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.2013年1月;41(数据库问题):D1083-8。
doi:10.1093/nar/gks960。 Epub 2012年10月18日。

IUPHAR-DB:更新的数据库内容和新功能

合作者,附属公司

IUPHAR-DB:更新的数据库内容和新功能

乔安娜·L·沙曼等。 核酸研究. 2013年1月.

摘要

国际基础与临床药理学联合会(IUPHAR)数据库(网址:http://www.iuphar-db.org)是一个开放访问的在线数据库,提供了关于人类和啮齿动物受体和其他药物靶点以及作用于它们的物质的主要文献的详细、专家驱动的注释。本版本包括来自四个主要蛋白质类(G蛋白偶联受体、核激素受体、电压和配体离子通道)的646个基因的产物以及与之相互作用的~3180个生物活性分子(内源性配体、许可药物和关键药理学工具)的信息。我们之前描述了数据库中小分子配体数据的分类和管理;在本次更新中,我们注释了366个内源性肽配体及其氨基酸序列、翻译后修饰、与前体基因的链接、物种差异以及与数据库中其他分子的关系(例如来自同一前体的分子)。我们还将靶点与其内源性配体(肽和小分子)匹配,特别注意识别前体蛋白翻译后修饰产生的生物活性肽配体。数据库的其他改进包括增强了数据库中靶点和配体的临床相关性信息,与其他数据库的更广泛链接,以及将酶作为药物靶点的管理试点项目。

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数字

图1。
图1。
面板(A类)显示了在“摘要”选项卡中打开的内源性肽orexin-a配体页面的屏幕截图。食欲素-a在人类、小鼠和大鼠中的序列相同,因此该肽的信息被分组到单个数据库条目中。面板(B类)显示了LHβ亚单位配体页面的屏幕截图,在“结构”选项卡中打开,显示了肽序列、翻译后修饰和LH异二聚体配体页面链接。面板(C类)显示了血管活性肠肽(VIP)配体页面的屏幕截图,在“类似配体”选项卡中打开。“相关序列”表列出了其他物种中来自相同前体或同源物的其他肽,而“其他类似序列”表则列出了与VIP具有类似序列的其他肽,包括VIP的合成和改性形式。

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