标签：美国金融服务贸易协会

自2024年4月起，FTP站点上不再提供BLAST FASTA文件

轻松生成BLAST FASTA文件！

2024年4月基本比对搜索工具（BLAST）数据库将不再可用FTP文件现场。然而，通过使用独立BLAST程序附带的BLAST实用程序blastdbcmd，您可以轻松地从格式化BLAST数据库生成FASTA文件。这为您提供了使用NCBI针对特定生物体或组的分类法ID生成特定于生物体的FASTA文件的灵活性。

请参阅以下示例和BLAST命令行应用程序用户手册有关独立BLAST程序和使用BLAST数据库的更多详细信息。继续阅读“自2024年4月起，FTP站点上不再提供BLAST FASTA文件” →

向GenBank提交mRNA序列的新向导

你提交真核细胞核mRNA序列给GenBank（基因银行）? 新的mRNA提交向导可用！基于现代提交门户框架，此新向导将为您带来增强的体验，包括：

- 针对mRNA序列的指导提交经验
- 矢量的自动修剪和短序列的删除
- 更容易输入源元数据
- 编码区域（CDS）和未翻译区域（5'UTR，3'UTR）的新功能注释web表单
- 广泛的功能预览（图1）
- 更快的序列处理和登录分配
- 在加入分配之前访问修复错误工作流

观看短视频（4分钟）了解如何在这个新向导中注释CDS功能！继续阅读“向GenBank提交mRNA序列的新向导” →

介绍新的病毒序列搜索界面

BLAST是一个强大的搜索工具，但通常搜索只是旅程的开始。我们站在一位研究人员的立场上，他刚刚对最新病毒爆发的少数样本进行了测序，并试图了解哪些信息最有用。我们还联系了该领域的研究人员，问他们：真正地想回答吗？以及b）NCBI如何才能最好地提供答案？基于这些问题和答案的见解，我们开发了新的病毒序列搜索界面（图1）。搜索界面是一个NCBI实验室项目，这意味着它是一个实验项目，我们可以根据您的反馈和经验修改资源。

图1。病毒序列选择界面。 — **图1。**病毒序列选择界面。病毒序列选择界面接受核苷酸和蛋白质的输入，以及FASTA和纯文本格式的序列。用户根据序列类型选择“核苷酸”或“蛋白质”，并从文本输入字段下方的下拉菜单中选择病毒类型。

继续阅读“介绍新的病毒序列搜索界面” →

新流感病毒提交向导使流感序列提交更容易

NCBI现在提供了一个流感序列提交向导，使提交更容易，并将更快地为您提供登录号。要开始，请登录NCBI，转到提交门户并从GenBank部分选择“核糖体RNA（rRNA）、rRNA-ITS或流感序列”的链接。

继续阅读“新流感病毒提交向导使流感序列提交更容易” →

人类基因组外显子特异性引物的设计

遗传学家面临的一项共同任务是检测基因中特定位置的序列变化。这些检测通常是为了寻找基因编码外显子的变化，而目标序列通常是使用一对特异引物从基因组DNA中PCR扩增出来的。在本文中，我们将向您展示如何使用NCBI引用序列和底漆-BLASTNCBI的引物设计者和特异性检查员设计了一对引物，用于扩增人类乳腺癌1（BRCA1）基因的单个外显子（外显子15）。

以下是设计引物以扩增人类BRCA1外显子15的步骤：

继续阅读“为人类基因组设计外显子特异性引物” →

如何格式化GenBank提交的序列数据

起初，向GenBank提交序列看起来很复杂，但从一个格式正确的文件的坚实基础开始，可以使过程顺利进行。

在向GenBank提交序列数据之前，必须正确格式化数据，最常见的文件格式是FASTA。本文将向您展示如何创建FASTA文件以提交单核苷酸序列和多核苷酸序列。

提交者可以使用NCBI的独立软件Sequin、命令行tbl2asn或我们的基于web的提交工具BankIt上传FASTA格式的序列文件。

下图描述了FASTA格式的单个序列。对于多个序列，例如人口或系统发育研究、环境样本和同一基因的批序列，使用以下步骤创建文件，并将序列集放在一个FASTA文件中。

以下是如何创建FASTA文件：

继续阅读“如何格式化GenBank提交的序列数据” →