Phosphoproteomics in cancer

doi:10.1016/j.molonc.2010.09.004

审查

.2010年12月；4(6):482-95.

doi:10.1016/j.moloc.2010.09.004。 Epub 2010年9月26日。

癌症中的磷酸蛋白质组学

H C哈沙¹, 阿克希利什·潘迪

附属公司

PMID： 20937571
预防性维修识别码：项目经理3030978
内政部： 10.1016/j.molonc.2010.09.004

审查

癌症中的磷蛋白组学

H C哈沙等。摩尔肿瘤. 2010年12月.

.2010年12月；4(6):482-95.

doi:10.1016/j.moloc.2010.09.004。 Epub 2010年9月26日。

作者

H C哈沙¹, 阿克希利什·潘迪

附属

¹印度班加罗尔国际科技园生物信息研究所。harsha@iboinformatics.org

PMID： 20937571
预防性维修识别码：项目经理3030978
内政部： 10.1016/j.molonc.2010.09.004

摘要

可逆蛋白磷酸化是调节许多细胞过程的基础。激酶信号通路的异常激活通常与几种癌症有关。磷蛋白/磷酸肽富集策略和定量质谱的最新发展已经为全球磷酸化的高通量表征提供了强大的管道。如今，在一次实验中就可以分析数千种蛋白质的特定位点磷酸化事件。这种方法的潜力已经被认识到，可以表征控制肿瘤发生的信号通路。此外，化学蛋白质组学策略已被用于揭示激酶抑制剂的靶点，否则很难对其进行表征。这篇综述总结了用于磷蛋白组分析的各种方法，特别是蛋白激酶，重点介绍了关键的癌症磷蛋白组研究。

PubMed免责声明

数字

图1
定量磷酸蛋白质组学在癌症中的应用。定量磷蛋白组学可以发现癌症中异常激活的信号通路和治疗靶点。它还可以揭示突变激酶的下游效应器，从而为理解导致肿瘤发生的分子机制提供了机会。确定癌症中激酶抑制剂的细胞靶点和激酶抑制剂的非靶点效应是此类策略的其他一些有趣应用。

图2
磷酸蛋白质组学的分离和富集策略。磷蛋白组是任何细胞蛋白质组的一小部分。细胞蛋白质组的复杂性阻碍了磷酸蛋白的分析。因此，在通过质谱进行磷酸蛋白质组分析之前，必须使用分馏/富集策略降低蛋白质组的复杂性。酪氨酸磷酸肽通常使用基于免疫亲和性的方法（包括抗磷酸酪氨酸抗体）进行富集，而丝氨酸/苏氨酸和酪氨酸磷酸肽类都可以使用固定金属亲和色谱（IMAC）或二氧化钛进行富集。虽然使用SILAC进行代谢标记是分析癌细胞系的首选方法，但体外化学标记方法（如iTRAQ）是分析组织样本中磷酸蛋白质组的首选方法。在基于SILAC的策略中，磷酸化程度的相对差异在MS水平上进行量化，而在基于iTRAQ的策略中则使用MS/MS片段期间释放的报告离子进行定量。

图3
使用质谱对蛋白激酶和磷酸蛋白质组进行全球分析的关键里程碑。在过去的十年中，磷蛋白组的全球分析方法发展迅速。在最初尝试进行全球磷酸化蛋白质组学研究的不到十年时间里，该领域已经从能够在单个实验中研究几个蛋白质发展到能够在单个试验中分析成千上万个磷酸化位点和几乎整个细胞的激肽组补体的动力学。只有代表性研究被强调，因为即使是开创性研究的数量也太大，无法在此描述。

图4
识别激酶抑制剂的细胞靶点。固定化激酶抑制剂可用于识别其细胞靶点。这种抑制剂的靶选择性可以通过培养SILAC方法标记的细胞的裂解产物来确定，该细胞仅使用基质或小分子抑制剂与基质结合。两种状态下非特异性结合物的相对丰度不变，而在与基质结合的小分子抑制剂的背景下选择性地观察到相对激酶靶点。结合此策略的磷酸肽富集将进一步揭示任何富集激酶的内源性磷酸化状态。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

