三维高分子结构
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资源
 

分子模型数据库（MMDB）

 实验性解决结构蛋白质、RNA和DNA的蛋白质数据库（PDB），具有增值功能特征，如通过计算确定的显式化学图3D域用于识别类似的3D结构以及与文学的链接，相似序列，有关的信息化学制品绑定到结构，等等。例如，这些连接可以找到感兴趣的蛋白质序列同源物的3D结构，然后以交互方式查看序列结构关系,活动站点,结合化学品、期刊文章等。
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通过MMDB ID或PDB ID检索：
 
 

iCn3D

 新的基于WebGL的查看器web上三维大分子结构的交互式浏览，无需安装单独的应用程序，并使您能够（1）交互式查看3D结构和相应的序列数据；（2） 交互式查看相似结构的叠加；（3） 裁减结构的显示，并生成允许您共享链接的URL；（4） 将iCn3D合并到您自己的页面中。可以从“关于iCn3D“第页。
关于 iCn3D API帮助  github  出版物
 
 

Cn3D公司

 三维结构可视化工具，可用于Mac和PC，重点是交互式考试序列结构关系几何相似结构的叠加。Cn3D可用于显示MMDB结构、VAST相似结构的叠加以及在保守域中识别的保守核心基序。
关于 安装 辅导的 常见问题解答 出版物
 
 

矢量对齐搜索工具（VAST）

 NCBI开发的一种计算机算法，用于识别相似的蛋白质三维结构通过纯粹的几何标准，并识别无法通过序列比较识别的同源序列。MMDB中每个结构的“类似结构”都是使用VAST预先计算的，并可通过MMDB结构摘要页面上的链接访问。这个VAST搜索web服务还允许您比较中新解析的结构的坐标PDB文件格式针对MMDB中的所有结构查找其邻居。
关于 搜索 VAST帮助 VAST搜索帮助 nrPDB公司 出版物
 
 

矢量对齐搜索工具Plus（VAST+）

 一种用于识别具有类似三维结构的大分子的工具，重点是发现那些具有类似生物组合("生物单位“或”生物单位“）。相似度是使用纯粹的几何标准计算的，因此可以识别序列比较无法识别的远距离同源物。VAST+是建立在原始序列的基础上的矢量对齐搜索工具(VAST公司)，并扩展了该程序的功能，使其现在能够找到具有相似形状的生物单元的大分子结构，而不仅仅是那些共享相似形状的单个蛋白质分子或片段的结构。
搜索 VAST+帮助 出版物
 
 
 
 
 
如何利用高分子结构资源：示例 返回顶部
 

检索感兴趣的基因/蛋白质产物的结构
 

将查询蛋白与3D结构中的类似序列对齐，并交互式查看序列/结构关系
 

检索绑定到特定化学品（例如阿司匹林）的3D结构
 

交互式查看3D结构及其相应的序列数据，以检查序列-结构关系
 

找到3D形状与感兴趣结构相似的蛋白质结构，而不管序列相似程度如何
 

将PDB格式的新解析三维结构与公共领域中已知结构的三维坐标进行比较
 
 
查看所有“操作方法”>>
 
集锦
 
将蛋白质与类似序列对齐
从3D结构中交互查看序列/结构关系

在免费的Cn3D软件程序中查看的显示查询蛋白序列与具有解析3D结构的类似序列对齐的图像。Cn3D允许您以交互方式查看序列结构关系。单击图像以查看有关如何执行此操作的逐步说明。



检索具有以下特征的三维结构：
  
   仅蛋白质   仅DNA   仅RNA   
   蛋白质+化学   DNA+化学   RNA+化学   
   蛋白质+DNA   蛋白质+RNA   DNA+RNA   
     
  “如何“页面提供了搜索依据的提示分子类型,基因/蛋白质产品，等等。您还可以检索上面的任何搜索集，然后将感兴趣的术语添加到查询框中。例如，尝试这样做：（a）遵循“蛋白质+化学”的链接；（b） 插入与神经纤维蛋白在搜索结果页面顶部的查询框中；（c）按“Go”（转到）检索与化学物质结合的神经纤维蛋白结构.  

 
 
 2021年3月10日修订