iCn3D 2.22.0发布

【2020年11月30日】iCn3D 2.22.0现已上市在NCBI web服务器和GitHub上(https://github.com/ncbi/icn3d). 随着iCn3D 2.22.0的最新发布，用户现在可以直观地看到非同义序列变化的后果，并可以在野生型的3D视图和选定SNP的替代侧链之间切换，如下所示例子。在“序列和注释”窗口中，用户可以在菜单“分析>查看序列和注释（Analysis>View Sequences&Annotations）”中单击选项卡“详细信息”和复选框“SNP”或“ClinVar”以查看已知序列变化（如果可用）。将鼠标移到SNP/ClinVar残基上，显示三个按钮：“3D with scap”、“Interactions”和“PDB”，用户可以在野生型和突变型结构之间切换，在交互之间切换，或下载坐标。当用户点击“交互”时，2D交互网络窗口也会弹出，以不同的颜色显示交互的变化。使用scap web服务动态预测变种的坐标，该服务从scap程序转换而来(http://honig.c2b2.columbia.edu/scap). web服务从SNP获取10埃范围内的残基坐标，使用旋转体库预测侧链构象，并输出突变和相邻残基的坐标。另一个新功能动态计算并显示选定蛋白质的内部伪对称性，如下所示例子。对称性是使用symd web服务计算的，该服务是从symd程序转换而来的(网址：https://symd.nci.nih.gov/).

iCn3D 2.20.0发布

[2020年10月7日]iCn3D 2.20.0现在可用在NCBI web服务器和GitHub上(https://github.com/ncbi/icn3d). 用户现在可以查看30000个原子内任何3D结构子集的静电势图。通过求解线性泊松-玻尔兹曼方程，使用DelPhi程序计算电势。用户可以显示表面电位或显示等电位图。势图定性地显示了电荷对分子相互作用的影响。这个例子显示了Gleevec与Abl2结合的静电势。配体显示-25 mV（红色）和+25 mV（蓝色）等电位图，网格尺寸为65，盐浓度为0.15 M，pH值为7。蛋白质的表面电位梯度为-75 mV（红色）到+75 mV（蓝色）。可以从菜单“分析>DelPhi电位”访问此新功能。用户还可以下载PQR文件格式和指定的部分费用。

最近引入的其他功能包括：

• 可视化选定SARS-CoV-2结构的观测序列变化
• 通过小部件“icn3dpy”在Jupyter笔记本中提供iCn3D（pypi.org/project/icn3dpy）
• 可视化结合位点或一个交互界面
• 能够为导出模型3D打印
• 正在显示跨膜蛋白
• 显示表面图，EM图，或电子密度图
• 查看1D序列和2D交互
• 对齐两个结构，两条链条，或结构的蛋白质序列和重新排列这些排列。
• 添加自定义曲目各种格式（FASTA、床文件等）
• 显示交互作用的力定向图
• 计算和显示溶剂可及表面积
• 正在显示对称可用时

更多功能列于www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/icn3d.html

iCn3D 2.18.0发布

[2020年7月22日]iCn3D2.18.0现已在NCBI web服务器和GitHub上提供(https://github.com/ncbi/icn3d). 用户可以查看2019-nCov结构的SNP在“序列和注释”窗口中。用户还可以访问2D交互网络和2D交互图通过选择菜单“查看>氢键和相互作用”，了解蛋白质与蛋白质或蛋白质之间的相互作用。另一个新功能是“icn3dpy”是iCn3D的Jupyter笔记本小部件，它使数据科学家能够在Jupyter环境中使用iCn三维。用户可以在Jupyter笔记本中直接查看预定义的显示或创建自定义视图。例如，使用Jupyter笔记本查看2019-nCov spike（S）糖蛋白的SNP，并将其保存为HTML格式.

