• GEO出版物
  • 讲义
  • NAR 2024（最新）
  • NAR 2002（原件）
  • 所有出版物
• 常见问题解答
• 迈阿密
• 发送电子邮件给GEO

GEO概述

• 概述
• 数据组织
• 查询和分析

概述

GEO是一个国际公共存储库，用于存档和自由分发微阵列，下一代测序和其他形式的高通量研究团体提交的功能基因组数据。

GEO的三个主要目标是：

1. 提供一个健壮、通用的数据库，在其中高效地存储高吞吐量功能基因组数据（参见数据组织)
2. 提供简单的提交程序和格式，支持完整和注释完善来自研究团体的数据存储（参见提交指南)
3. 提供用户友好的机制，允许用户查询、定位、查看和下载感兴趣的研究和基因表达谱（参见查询和分析)

请参阅GEO文件列表以查找有关GEO各个方面的更多信息。

数据组织

GEO记录组织如下：

站台	平台记录由提交者提供 平台记录由阵列或定序器的摘要描述组成，定义数组模板的数据表。为每个平台记录分配一个唯一且稳定的GEO登录号（GPLxxx）。一个平台可以参考许多样本由多个提交者提交的。 示例平台记录»	A类	数组或序列器的文本描述
		B类	数组模板的文本制表符分隔表
样品	样本记录由提交人提供 样本记录描述了处理单个样本的条件，它所经历的操作，以及每一个的丰度测量元素派生而来。每个Sample记录都分配了一个唯一的稳定的GEO登录号（GSMxxx）。示例实体必须引用只有一个平台，可以包含在多个系列中。 示例示例记录»	C	生物样品的文本描述及其所遵循的协议
		天	处理的杂交结果的文本制表符分隔表 （可以选择包括原始数据列）
		E类	原始原始数据文件或处理后的序列数据文件
系列	系列记录由提交者提供 系列记录将一组相关样本链接在一起，并提供整个研究的焦点和描述。系列记录还可能包含描述提取数据的表格，总结结论或分析。每个序列记录都分配了一个唯一且稳定的GEO登录号（GSExxx）。 系列记录示例»	F类	整个实验的文本描述
		G公司	原始原始数据文件或处理后的序列数据文件的Tar存档

选定的主记录将进行高级渲染，以生成数据集和基因配置文件记录：

数据集	数据集记录由GEO管理员汇编 如上所述，GEO系列记录是原始记录提交者提供的总结实验的记录。GEO工作人员将这些数据重新组合成GEO数据集记录（GDSxxx）。 数据集表示生物和具有统计可比性的GEO样本，构成GEO的基础数据显示和分析工具套件。 数据集中的示例引用相同的平台，也就是说，它们共享通用数组元素集。内每个样品的值测量假定数据集以等效的方式计算，即，诸如后台处理和规范化之类的考虑因素跨数据集保持一致。信息反映实验因子通过DataSet子集提供。 系列和数据集都可以使用GEO数据集接口，但只有数据集构成GEO高级数据显示和分析工具的基础包括基因表达谱图和数据集聚类。并非所有提交的数据都适用于DataSet程序集，我们在创建DataSet时遇到了积压，因此，并非所有系列都有相应的DataSet记录。 有关更多信息，请参阅关于GEO数据集第页。 数据集记录示例»	H（H）
简况	配置文件派生自数据集 Profile由DataSet中所有Samples中单个基因的表达度量组成。可以使用GEO配置文件接口。 有关更多信息，请参阅关于GEO配置文件第页。 简介记录示例»	我

查询与分析

可以通过多种方式检索和分析GEO数据：

• 要查看您有登录号的特定GEO记录，使用GEO登录框位于GEO主页或位于每个GEO记录的顶部。
• 要下载数据，请参阅下载GEO数据第页。
• 要快速查找与您兴趣相关的数据，请搜索GEO数据集和GEO配置文件:

  • GEO数据集是一个学习水平用户可以搜索与其兴趣相关的研究的数据库。该数据库存储所有原始提交者提供的记录以及管理的数据集的描述。有关GEO DataSet和如何解释GEO DataSets结果页面的更多信息可以在上找到关于GEO数据集第页。

  • GEO配置文件是一个基因水平用户可以搜索与其兴趣相关的基因表达谱的数据库。有关GEO Profiles和如何解释GEO Proffiles结果页面的更多信息可以在上找到关于GEO配置文件第页。

  只需在搜索框中输入适当的关键字和短语，即可有效地执行GEO DataSet和GEO Profiles搜索。然而，考虑到这些数据库中存储的大量数据，为了筛选出最相关的数据，执行更精细的查询通常很有用。中提供了有关如何执行复杂查询的示例和完整详细信息查询GEO数据集和GEO配置文件第页。此外，这个高级搜索工具，链接在GEO DataSet和GEO Profiles页面的顶部，极大地帮助构建复杂查询：

  • GEO数据集高级搜索
  • GEO配置文件高级搜索
• 一旦确定了感兴趣的数据集，数据集记录上有几个功能可以帮助您确定该研究中有趣的基因表达谱，包括t检验工具和聚类。有关这些功能的完整信息，请参阅关于GEO数据集第页。
• 一旦你确定了感兴趣的基因表达谱档案记录上有几个链接，有助于识别其他感兴趣的基因，包括相似表达的基因或染色体上紧密相邻的基因。有关这些链接的完整信息，请参阅关于GEO配置文件第页。