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.2016年2月15日7:10660。
doi:10.1038/ncomms10660。

短G1期对小鼠胚胎干细胞施加结构性复制应力和叉重塑

附属公司

短G1期对小鼠胚胎干细胞施加结构性复制应力和叉重塑

Akshay K Ahuja公司等人。 国家公社. .

摘要

胚胎干细胞(ESCs)代表一种短暂的生物状态,在这种状态下,多能性与快速增殖相结合。ESCs表现出组成型活性DNA损伤反应(DDR),但其分子决定因素仍然难以捉摸。我们在培养的ESC和小鼠胚胎中显示,H2AX磷酸化依赖于共济失调毛细血管扩张和Rad3相关(ATR),并与ssDNA-结合蛋白RPA和RAD51的染色质负载有关。复制中间体的单分子分析显示大量ssDNA间隙积累、分叉速度降低和频繁的分叉反转。所有这些复制应激标记都不会损害有丝分裂过程,并在分化开始时迅速消失。延迟ESCs的G1/S转变可形成53BP1核体,并抑制ssDNA积累、分叉减慢和随后S期的逆转。叉减慢和反转的基因失活导致未扰动ESCs的染色体断裂。我们认为,快速的细胞周期进程使ESC依赖有效的复制耦合机制来保护基因组完整性。

