跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2011年7月8日；43(1):145-55.
doi:10.1016/j.molcel.2011.06.016。

转录因子AP1增强染色质可及性和糖皮质激素受体结合

西蒙·比迪 1, 萨姆·约翰, 皮特·萨博, 罗伯特·E·瑟曼, 托马斯·约翰逊, R路易斯·席尔茨, 蒂娜·米兰达, Myong-Hee Sung公司, 萨西娅·特朗普, 斯塔福德·L·莱特曼, 查尔斯·文森, 约翰·A·斯塔马托亚诺波洛斯, 戈登·L·黑格
附属公司

转录因子AP1增强染色质可及性和糖皮质激素受体结合

西蒙·比迪等。 分子电池. .

摘要

核受体糖皮质激素受体（GR）的配体依赖性转录是通过与协调剂的相互作用介导的。这些相互作用在决定GR与调控元件选择性结合方面的作用尚不清楚。最近的研究表明，基因组GR结合的很大一部分与激素治疗前可获得的染色质相一致，这表明受体结合由保持染色质处于开放状态的蛋白质决定。结合DNaseI可及性和染色质免疫沉淀与高通量测序，我们确定激活蛋白1（AP1）是GR-染色质相互作用的主要伙伴。AP1对于GR调节的转录和共占调控元件的招募至关重要，这说明了AP1-GR广泛的相互作用网络。重要的是，保持基线染色质可及性有助于GR招募，并且依赖于AP1结合。我们提出了一个模型，在该模型中，转录因子的基本占据作用于质控染色质，并将诱导转录因子直接作用于基因组中的选择区域。

