PhyloNet系统 swMATH ID: 20725 软件作者： Than，C.、Ruth，D.、Nakhleh，L。 描述： PhyloNet：用于分析和重建网状进化关系的软件包。背景：系统发育，即分类群的进化史，在代表生物实体之间的相互关系方面发挥着重要作用。已经提出了许多用于重建和评估此类系统发育的软件工具，几乎所有这些工具都假设潜在的进化历史是一棵树。虽然树木为许多生物家族提供了令人满意的一级近似值，但其他家族展现了树木无法代表的进化机制。诸如水平基因转移（HGT）、杂交物种形成和种间重组（统称为网状进化事件）等过程会产生关系网络，而不是树。最近开发了各种软件工具来分析网状进化关系，包括SplitsTree4、LatTrans、EEEP、HorizStory和T-REX。结果：在本文中，我们报告了PhyloNet软件包，该软件包是一套用于分析网状进化关系或进化网络的工具，这些网络是根、有向、无环图，由一组分类群标记为叶。这些工具可分为四类：（1）进化网络表征：以新设计的紧凑形式读/写进化网络；（2） 进化网络表征：根据三个基本构建块（树、簇和三分法）分析进化网络；（3） 进化网络比较：比较两个进化网络的拓扑差异，以及在最大简约准则下对序列进化的适应度；进化网络重建：从物种树和一组基因树重建进化网络。结论：软件包PhyloNet提供了一系列实用程序，可以高效准确地分析进化网络。该软件包将大大有助于分析大型数据集，以及研究进化网络重建方法的性能。此外，该软件包支持所提出的用于进化网络的紧凑表示的eNewick格式，该特征允许进化网络软件工具的有效互操作性。目前，PhyloNet中的所有实用程序都是在命令行上调用的。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18662388 相关软件： DupTree（重复数据树）；RAxML公司；ASTRAL-II标准；野兽；Phylo网络；快速RFS；ASTRID公司；动态重复；巴克；github；MulRF公司；MSC四重奏；RIATA-HGT公司；iGTP公司；贝叶斯先生；拆分树；菲利普；rSPR；SimPhy公司；INDELible（索引） 引用于： 11文件 全部的 前5名29位作者引用 三 Tandy J.沃诺。 2 杨森，雷米 2 利奥·范·埃尔塞尔 1 马里兰州Bayzid Shamsuzzoha 1 美国银行，Alix 1 陈志忠 1 詹姆斯·德南（James H.Degnan）。 1 埃尔德斯，佩特·L·。 1 范莹 1 Gillian Roxanne Grindstaff公司 1 格罗斯，伊丽莎白 1 孔圣斯克 1 劳拉·索尔特·库巴特科 1 皮埃尔·勒让德 1 莱杰德·布兰登 1 朗，科尔比 1 弗拉基米尔·马卡伦科夫 1 埃林·莫洛伊。 1 村上春树，Yukihiro 1 卢艾州纳赫勒 1 休·A·奥格尔维。 1 梅根·欧文 1 琼·卡尔斯·彭斯 1 塞巴斯蒂安·罗奇 1 诺亚·A·罗森博格。 1 塞琳·斯科纳瓦卡 1 王路生 1 克里斯蒂娜·威克 1 伯克·A·雅基奇。 全部的 前5名6篇连载文章中引用 2 数学生物学杂志 1 数学生物学通报 1 理论种群生物学 1 组合优化期刊 1 计算生物学 1 SIAM应用代数和几何杂志 全部的 前5名在6个字段中引用 10 生物学和其他自然科学（92-XX） 三 组合数学（05-XX） 2 运筹学、数学规划（90-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 凸和离散几何（52至XX） 1 系统论；控制（93至XX） 按年份列出的引文