基于质谱的定量磷蛋白组学的最新进展。
Smith JC、Figeys D。 Smith JC等人。生物化学细胞生物学。2008年4月；86(2):137-48. doi:10.1139/O08-007。生物化学细胞生物学。2008 PMID：18443627 审查。
定量磷酸蛋白质组学——信号转导研究中的一项新兴关键技术。
Schreiber TB、Mäusbacher N、Breitkopf SB、Grundner-Culemann K、Daub H。 Schreiber TB等人。蛋白质组学。2008年11月；8(21):4416-32. doi:10.1002/pmic.200800132。蛋白质组学。2008 PMID：18837465 审查。
磷酸蛋白质组学的分析策略。
Thingholm TE、Jensen ON、Larsen MR。 Thingholm TE等人。蛋白质组学。2009年3月；9(6):1451-68. doi:10.1002/pmic.200800454。蛋白质组学。2009 PMID：19235172 审查。
使用离线二氧化钛柱进行磷酸蛋白质组学的磷酸肽富集。
Yu LR，Veenstra T。 Yu LR等。方法分子生物学。2013;1002:93-103. doi:10.1007/978-1-62703-360-28。方法分子生物学。2013 PMID：23625397 免费PMC文章。
基于质谱的磷蛋白组学富集和分离策略的最新进展。
杨C，钟X，李L。 Yang C等人。电泳。2014年12月；35(24):3418-29. doi:10.1002/elps.201400017。Epub 2014年6月16日。电泳。2014 PMID：24687451 免费PMC文章。审查。

查看所有类似文章

引用人

走向精确医学，预测转移性乳腺癌患者的药物敏感性。
Bottoso M、Mosele F、Michiels S、Cournède PH、Dogan S、Labaki C、AndréF。 Bottoso M等人。 ESMO打开。2024年3月；9(3):102247. doi:10.1016/j.esmoop.2024.102247。Epub 2024年2月23日。 ESMO打开。2024 PMID：38401248 免费PMC文章。审查。
Omics、计算技术和建模时代的溶瘤病毒：论文、反命题和合成。
Menotti L，Vannini A。 Menotti L等人。国际分子科学杂志。2023年12月12日；24(24):17378. doi:10.3390/ijms242417378。国际分子科学杂志。2023 PMID：38139207 免费PMC文章。审查。
转移细胞在癌症生态系统网络中利用其化学计量生态位。
Castillo SP、Rebolledo RA、Arim M、Hochberg ME、Marquet PA。 Castillo SP等人。《科学促进》2023年12月15日；9（50）：eadi7902。doi:10.1126/sciadv.adi7902。Epub 2023年12月13日。科学进展2023。 PMID：38091399 免费PMC文章。
CircGPRC5A通过稳定PPP1CA和诱导YAP去磷酸化促进结直肠癌进展。
Chen Z，Li Y，He K，Yang J，Deng Q，Chen Y，Fu Z。 Chen Z等。《实验临床癌症研究杂志》2023年12月6日；42(1):334. doi:10.1186/s13046-023-02915-7。《2023年实验与临床癌症研究杂志》。 PMID：38057879 免费PMC文章。
促甲状腺激素受体D633H敲除小鼠中丝裂原活化蛋白激酶信号的激活和甲状腺乳头状癌的发生。
Eszlinger M、Stephenson A、Mirhadi S、Patyra K、Moran MF、Khalil M、Kero J、Paschke R。 Eszlinger M等人。《欧洲甲状腺杂志》2023年10月3日；12（6）：e230049。doi:10.1530/ETJ-23-0049。2023年12月1日印刷。《欧洲甲状腺杂志》2023。 PMID：37855416 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Amanchy，R.，Kalume，D.E.，Iwahori，A.，Zhong，J.，Pandey，A.，2005年。使用细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记（SILAC）对HeLa细胞进行磷蛋白组分析。《蛋白质组研究杂志》，1661-1671年。-公共医学
1. Amanchy，R.，Kalume，D.E.，Pandey，A.，2005年。细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记（SILAC）用于研究蛋白质丰度和翻译后修饰的动力学。科学。斯托克。第二语言-公共医学
1. Amanchy，R.、Zhong，J.、Hong，R.，Kim，J.H.、Gucek，M.、Cole，R.N.、Molina，H.、Pandey，A.，2009年。血小板衍生生长因子受体信号传导中c-Src酪氨酸激酶底物的鉴定。摩尔·昂科尔。3, 439–450.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Amanchy，R.、Zhong，J.、Molina，H.、Chaerkady，R.，Iwahori，A.、Kalume，D.E.、Gronborg，M.、Joore，J.，Cope，L.、Pandey，A.，2008年。使用质谱和肽微阵列鉴定c-Src酪氨酸激酶底物。蛋白质组研究杂志7，3900–3910。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Andersson，L.，Porath，J.，1986年。通过固定化金属（Fe3+）亲和色谱分离磷酸蛋白。分析。生物化学。154, 250–254.-公共医学