PubMed免责声明

数字

图1
图1。基因组调控元件的AP1占有率
A.ChIP-Seq确定的AP1结合位点的基因组位置。地塞米松诱导（1hr）后，c-Jun ChIP-Seq测定AP1的结合曲线。启动子区域被定义为来自注释转录起始位点的+/-2.5 kb。B.AP1结合与基线可及染色质区域相关。大多数AP1占用（90%，蓝色）发生在前激素（构成）可及染色质内。一小部分AP1峰（约5%）与诱导染色质或封闭染色质（孤儿）有关。重叠站点由≥10bp的交集定义。统计显著性由二项分布确定。C.AP1和GR结合显示出高度重叠。维恩图总结了AP1和GR绑定之间的全局重叠。重叠峰由≥10bp的交集定义。大部分GR峰（51%）与AP1结合位点重叠。统计显著性由二项分布确定。D.AP1和GR结合的整体重叠具有统计学意义。随机抽样模拟生物信息学计算GR和AP1结合之间的概率重叠，并与体内实验数据（GR和AP1 ChIP-Seq）。用于模拟结合的基因组区域是DNaseI热点，窗口显示为150 bp，或整个小鼠基因组窗口显示为150bp。ChIP-Seq确定的重叠在随机机会上显著丰富。图中显示了中值，误差条显示了最小值和最大值。方法见图S1H。E.GR和AP1的基因组区域存在显著重叠。实例【UCSC浏览器截图；（Kent等人，2002）】AP1 ChIP-Seq在缺乏或存在激素的情况下，以及DNaseI-Seq和GR ChIP-Seq在缺乏和存在A-fos的情况下。激素治疗1小时后进行DNaseI和GR-ChIP实验。左侧面板（45kb区域）显示GR和AP1重叠的许多位点，均与开放染色质一致。右侧面板（45kb区域）包含AP1峰，与GR占用无关，但与开放染色质一致。黑色箭头表示构成性可及染色质中的GR峰（左侧）或AP1峰（右侧）。紫色箭头表示GR在诱导位点的结合。红色箭头表示孤立GR绑定。诱导DHS位点明显弱于构成DHS位点（John等人，2011）。
图2
图2。AP1结合减弱GR活性和染色质可及性
A.A-fos抑制GR调节基因的表达使用四环素（tet-off）条件表达系统生成的表达a-fos（显性阴性fos）的细胞系示意图（左面板）。A-fos的表达通过形成DNA-结合不全的异二聚体强烈抑制内源性AP1。基因芯片检测A-fos显性负活性对基因表达的全基因组效应。以对数计算A-fos介导的基因表达变化2差值≥1。48%的651个GR调节基因（诱导和抑制）在激素反应中受损。B.A-fos表达减弱GR和AP1共同结合位点的GR结合。黑色箭头表示GR峰值。C.A-fos表达不会影响与AP1不共定位的GR结合位点。红色箭头表示GR峰值。B类和C类显示了AP1 ChIP-Seq在无激素和有激素情况下的【UCSC浏览器截图（Kent等人，2002年）】和DNaseI-Seq以及GR ChIP-Seq在无A-fos和有A-fos情况下的示例。激素治疗1小时后进行DNaseI和GR-ChIP实验。
图3
图3。AP1结合减弱全基因组GR结合和染色质可及性
A-B.A-fos表达降低了GR和AP1在共结合位点的结合。所示为AP1（A）和GR ChIP（B）q-PCR，在没有或存在A-fos的情况下进行，并在选定的部位用激素治疗1小时。对以下区域进行了分析：一个非DNaseI超敏位点（无DHS）的对照位点，无GR或AP1结合（Chr1:155659519）；一个仅GR结合位点（Chr1:155663767）和五个由AP1和GR结合的位点。数据表示三个生物复制的平均值。误差条表示平均值的标准误差。C-D.A-fos表达降低GR和AP1共结合位点的全局GR结合（C）和染色质可及性（D）。图中所示为A-fos对GR结合和染色质可及性影响的方框图，分别位于GR单独结合位点或GR和AP1结合位点。A-fos选择性地影响AP1结合位点，并损害共结合区域的GR结合和染色质可及性。E.A-fos的表达降低了AP1结合位点的全局染色质可及性，与GR结合无关。图中显示了A-fos对未受AP1或GR结合位点或仅受AP1结合位点染色质可及性影响的方框图。A-fos选择性地破坏内源性AP1结合并影响AP1结合位点的染色质可及性（见图S3B）。对于箱线图(C-E公司)，A-fos对GR结合和染色质可及性的影响表示为标记密度的比率：负Tet（A-fos表达）与正Tet（无A-fos表示）。虚线表示无A-fos效应。使用KS-试验确定统计显著性。方框图显示了中位数、上四分位数和下四分位数。晶须显示最小值和最大值。缺口表示中值的95%置信区间。
图4
图4。GR和AP1共结合位点的基序成分
A.共结合位点GR峰值内的基序包含复合元素和非复合元素。GRE和AP1基序位置权重矩阵源自从头开始motif发现用于扫描p值为10的基因组−3峰中存在的基序被定义为峰和基序之间的重叠≥1bp。诱导染色质位点的B.GR峰高度富集GRE基序。与激素依赖性诱导型DHS相关的GR和AP1共结合位点的基序组成。GRE基序在诱导位点的所有GR峰中占86%，而组成开放染色质的共结合区则相反（见图S4B）。C.复合和非复合元素在GR和AP1共结合位点显示出不同的基序分布剖面。GRE和AP1基序基序的分布是相对于峰中心确定的。根据从头开始p值为10时的motif发现−3其中至少有一半的图案与峰重叠。图中显示了所有GR峰的GRE基序、所有AP1峰的AP1基序、非复合元素中唯一存在的AP1模序和共结合位点中唯一存在于复合元素中的AP1母序的分布曲线。D.GR绑定在复合元素上比非复合元素上更稳健。测定GR峰值处的标记密度（DNA结合强度的测量值），以确定所有共结合位点（单独包含AP1基序（非复合）或同时包含AP1和GRE基序（复合））的组成可及染色质中的GR结合。使用KS-试验确定统计显著性。E.AP1结合强度与基序组成无关。测定AP1峰处的标记密度，以确定AP1在所有共结合位点的组成位点中的结合，这些共结合位点要么单独含有AP1基序（非复合），要么同时含有AP1和GRE基序（复合）。在D-E公司，箱线图显示了中间值、上四分位数和下四分位数。晶须显示最小值和最大值。缺口表示中值的95%置信区间。F.仅AP1的DNA基序与非复合位点的DNA基模。从头开始对缺乏GR结合的AP1结合位点和与GR共结合的API位点进行了基序发现。结果显示，与已知序列基序匹配，显著性为P<10−4与仅AP1占据的位点相比，非复合GR和AP1共结合位点由不同的DNA序列基序富集。AP1基序在两种情况下都高度富集（E<1.6×10−353).
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

查看所有类似文章

引用人

查看所有“被引用”文章

工具书类

    1. Adler S、Waterman ML、He X、Rosenfeld MG。类固醇受体介导的大鼠催乳素基因表达抑制不需要受体DNA结合域。单元格。1988;52:685–695.-公共医学
    1. Bailey TL、Boden M、Buske FA、Frith M、Grant CE、Clementi L、Ren J、Li WW、Noble WS。MEME SUITE：主题发现和搜索工具。核酸研究2009；37:W202–W208。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Carroll JS、Liu XS、Brodsky AS、Li W、Meyer CA、Szary AJ、Eeckhoute J、Shao W、Hestermann EV、Geistlinger TR等。雌激素受体结合的染色体全方位定位揭示了需要叉头蛋白FoxA1的长程调控。单元格。2005;122:33–43.-公共医学
    1. De Bosscher K、Vanden Berghe W、Vermeulen L、Plaisance S、Boone E、Haegeman G。糖皮质激素通过干扰p65与基础转录机制的相互作用来抑制NF-kappaB驱动的基因，而与细胞中的辅激活子水平无关。程序。国家。阿卡德。科学。美国2000年；97:3919–3924.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Diamond MI、Miner JN、Yoshinaga SK、Yamamoto KR。转录因子相互作用：单个DNA元素的正调控或负调控选择子。科学。1990;249:1266–1272.-公共医学

出版物类型

关联数据