68。

doi:10.1093/nar/gkv1037。 Epub 2015年10月12日。

2016年IUPHAR/BPS药理学指南：1300个蛋白质靶点和6000个配体之间的定量相互作用

附属机构

¹英国爱丁堡大学综合生理学中心，爱丁堡，EH8 9XD。
²英国诺丁汉大学医学院生物医学学院，诺丁汉，NG7 2UH。
^三爱丁堡大学信息学院计算机科学基础实验室，爱丁堡，EH8 9LE，英国。
⁴英国剑桥大学临床药理学组，剑桥，CB2 0QQ。
⁵英国格拉斯哥G12 8QQ格拉斯哥大学生命科学学院。
⁶英国邓迪DD1 9SY邓迪大学尼维尔医院和医学院医学教育研究所神经科学部。
⁷Speding Research Solutions SARL，法国Le Vésinet 78110。
⁸美国西雅图华盛顿大学药理学系，邮编98195-7280。
⁹瑞士巴塞尔4057，PIQUR Therapeutics。
¹⁰英国爱丁堡大学综合生理学中心，爱丁堡，EH8 9XDjamie.davies@ed.ac.uk。

PMID： 26464438
预防性维修识别码：项目经理4702778
内政部： 10.1093/nar/gkv1037

2016年IUPHAR/BPS药理学指南：1300个蛋白质靶点和6000个配体之间的定量相互作用

克里斯托弗·索桑等。核酸研究. 2016.

.2016年1月4日；44（D1）：D1054-68。

doi:10.1093/nar/gkv1037。 Epub 2015年10月12日。

附属机构

¹英国爱丁堡大学综合生理学中心，爱丁堡，EH8 9XD。
²英国诺丁汉大学医学院生物医学学院，诺丁汉，NG7 2UH。
^三爱丁堡大学信息学院计算机科学基础实验室，爱丁堡，EH8 9LE，英国。
⁴英国剑桥大学临床药理学组，剑桥，CB2 0QQ。
⁵英国格拉斯哥G12 8QQ格拉斯哥大学生命科学学院。
⁶英国邓迪DD1 9SY邓迪大学尼维尔医院和医学院医学教育研究所神经科学部。
⁷Speding Research Solutions SARL，法国Le Vésinet 78110。
⁸美国西雅图华盛顿大学药理学系，邮编98195-7280。
⁹瑞士巴塞尔4057，PIQUR Therapeutics。
¹⁰英国爱丁堡大学综合生理学中心，爱丁堡，EH8 9XDjamie.davies@ed.ac.uk。

PMID： 26464438
预防性维修识别码：项目经理4702778
内政部： 10.1093/nar/gkv1037

摘要

IUPHAR/BPS药理学指南（GtoPdb，http://www.guidetopharmacology.org)提供成功药物和潜在药物及其在人类基因组中的靶点之间的专家管理的分子相互作用。该资源由国际基础和临床药理学联合会（IUPHAR）和英国药理学学会（BPS）开发，其早期化身为IUPHAR-DB，在我们2014年的出版物中进行了描述。此更新包含了对中间七个数据库版本的更改。独特的内容捕获模式是基于已建立的和新的目标类小组委员会与内部策展人合作。大多数信息来自期刊文章，但我们现在也索引激酶交叉筛选小组。目标由UniProtKB ID指定。小分子由PubChem化合物标识符（CID）定义；配体捕获还包括肽和临床抗体。我们通过公布的定量结合数据（例如Ki、IC50或Kd）扩展了配体和靶点的捕获。由此产生的药理关系网络现在定义了一个包含7%人类蛋白质的数据支持的药物基因组。该数据库还为每两年出版一次的简编《药物学简明指南》提供了扩充的基础。本文涵盖了内容增加、实体分析、修订的策划策略、新网站功能和扩展的下载选项。

©作者2015。由牛津大学出版社代表核酸研究出版。

PubMed免责声明

数字

**图2。**
三组人类蛋白质的高级基因本体（GO）功能类别。设置A类来源于20204年的总蛋白质组。设置B类用GtoPdb中的定量配体结合数据表示1228个靶点。设置C类表示554个靶点，其中配体结合数据中至少包含一种批准的药物。面板D类提供顶级GO类别的颜色键。这些图表是通过将Swiss-Prot ID从蛋白质集中加载到PANTHER基因列表分析工具中生成的（55）。

**图3。**
PubChem交叉。获得了数字通过PubChem界面主要使用预先存在的索引。例外情况是专利的自定义选择（如下所述），INN或美国采用名称（USAN）和Lipinski规则五（ROF）+150–800 Mw。除SID（第1行）交集外，CID计数。这些查询是在2015年9月初执行的，当时PubChem CID总数为6080万，我们自己的2015.2版SID已经处理完毕。

**图4。**
自2012年以来的关系增长。第一张（最左边的）图表显示了具有精心策划的配体相互作用的靶点数量，而第二张图表仅包括定量数据支持的靶点。第三和第四个图表分别显示了具有数据支持的靶点和可能被视为主要靶点的批准药物的数量。

**图5。**
来自的详细视图的抑制剂表细菌2目标条目，包括专利中的五种先导化合物。

**图8。**
人类Swiss-Prot ID交叉引用源数据库的交叉点和差异，这些源数据库用于管理化学-蛋白质映射。数据已生成通过UniProtKB接口和使用Venny工具准备的图表(http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/). 根据UniProtKB 2015_07版中的Swiss-Prot ID交叉引用，所有四个集合的组合为3603。

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[9] UniProt联盟。UniProt：蛋白质信息中心。核酸研究2015；43：D204–D212。-项目管理咨询公司-公共医学

[10] UniProt联盟。UniProt：蛋白质信息中心。核酸研究2015；43：D204–D212。-项目管理咨询公司-公共医学

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