出版物类型

行动
行动
行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动

物质

行动
行动
行动

赠款和资金

N01 HV028180/HV/NHLBI NIH HHS/美国

LinkOut-更多资源

全文源

[1] Amanchy，R.，Kalume，D.E.，Iwahori，A.，Zhong，J.，Pandey，A.，2005年。使用细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记（SILAC）对HeLa细胞进行磷蛋白组分析。《蛋白质组研究杂志》，1661-1671年。-公共医学

[2] Amanchy，R.，Kalume，D.E.，Iwahori，A.，Zhong，J.，Pandey，A.，2005年。使用细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记（SILAC）对HeLa细胞进行磷蛋白组分析。《蛋白质组研究杂志》，1661-1671年。-公共医学

[3] Amanchy，R.，Kalume，D.E.，Pandey，A.，2005年。细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记（SILAC）用于研究蛋白质丰度和翻译后修饰的动力学。科学。斯托克。第二语言-公共医学

[4] Amanchy，R.，Kalume，D.E.，Pandey，A.，2005年。细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记（SILAC）用于研究蛋白质丰度和翻译后修饰的动力学。科学。斯托克。第二语言-公共医学

[5] Amanchy，R.、Zhong，J.、Hong，R.，Kim，J.H.、Gucek，M.、Cole，R.N.、Molina，H.、Pandey，A.，2009年。血小板衍生生长因子受体信号传导中c-Src酪氨酸激酶底物的鉴定。摩尔·昂科尔。3, 439–450.-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Amanchy，R.、Zhong，J.、Hong，R.，Kim，J.H.、Gucek，M.、Cole，R.N.、Molina，H.、Pandey，A.，2009年。血小板衍生生长因子受体信号传导中c-Src酪氨酸激酶底物的鉴定。摩尔·昂科尔。3, 439–450.-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Amanchy，R.、Zhong，J.、Molina，H.、Chaerkady，R.，Iwahori，A.、Kalume，D.E.、Gronborg，M.、Joore，J.，Cope，L.、Pandey，A.，2008年。使用质谱和肽微阵列鉴定c-Src酪氨酸激酶底物。蛋白质组研究杂志7，3900–3910。-项目管理咨询公司-公共医学

[8] Amanchy，R.、Zhong，J.、Molina，H.、Chaerkady，R.，Iwahori，A.、Kalume，D.E.、Gronborg，M.、Joore，J.，Cope，L.、Pandey，A.，2008年。使用质谱和肽微阵列鉴定c-Src酪氨酸激酶底物。蛋白质组研究杂志7，3900–3910。-项目管理咨询公司-公共医学

[9] Andersson，L.，Porath，J.，1986年。通过固定化金属（Fe3+）亲和色谱分离磷酸蛋白。分析。生物化学。154, 250–254.-公共医学

[10] Andersson，L.，Porath，J.，1986年。通过固定化金属（Fe3+）亲和色谱分离磷酸蛋白。分析。生物化学。154, 250–254.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

癌症中的磷酸蛋白质组学

附属

癌症中的磷蛋白组学

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源