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.2006年10月11日;20(10-11):601-19.
doi:10.1007/s10822-006-9060-4。 Epub 2006年12月6日。

模块化、可扩展对接程序的开发和验证:DOCK 5

附属公司

模块化、可扩展对接程序的开发和验证:DOCK 5

德米特里·T·穆斯塔卡斯等人。 J计算机辅助模具设计. 2006年10月11日.

摘要

我们报告了新版DOCK的开发和验证。该算法以模块化格式重写,便于实现新的评分函数、采样方法和分析工具。我们用114个蛋白-甘氨酸复合物的测试集验证了采样算法。使用优化的参数集,对于79%的测试用例,我们能够使用刚性配体对接算法将晶体配体姿态复制到晶体结构的2A以内,每个络合物的平均运行时间为1分钟,而对于72%的测试案例,我们使用柔性配体对接演算法,每个络合物的平均运营时间为5分钟。最后,我们对测试集中的对接失败进行了分析,并确定采样算法通常足以解决最多7个可旋转键的绑定姿势预测问题;即99%的刚性配体对接案例和95%的柔性配体对接实例成功采样。我们指出,通过在对接前对受体进行更先进的建模,并通过改进力场参数,特别是对于含有金属基辅因子的结构,可以提高成功率。

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    1. 当前操作化学生物。2004年8月;8(4):365-70-公共医学
    1. 医学化学杂志。2004年3月25日;47(7):1739-49-公共医学
    1. 核酸研究,2000年1月1日;28(1):235-42-公共医学
    1. 计算机化学杂志。2001年11月30日;22(15):1750-1771-公共医学
    1. 高级蛋白质化学。2003;66:1-25-公共医学

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