跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息,确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https(https)://确保您连接到官方网站,并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
审查
.2007年9月;152(1):38-52.
doi:10.1038/sj.bjp.0707307。 Epub 2007年5月29日。

合理药物设计的化学组学方法

附属公司
审查

合理药物设计的化学组学方法

D罗格南. 杂志. 2007年9月.

摘要

药物设计和发现领域的范式正在发生重大变化。在对180多个基因组进行测序的同时,化学合成的高通量微型化以及对基因/蛋白质表达和功能的多种化合物的生物评估为全球药物发现方法开辟了道路,不再关注单个靶点,而是关注整个相关蛋白家族或完整的代谢途径。化学基因组学是一个新兴的研究领域,旨在系统地研究各种小分子量配体对各种大分子靶标的生物学效应。由于现有数据(化合物、靶点和分析)和产生的信息(基因/蛋白质表达水平和结合常数)的数量太大,无法人工操作,信息技术在规划、分析和预测化学基因组数据方面发挥着关键作用。本综述将侧重于硅化学基因组预测方法,以促进合理的药物设计,并从多个靶点的多个化合物的同时生物评估中获得信息。将介绍在配体或靶空间导航的最新方法,并将提及具体的药物设计应用。

PubMed免责声明

数字

图1
图1
小分子配体的分子描述符示例
图2
图2
使用1-D到3-D属性的蛋白质的各种表示。
图3
图3
()衍生和(b条)通过分子相互作用指纹图比较蛋白质-配体复合物。”为了便于比较,0'和'1'数字被彩色编码的方块取代(蓝色,疏水相互作用;绿色,芳香相互作用;红色,氢键)。
图4
图4
结构-活动关系同源流程图。
图5
图5
3H-1,4-苯二氮杂卓-2-酮支架(灰色)跨越不同靶点的许可性。1:Ro-5–3335,HIV-1 Tat抑制剂;2:安定,GABA-A受体配体;3:231023:法尼基转移酶抑制剂;4:CI-1044,磷酸二酯酶4抑制剂;5:普拉那肽、胆囊收缩素(CCK)受体拮抗剂;6:BZ-423,F1F0-ATP酶抑制剂,7:171644,催产素受体拮抗剂,8:309060:β-γ分泌酶抑制剂;9:278588:Stat5激动剂;10:276345:千伏通道阻滞剂。
图6
图6
邻烷氧基靶向的人GPCR-N个-苯哌嗪特权结构(http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/hGPCRLig/). 值得注意的是,没有任何其他与药物类化合物共结晶的蛋白质能够识别这种亚结构(http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB/).
图7
图7
生物信息学目标捕鱼方法。
图8
图8
以人类腺苷受体为例的靶点序列比较(Surgand., 2006). ()关键空腔衬里残留物的选择和(b条)根据残留物保存进行聚类。
图9
图9
基于分子相互作用场(MIF)的目标聚类。
图10
图10
从sc-PDB目标库中筛选1060个结合位点的非冗余子集(Kellenberger.,2006)的配体结合位点类似于GPR30的4-羟基-氨甲氧基苯。()通过降低与GPR30 4-羟基-三甲氧基苯结合位点的相似性(范围从1到0)对sc-PDB条目进行排序(根据Surgand提出的界定大多数GPCR配体典型非肽类结合位点的30个残基的共识列表推断. (2006). 3ert sc-PDB条目(雌激素受体中的4-羟基-三甲氧基苯结合位点α)在1060个被调查的结合位点中排名第二。(b条)预测GPR30(蓝色)与ER的对齐-α4-羟基三苯氧胺(白色球和棒)的结合位点(绿色)。这两个结合位点都有一个可水进入的负电荷残基和一个埋藏的疏水区域(根据SiteAlign计划,相似性指数为0.79(Surgand., 2006)).
图11
图11
查询sc-PDB化学基因组数据库(http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB)符合五项规则(利宾斯基.,2001)小分子量片段(MW<300,clogP<3,氢键供体计数<3,H键受体计数<6)与蛋白激酶共结晶。

中的注释

类似文章

引用人

工具书类

    1. An J,Totrov M,Abagyan R.Pocketome,配体结合包膜的综合鉴定和分类。分子细胞蛋白质组学。2005;4:752–761.-公共医学
    1. Artymiuk PJ、Poirrette AR、Grindley HM、Rice DW、Willett P.蛋白质结构中氨基酸侧链三维模式识别的图形理论方法。分子生物学杂志。1994;243:327–344.-公共医学
    1. Attwood TK、Bradley P、Flower DR、Gaulton A、Maudling N、Mitchell AL等,《打印及其自动补充》,prePRINTS。核酸研究2003;31:400–402.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Bender A,Glen RC。分子相似性:分子信息学中的一项关键技术。有机生物化学。2004;2:3204–3218.-公共医学
    1. Bender A、Jenkins JL、Glick M、Deng Z、Nettles JH、Davies JW。”贝叶斯亲和指纹提高了虚拟筛选中的检索率,并定义了正交生物活性空间:何时多靶点药物是一个可行的概念。模型化学杂志。2006;46:2445–2456.-公共医学