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与DNA结合的蛋白质。该家族包括与双链和单链DNA结合的蛋白质，还包括特异性的DNA结合蛋白血清中可作为恶性疾病的标志物。

引入年份：1984年

最初通过结合DNA序列CCAAT的能力鉴定的一类蛋白质。典型的CCAAT增强子结合蛋白形成二聚体，由一个激活域、一个DNA结合碱性区和一个富含亮氨酸的二聚体域（亮氨酸ZIPPERS）组成。CCAAT-结合因子是一种结构独特的CCAAT增强子结合蛋白，由三个不同亚基组成的三聚体组成。

引入年份：2001

与REL原癌基因蛋白结合并调节其活性的抑制蛋白家族。在细胞质中，I-κB蛋白与转录因子NF-kappa B结合。细胞刺激导致活性NF-κB的分离和转运到细胞核。

引入年份：2006（2000）