摘要
SWATH-MS是一种依赖数据的采集方法，可在一次测量中完整记录生物样品中所有分析物的碎片离子光谱，其中前体离子相对于保留时间窗口在预定m/z范围内。为了评估基于SWATH-MS的蛋白质定量在临床应用中的性能和适用性，我们比较了基于SWATH-MS和基于SRM-MS的人类血浆中N-连接糖蛋白定量，这是发现生物标记物的常用样本。使用代表候选生物标记物的同位素标记重肽稀释系列，通过靶向数据分析，SWATH-MS的定量限在肽水平上达到0.0456 fmol，相当于血浆中5-10 ng蛋白质/mL的浓度，而SRM的定量限达到0.0152 fmol。此外，使用SWATH-MS定量内源性糖蛋白显示出高度的重复性，平均CV为14.90%，与SRM结果相关良好（R（2）=0.9784）。总的来说，SWATH-MS测量显示，与最先进的SRM测量相比，其灵敏度略低，重现性也可与人体血液中N-糖苷的靶向定量相比。然而，每次分析都可以量化大量肽。我们认为，SWATH-MS分析与血浆样品中N-糖蛋白组富集相结合是一种很有前途的生物标志物发现和验证的综合蛋白质组学方法。
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