INDELible（索引） swMATH ID: 23043 软件作者： Fletcher W、Yang ZH 描述： INDELible：生物序列进化的灵活模拟器。有许多方法可以从分子序列数据中重建系统发育，但已知的系统发育很少，可以用来检查它们的功效。模拟仍然是测试系统发育推断方法准确性和稳健性的最重要方法。然而，当前的模拟程序是有限的，尤其是关于模拟插入和删除的真实模型。我们实现了一个名为INDELible的便携式灵活应用程序，用于通过模拟插入和删除（indels）以及替换来生成核苷酸、氨基酸和密码子序列数据。在几种指数长度分布模型下对指数进行了模拟。该程序实现了丰富的替代模型库，包括核苷酸替代、混合和分区模型的一般无限制模型和非平稳非均质模型，这些模型考虑了位点之间的异质性，以及允许非同义/同义替代率在不同位点和分支之间变化的密码子模型。由于INDELible具有许多独特的特性，它应该有助于评估许多推理方法的性能，包括用于多序列比对、系统发育树推理、祖先序列或基因组重建的推理方法。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19423664 相关软件： SimPhy公司；ASTRID公司；RAxML公司；MulRF公司；ASTRAL-II标准；树皮；国际GTP；FastMe公司；DupTree（重复数据树）；OCTAL公司；ClustalW公司；贝叶斯先生；PAML公司；SAB标记；拉根；DIALIGN公司；MAFFT公司；R（右）；Clustal X公司；ASTRAL-Pro公司 引用于： 8文件 全部的 前5名21位作者引用 4 Tandy J.沃诺。 三 埃林·莫洛伊。 2 萨拉·克里斯滕森 2 帕恩贾尔·瓦恰斯帕蒂 1 纪尧姆·贝斯隆 1 普里西拉·比勒 1 帕纳吉奥蒂斯·查拉兰波普洛斯 1 马克西姆·克罗西莫尔 1 费尔南德斯·桑切斯 1 加布里埃尔·菲奇 1 彼得·贾维斯。 1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 1 卡罗尔·奈布 1 莱杰德·布兰登 1 罗伯特·乔治·梅尔卡什 1 Pissis，Solon P。 1 塞巴斯蒂安·罗奇 1 Mrinmoy Saha罗德尔 1 杰里米·萨姆纳。 1 埃里克·坦尼尔 1 詹姆斯·威尔森（James K.Willson）。 3篇连载文章中引用 1 信息与计算 1 理论生物学杂志 1 分子生物学方法 在4个字段中引用 8 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文