国家生物技术信息中心(NCBI)美国国立卫生研究院医学图书馆(NLM)是生物信息学领域;它研究基础的计算方法提供生物医学信息和生物信息学工具。NCBI拥有大约40篇在线文献和分子生物数据库,包括PubMed、PubMed-Central和GenBank为全球数百万用户提供服务。NCBI手册第二版,2013年11月与NCBI成立25周年同时发布,旨在全面概述NCBI信息资源的广度,以及对范围、数据、基础设施、处理和访问的深入描述用于每个主要数据库或资源。数据库和资源在这里组织分为七个概念领域:文学、基因组、变异、健康、基因和基因表达、核苷酸、蛋白质、小分子和生物检测。三个其他类别包括工具、基础设施和元数据。每个概念区域以概述一章开始,该章为在该概念下讨论的资源;概述之后是单独的涵盖单个数据库或资源的章节。
与第一版一样,NCBI手册第二版面向高级NCBI资源用户了解生物信息学资源在NCBI的工作中。它不是一个循序渐进的用户手册,而是对NCBI用户指南的补充,教程、帮助信息和其他现有文档。我们的目的是手册将尽可能反映数据库的现状,NCBI的资源和工具,并定期更新信息。
目录
- 编辑和审稿人
- NCBI的形成和发展简史
肯特·史密斯。
- 文学类
- NCBI文献资源
埃德·塞奎拉(Ed Sequeira)。
创建日期:2013年11月14日。
- NLM目录
莎拉·维斯。
创建日期:2013年2月21日;上次更新日期:2013年7月19日。
- PubMed:书目数据库
凯西·卡内斯和莎拉·韦斯。
创建日期:2002年10月9日;上次更新日期:2013年3月20日。
- 公共医学中心
Chris Maloney、Ed Sequeira、Christopher Kelly、Rebecca Orris和Jeffrey Beck。
创建日期:2013年11月14日;上次更新日期:2013年12月5日。
- 书架
玛丽卢·霍普纳(Marilu Hoeppner)、马丁·拉特纳(Martin Lattener)和卡兰吉特·斯扬(Karanjit Siyan)。
创建日期:2013年3月18日;上次更新日期:2013年11月4日。
- NLM DTD至NISO JATS Z39.96-2012
杰弗里·贝克和劳拉·兰德尔。
创建日期:2013年11月14日。
- NIH手稿提交系统
阿比盖尔·阿克兰(Abigail Acland)。
创建日期:2013年3月15日。
- 基因组
- 变更
- 变体概述
迪安娜教堂(Deanna Church)、斯蒂芬·雪莉(Stephen Sherry)、朗芬(Lon Phan)、明洪区(Minghong Ward)、梅丽莎·兰德鲁姆(Melissa Landrum)和唐娜·马格洛特(Donna Maglott)。
创建日期:2013年11月14日。
- 基因型和表型数据库(dbGaP)和PheGenI
Kimberly A Tryka、Luning Hao、Anne Sturcke、Yumi Jin、Masato Kimura、Zhen Y Wang、Lora Ziyabari、Moira Lee和Michael Feolo。
创建日期:2013年8月15日。
- 短基因变异数据库(dbSNP)
阿德里安·基茨(Adrienne Kitts)、伦·潘(Lon Phan)、明红·沃德(Minghong Ward)和约翰·布拉德利·霍姆斯(John Bradley Holmes)。
创建日期:2013年6月30日;上次更新日期:2014年4月3日。
- 数据库变量
阿德里安·基茨(Adrienne Kitts)、迪安娜教堂(Deanna Church)、蒂姆·赫费伦(Tim Hefferon)和隆芬(Lon Phan)。
创建日期:2014年10月26日。
- ClinVar公司
梅丽莎·兰德鲁姆(Melissa Landrum)、詹妮弗·李(Jennifer Lee)、乔治·莱利(George Riley)、汪海·张(Wonhee Jang)、温迪·鲁宾斯坦(Wendy Rubinstein)、迪安娜教堂(Deanna Church)和唐娜·马格洛特(Donna。
创建日期:2013年11月21日。
- 健康
- MedGen公司
玛丽亚姆·哈拉维(Maryam Halavi)、唐娜·马格洛特(Donna Maglott)、维亚切斯拉夫·戈列连科夫(Viatcheslav Gorelenkov)和温迪·鲁宾斯坦(Wendy Rubinstein)。
创建日期:2013年5月28日;最后更新:2018年12月11日。
- ClinVar公司
梅丽莎·兰德鲁姆(Melissa Landrum)、詹妮弗·李(Jennifer Lee)、乔治·莱利(George Riley)、汪海·张(Wonhee Jang)、温迪·鲁宾斯坦(Wendy Rubinstein)、迪安娜教堂(Deanna Church)和唐娜·马格。
创建日期:2013年11月21日。
- 基因与基因表达
- 核苷酸
- 蛋白质
- 小分子和生物检测
- 工具
- 元数据
- 词汇表