不可磨灭的

不可磨灭:生物序列进化的灵活模拟器。目前已有许多从分子序列数据重建系统发育的方法,但已知的系统发育学很少,可以用来检验其有效性。模拟仍然是检验系统发生推理方法准确性和鲁棒性的最重要手段。然而,目前的仿真程序有限,特别是对于模拟插入和删除的真实模型。我们实现了一个可移植且灵活的应用程序,命名为不可磨灭的,通过模拟插入和删除(indels)以及替换来生成核苷酸、氨基酸和密码子序列数据。在几种指数长度分布模型下,对指数进行了模拟。该程序实现了一系列丰富的替代模型,包括通用的非限制模型和非平稳非齐次模型的核苷酸替换、混合和分配模型,这些模型解释了位点之间的异质性,以及密码子模型,允许非同义/同义替换率比在不同位点之间变化还有树枝。“不可磨灭”具有许多独特的特性,对于评价许多推理方法的性能是有用的,这些方法包括多序列比对、系统发育树推断、祖先序列或基因组重建。