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数字

图1
图1。存在复制压力标记在体外在ESCs和体内在ICM单元中。
()胚胎干细胞(ESC)集落和部分分化ESC的免疫荧光(IF)染色(电子稳定控制系统-d; 干细胞标记物Oct4、DNA损伤标记物γH2AX和染色质结合的ssDNA-结合蛋白RPA32和RAD51。比例尺,25μm。(b条)FACS分析ESC和ESC-d中EdU掺入和DNA含量(DAPI)。显示不同细胞周期阶段的细胞百分比。(c(c))ESC和ESC-d中显示的双重IF-染色的量化。每次双重染色至少对150个细胞进行评分。(d日)E3.5胚泡的γH2AX、RPA32和RAD51的IF染色。每次染色分析的胚胎数量分别为12个、11个和9个。图中显示了具有代表性的图像(另请参见补充图2和3)。比例尺,25μm。(e(电子))对ESC、ESC-d和小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs)进行生化分离后,对指示蛋白进行免疫印迹检测。细胞溶质激酶MEK2和染色质结合H3作为分离控制。以高分辨率扫描原始胶片,并用ImageJ定量免疫印迹信号的强度。C、 染色质富集组分;S、 可溶性部分(包括胞浆和丰富的核可溶性蛋白);W、 全细胞提取物。直方图表示RPA32(左)和RAD51(右)的染色质/可溶性(C/S)比率。((f))在模拟、ATM抑制剂(ATMi)或ATR抑制剂(ATRi)治疗中,基于FACS的ESCsγH2AX染色定量。所有这些实验都是重复进行的。a.u.,任意单位。
图2
图2。ESCs显示ssDNA缺口大量积累,分叉速度降低,分叉反转频繁。
(,c(c))ESCs代表性复制叉的电子显微照片,显示双亲(P)和子(D)双工。白色箭头表示ssDNA缺口;黑色箭头指向倒转叉的倒退臂(R)。插图:(),一个放大的ssDNA缺口;(c(c)),倒转分叉处的四通接头。比例尺,500 bp(=217 nm),插入200 bp。(b条)从ESCs中分离出的复制叉的频率,并用指定数量的ssDNA缺口来区分ESCs(ESC-d)。(d日)从ESC和ESC-d分离出的反向复制分支的频率。所分析的复制中间产物的数量在括号中表示。在一个独立的实验中也得到了类似的结果。(e(电子))ESC、ESC-d和MEF的DNA纤维扩散。含CldU/IdU的小束分别用红色和绿色进行免疫染色。显示了ESC和“Differ”的两种代表性光纤。电子稳定控制系统。使用Mann-Whitney检验计算IdU复制轨道长度。
图3
图3。延迟G1/S而不是G2/M转换抑制ESCs中H2AX磷酸化。
()对ESCs中所示处理的Oct4和γH2AX进行FACS分析。PLK1i(BI-6727)和CDK1i(RO-3306)治疗延迟G2/M的进展,而CDK4/6i(LY-2835219)和CDC7i(PHA-767491)治疗延迟S期进入。左上象限确定干细胞的亚群(10月4日+)γH2AX染色阴性。(b条)学生的t吨-Oct4亚群测试+γH2AX中标识的单元格(红色),通过三个独立的实验。误差线表示s.d**P(P)<0.005, ***P(P)<0.0005. (c(c))细胞周期分布,通过基于FACS的DNA含量(DAPI)评估。总人口以灰色显示,10月4日的子人口+γH2AX红色。如有,10月4日+γH2AX细胞总是在G1中被检测到。(d日——(f))未经处理(UNT)和蚜虫灵(APH)处理的MEF和ESC显示不同有丝分裂缺陷的代表性图像和图形分布(d日染色质桥;e(电子)微核;(f),超细桥梁)。比例尺,10μm。直方图显示了三个独立实验的平均值和标准偏差。
图4
图4。缩短的G1期损害53BP1核体的形成,并在随后的S期引起复制应激。
()用EdU和53BP1染色的ESC和ESC-d的典型IF图像。ESC分化可检测到EdU阴性细胞中53BP1核信号增加。比例尺,25μm。(b条)通过软件辅助分割和特征提取,对ESC和ESC-d非同步群体中G1核(通过低DAPI和低EdU信号识别)中显微可辨别的53BP1核体(NB)进行量化(补充图6f)。在另外两个独立的实验中观察到了类似的结果。(c(c))siRNA转染96 h后,Western blot分析模拟缺失(siLuc)和FZR1缺失(siFZR1)MEF中的FZR1-水平。TFIIH用作加载控制。(d日)在模拟和FZR1缺失的MEF异步群体的G1核中特异性地在显微镜下可辨别的53BP1 NB被量化,如b条. (b条,d日) **P(P)<0.005时***P(P)<0.0005(曼-惠特尼试验)(e(电子))模拟缺失和FZR1缺失MEF中DNA合成(EdU掺入)、DNA含量(DAPI)和DDR活化(γH2AX)的FACS分析。图中显示了两个人群中EdU合并与DAPI的对比。γH2AX阳性细胞用红色表示。G1期和S期的细胞群也用红色表示。((f))DNA纤维分析评估模拟缺失和FZR1缺失MEF中的分叉进展。使用Mann-Whitney检验计算IdU复制轨道长度。(,小时)基于EM的含有ssDNA间隙的复制中间体百分比评估()以及倒叉的百分比(小时)在从模拟缺失和FZR1缺失MEF提取的基因组DNA中。
图5
图5。ESCs G1期延长抑制了随后S期的复制应激。
()FACS分析对照ESCs、经CDC7i治疗的ESCs和从短暂CDC7l停搏释放的ESCs中的EdU掺入和DNA含量(DAPI)(PHA-767491,10μM,8 h)。定量分析早期S期细胞门控(红色)亚群的γH2AX染色(a.u.,任意单位)。(b条)IdU复制的轨迹长度,使用Mann-Whitney测试计算,用于控制ESC和短暂CDC7i阻滞释放的细胞。(c(c))从对照ESC中分离出来的复制分叉的频率以及从短暂的CDC7i阻滞中释放出来的频率,显示ssDNA缺口的指示数量。(d日)与控制ESC隔离的反向复制分支的频率以及从短暂CDC7i停跳释放时的频率。
图6
图6。PARP和Rad51对于ESC中的复制分叉保护至关重要。
(,d日)模拟处理ESCs和Olaparib处理ESCs的DNA纤维分析()、模拟转染的ESCs和转染siRad51的ESCs 48和72小时(d日). 图表显示了IdU复制轨迹长度的统计分析。(b条,e(电子))从模拟处理的ESC和用Olaparib处理的ESCs中分离出的反向复制分支的频率(b条)、模拟转染的ESCs和转染siRad51的ESCs 48和72小时(e(电子)). (c(c),(f))脉冲场凝胶电泳(PFGE)评估模拟处理的ESCs、Olaparib处理的ESC中DNA双链断裂(DSB)的累积(c(c)),模拟转染的ESCs和用siRad51转染48和72小时的ESCs((f)). 如凝胶旁边所示,等于或大于500 Mb的DSB压缩成一条带,小于500 Mb DSB可作为涂片检测。对来自三个独立实验的DSB(带+涂片)强度进行量化并绘制。
图7
图7。描述ESCs和增殖体细胞基因组稳定性差异控制的模型。
在ESC和体细胞的每个S期结束时,不可避免地会出现重复不足区域和残留DNA损伤。然而,由于短暂的间隙期,ESC在随后的S期引导大量这些损伤,并通过广泛的分叉反转和复制耦合修复来保护基因组的完整性。相反,分化细胞具有延长的间隙期,组装53BP1 NB,并在进入S期之前修复大部分损伤(另请参见补充图7d)。

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引用人

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