Network-based prediction of protein function

doi:10.1038/msb4100129

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.2007:3:88.

doi:10.1038/msb4100129。 Epub 2007年3月13日。

基于网络的蛋白质功能预测

罗德·沙兰¹, 伊戈尔·乌里茨基, 罗恩·沙米尔

附属公司

PMID： 17353930
预防性维修识别码：项目经理1847944
内政部： 10.1038/msb4100129

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基于网络的蛋白质功能预测

罗德·沙兰等。分子系统生物. 2007.

.2007:3:88.

doi:10.1038/msb4100129。 Epub 2007年3月13日。

作者

罗德·沙兰¹, 伊戈尔·乌里茨基, 罗恩·沙米尔

附属

¹以色列特拉维夫特拉维夫大学计算机科学学院。

PMID： 17353930
预防性维修识别码：第1847944页
内政部： 10.1038/msb4100129

摘要

蛋白质的功能注释是后基因组时代的一个基本问题。最近许多模型物种的蛋白质相互作用网络的可用性促进了解释此类数据以阐明蛋白质功能的计算方法的发展。在这篇综述中，我们描述了当前任务的计算方法，包括通过网络传播功能信息的直接方法，以及推断网络内功能模块并将其用于注释任务的模块辅助方法。虽然已经开发了各种各样有趣的方法，但这一领域的进一步进展将取决于对这些方法的系统评估及其在生物界的传播。

PubMed免责声明

数字

图2
功能注释的直接方法与模块辅助方法。该图显示了一个网络，其中一些蛋白质的功能是已知的（顶部），其中每个功能用不同的颜色表示。未注释的蛋白质为白色。在直接法（左）中，这些蛋白质被赋予了一种在其相邻蛋白质中异常普遍的颜色。边缘的方向表示注释蛋白质对未注释蛋白质的影响。在模块辅助方法（右）中，首先根据模块的密度来识别模块。然后，在每个模块中，未标记的蛋白质被分配到模块中异常普遍的功能。在这两种方法中，蛋白质可能具有多种功能。

图3
蛋白质功能距离与网络距离的相关性。*X（X）*-axis：网络中的距离。*Y（Y）*-轴：位于指定距离的蛋白质对的平均功能相似性。两种蛋白质的功能相似性是通过其GO类别（Lord）的语义相似性来衡量的等, 2003).

图4
使用SAMBA框架集成多个数据源等，2004），不同的基因特征由属性表示(A类). 首先离散量化特征，如基因表达水平。基因和属性由二分图中的节点表示(B类)边缘将基因与其所具有的属性联系在一起。SAMBA算法寻找由基因子集和属性子集组成的模块，使得这些子集在图中密集连接。

图5
直接方法与模块辅助方法的性能比较。比较相邻计数法（Schwikowski）精确度的两个接收机工作特性（ROC）曲线等和MCODE方法（Bader和Hogue，2003），使用从BioGRID（Stark）获得的PPI网络预测GO生物过程注释等, 2006). ROC曲线通常用于在改变预测阈值时，通过绘制真阳性率与假阳性率来评估预测性能。在这里使用的邻域计数变体中，如果超几何浓缩，则为蛋白质指定一个功能对-蛋白质直接邻域中的功能值低于某个阈值。使用Cytoscape插件获得MCODE聚类，“节点得分截止”参数设置为0.05，其他参数为默认值。使用MCODE，我们预测蛋白质的功能，如果该功能对-蛋白质模块中的值低于某个阈值。通过改变阈值获得每个ROC曲线。在这两种方法的分析中，只使用了分配给至少一个MCODE簇的蛋白质。

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[10] Ashburner M、Ball CA、Blake JA、Botstein D、Butler H、Cherry JM、Davis AP、Dolinski K、Dwight SS、Eppig JT、Harris MA、Hill DP、Issel-Tarver L、Kasarskis A、Lewis S、Matese JC、Richardson JE、Ringwald M、Rubin GM、Sherlock G（2000）《基因本体论：生物学统一的工具》。基因本体联盟。《自然遗传学》25:25–29-项目管理咨询公司-公共医学

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