标签：基本局部对齐搜索工具（BLAST）

现在可用！更新的细菌和考古参考基因组收集

现在可用！更新的细菌和考古参考基因组收集

下载更新的细菌和古细菌参考基因组采集! 我们通过在年350000多个原核基因组中为每个物种选择“最佳”基因组组合，建立了19328个基因组的集合参考序列（大肠杆菌除外，其中两个组件被选为参考）。

有什么新功能？
  • 413个物种首次出现在这个集合中
  • 198个物种以更好的组合表示
  • 由于NCBI分类学的变化或物种分配的不确定性，27个物种被删除

继续阅读“现已提供！更新的细菌和古生菌参考基因组集合” →

清理BLAST数据库以获得更准确的结果

清理BLAST数据库以获得更准确的结果

使用NCBI质量保证工具移除受污染序列 

你是否使用爆炸确定基因的序列或进化范围？如果BLAST数据库中存在受污染和错误分类的序列并显示在搜索结果中，那么这可能是一个挑战。收件人地址这个问题，我们现在使用下面列出的NCBI质量保证工具从默认核苷酸（nt）和蛋白质（nr）BLAST数据库中系统地删除这些误导性序列。  继续阅读“清理BLAST数据库以获得更准确的结果” →

自2024年4月起，FTP站点上不再提供BLAST FASTA文件

轻松生成BLAST FASTA文件！ 

2024年4月基本路线搜索工具（BLAST）数据库将不再可用文件传输协议现场。然而，您可以使用独立BLAST程序附带的BLAST实用程序blastdbcmd，轻松地从格式化的BLAST数据库中自己生成FASTA文件。这为您提供了使用NCBI的特定生物体或群体的分类ID生成生物体特定FASTA文件的灵活性。  

请参阅以下示例和BLAST命令行应用程序用户手册有关独立BLAST程序和使用BLAST数据库的更多详细信息。  继续阅读“自2024年4月起，FTP站点上不再提供BLAST FASTA文件” →

更新的细菌和考古参考基因组集合可用！

更新的细菌和考古参考基因组集合可用！

下载更新的细菌和古细菌参考基因组采集! 本次收集（截至2024年1月18日，共有18941个基因组）是通过在330000多个原核基因组中为每个物种选择“最佳”基因组组合而建立的参考序列（大肠杆菌除外，其中两个组件被选为参考）。你可以通过对这些高质量的基因组而不是整个核苷酸或蛋白质数据库运行它们来加快序列搜索。

The 标准为给定种类选择参考程序集的方法包括程序集的连续性、RefSeq注释的完整性和质量。继续阅读“更新的细菌和古生物参考基因组集合可用！” →

在研究项目中使用NCBI数据和工具

在研究项目中使用NCBI数据和工具

你是生物系的学生吗？NCBI提供了对各种资源和工具的免费访问帮助您查找和下载项目的数据。  

您如何以及为什么使用我们的资源？查看以下示例：

你的教授分配给你一个研究项目，研究家猫TP53基因的序列和结构(费利斯·卡图s） 。此外，你还被要求在猫科动物（猫科动物）的其他成员中找到有关该基因及其基因组区域的信息。  继续阅读“在您的研究项目中使用NCBI数据和工具” →

啤酒酿造和面包制作中酵母种类的比较

啤酒酿造和面包制作中酵母种类的比较

利用NIH比较基因组学资源（CGR）获取关于研究较少的生物的知识 

科学界在很大程度上依赖模型生物研究来获取知识和发现。然而，仅仅关注这些物种会错过有价值的变化。比较基因组学允许我们使用来自模型物种的知识，例如酿酒酵母，了解其他相关生物的特征，例如巴斯德酵母菌或尤巴亚努斯酵母菌应用此信息可能会为其他研究较少的生物体提供有价值的见解。美国国立卫生研究院（NIH）比较基因组学资源提供了一个由高质量基因组数据和工具组成的尖端NCBI工具包，可以帮助您做到这一点。  继续阅读“啤酒酿造和面包制作中使用的酵母种类比较” →

BLAST ClusteredNR数据库现在可供下载！

BLAST ClusteredNR数据库现在可供下载！

现在可用！你可以下载ClusteredNR蛋白质数据库，以前仅在BLAST web应用程序上可用。作为最近推出的，我们的ClusteredNR数据库允许您更快地获得BLAST结果，并访问有关您的点击在更广泛的生物体和进化距离中分布的信息。该包包括ClusteredNR BLAST数据库、SQLite3数据库和几个用于访问集群信息和成员的脚本。  

功能和优点
  • 减少冗余
  • 更快的搜索
  • BLAST结果中包含更多不同的蛋白质和生物体

继续阅读“BLAST ClusteredNR数据库现在可供下载！” →

现在可用！更新的细菌和考古参考基因组收集

现在可用！更新的细菌和考古参考基因组收集

更新的细菌和古细菌参考基因组采集可用！这个由18343个基因组组成的集合是通过在312000多个原核基因组中为每个物种选择一个基因组组合而建立的参考序列，除了大肠杆菌其中选择了两个程序集作为参考。

这个标准为给定种类选择参考程序集的方法包括程序集的连续性、RefSeq注释的完整性和质量。 

有什么新功能？

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哪些动物可以感染并传播人类病毒感染？

哪些动物可以感染并传播人类病毒感染？

使用NIH比较基因组资源（CGR）了解易感性到SARS-CoV-2型 和其他感染秒 

您是否正在研究人类病毒感染（如新冠肺炎）的动物介导传播？美国国立卫生研究院（NIH）比较基因组学资源提供了一个由高质量基因组数据和工具组成的尖端NCBI工具包，以帮助对真核基因进行比较基因组学分析，例如血管紧张素转换酶2（ACE2）这是SARS-CoV-2的目标 

NCBI资源有助于科学界了解与公共卫生危机相关的病毒感染，如新冠肺炎和流感，并可用于研究可能代表新威胁的新病毒。   继续阅读“哪些动物可以感染并传播人类病毒感染？” →