MIAME和MINSEQE指南
这个MIAME公司(关于微阵列实验的最低信息)和MINSEQE公司(关于下一代测序实验)指南概述了描述微阵列或测序研究时应包括在内。许多期刊资助机构要求微阵列数据符合MIAME和MINSEQE标准。
MIAME合规性与提交格式或路径无关,而与提供的内容有关
GEO存款程序允许并鼓励提交者提供符合MIAME和MINSEQE的数据。所有GEO提交程序都设计为严格遵循MIAME和MINSEQE检查表;如果您提供了所有要求的信息,您的提交将符合要求。
对MIAME最关键的六个要素是:
- 每个分析的原始数据(例如CEL或FASTQ文件)
- 研究中一组分析的最终处理(标准化)数据(例如,用于得出研究结论的基因表达数据计数矩阵)
- 基本样本注释(例如组织、性别和年龄)和实验因素及其值(例如,剂量反应研究中的化合物和剂量)
- 包括样本数据关系的实验设计(例如,哪个原始数据文件与哪个样品相关,哪些分析是技术性的,哪些是生物复制品)
- 数组或序列特征的充分注释检查(例如,基因标识符、基因组坐标)
- 基本实验室和数据处理协议(例如,使用什么标准化方法来获得最终处理的数据)
本文讨论了有关GEO和数据标准的更多信息和背景自然生物技术通信.