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.2003年8月1日;75(15):3792-8.
doi:10.1021/ac034157w。

利用串联质谱数据和蛋白质序列数据库进行蛋白质鉴定和验证的超几何概率模型

附属公司

利用串联质谱数据和蛋白质序列数据库进行蛋白质鉴定和验证的超几何概率模型

罗夫珊·萨迪戈夫等。 Ana Chem公司. .

摘要

我们提出了一种利用串联质谱和蛋白质数据库进行蛋白质鉴定的新的基于概率的方法。该方法采用超几何分布来建模蛋白质序列数据库和实验串联质谱中具有特定(M+H)+值(在某种质量容限下)的肽序列预测片段离子之间的匹配频率。超几何分布构成了零假设——所有与串联质谱匹配的肽都是随机的。它用于生成一个分数,表征数据库序列与实验串联质谱匹配的随机性,并确定零假设的显著性水平。对于每个串联质谱和数据库搜索,确定一个与光谱随机匹配的概率最小的肽,并确定无效假设的相应显著性水平。为了检验超几何模型描述碎片离子匹配的有效性,我们使用了chi2检验。对每个串联质谱生成频率分布和相应的超几何概率。从数据库中创建肽序列时没有使用蛋白水解的特异性。在这种方法中,我们不使用任何经验概率。超几何模型生成的分数没有明显的分子量偏差,并且与数据库大小合理无关。该方法已在数据库搜索算法PEP_PROBE中实现。通过使用一组大的串联质谱,该质谱来自一组肽,这组肽是通过使用四种不同的蛋白酶消化一组已知蛋白质而产生的,证明假阳性率为5%。

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