辛菲

SimPhy:基因、位点和物种树的系统基因组模拟。我们提出了一个快速而灵活的SimPhy软件包,用于模拟不完全谱系排序、基因复制和丢失、水平基因转移三种情况下可能导致物种树/基因树不协调和基因转化的多个基因家族的模拟。SimPhy实现了一个层次系统发育模型,其中物种、位点和基因树的进化受全局和局部参数(例如基因组范围、物种特异性、位点特异性)的控制,这些参数可以固定或从先验统计分布中取样。SimPhy还整合了谱系间替代率变化的综合模型(不相关的松弛时钟),以及在大量替换模型下使用不可擦除程序模拟分割的核苷酸、密码子和蛋白质多位点序列比对的能力。我们使用理论期望值和其他程序验证SimPhy的输出,并显示它在复杂模型和/或大型树上的缩放非常好,比最相似的程序(DLCoal Sim)快一个数量级。此外,我们还展示了SimPhy如何有助于理解不同进化过程之间的相互作用,并进行了模拟研究,以描述在使用标准调节方法时系统地高估了复制时间。SimPhy可以在https://github.com/adamallo/SimPhy上找到,用户可以在那里找到源代码、预编译的可执行文件、详细的手册和示例案例。