iCn3D 2.15.0发布

[2020年4月21日]iCn3D2.15.0现已在NCBI web服务器上和GitHub上提供(https://github.com/ncbi/icn3d). 要查看更新的web应用程序，请从分子建模数据库（MMDB），打开其结构摘要页面，然后单击分子图形中的“全功能3D查看器”按钮。例如，检索包含术语的结构SARS-COV-2型，单击感兴趣的结构以打开其摘要页面，然后单击“全功能3D查看器“或者，打开iCn3D并使用“文件”菜单要通过ID检索结构（例如，输入二维数字8加载与中和抗体复合的Sars-Cov尖峰受体结合域的晶体结构）或在本地计算机上打开结构文件。A类带实况示例的图库演示了使用iCn3D查看和分析结构的各种方法。这个iCn3D Web API文档描述了如何在您自己的网页中使用iCn3D结构查看器。

这个带实况示例的图库现在包括新冠肺炎相关结构：

• SARS-COV-2受体结合域与ACE2受体相互作用（PDB ID:6M0J）.
• RBD与患者抗体CR3022相互作用（PDB ID:6W41）.
• 比较病毒受体结合域（PDB ID 6W41和2DD8）上SARS-COV-1和SARS-COV 2表位的两种抗体.
• 将多序列对齐显示为轨迹并添加自定义颜色（PDB ID 6M0J）.

新功能在此iCn3D版本中，包括以下功能：

• 通过使用“颜色>残留物>自定义."
• 添加“自定义颜色“对于中的任何链”序列和注释“窗口。
• 单击“添加曲目“在中”序列和注释“窗口。
• 显示相同的结构“肩并肩“在中的两个视图中”查看“菜单。每个视图都有相同的方向，但可以有一个独立的3D显示。一个例子显示在图库中，其中每个视图显示一个对齐的结构。
• 使用iCn3D菜单选项“文件>重新对齐，“如果要查看与VAST+或动态链对齐生成的对齐不同的对齐。特别是，“重新对齐”选项允许您选择感兴趣的残留物，并重新对齐这些残留物上的结构或链。
  对于例子，一些链条，例如6ACK_C和6M0J_E使用动态校准时校准不好。使用“重新对齐”功能，您可以选择这两条链，然后根据其序列数据对齐。序列比对中残留物的3D坐标用于生成新的结构路线.
• 这个更改日志的部分iCn3D Web API帮助文档列表其他增强功能自iCn3D最初发布以来，已对其进行了修改。

iCn3D 2.10.0发布

[2019年12月5日]iCn3D2.10.0现在可从NCBI web服务器和GitHub获得(https://github.com/ncbi/icn3d). 要查看更新的web应用程序，打开iCn3D并使用“文件”菜单通过ID检索结构或在本地计算机上打开结构文件。A类带实况示例的图库演示了使用iCn3D查看和分析结构的各种方法。这个iCn3D Web API文档描述了如何在您自己的网页中使用iCn3D结构查看器。

新功能在此版本中包括：

• 使用菜单以3D形式显示每个氢键和触点“查看>氢键和互动”。
• 显示膜跨膜蛋白使用来自的数据膜中蛋白质的定向（OPM）。该功能可从“文件>按ID检索>OPM PDB ID”。
• 显示/输出盐桥; 在菜单“颜色>次要>光谱”中选择带光谱的彩色螺旋和薄片。
• 启用了移动式菜单URL参数为“mobilemenu=1”。
• 添加了“标签刻度”以缩放所有标签。
• 改进了的显示结合位点有雾和石板。
• 通过单击“对齐>序列到结构”。
• 这个更改日志的部分iCn3D Web API帮助文档列表其他增强功能自iCn3D最初发布以来，已对其进行了修改。

PDB中3D结构序列的多字符标识符

[2019年4月1日]实验方法的进步允许对更大的生物分子组装体进行三维（3D）结构测定。为了适应这种情况RCSB蛋白质数据库（PDB）放宽了他们的限制，即3D大分子结构记录中的单个生物聚合物（蛋白质和核苷酸序列）由单个字符标记。具体来说，生物聚合物标识符现在可能长达四个字符。

• 这一变化要求NCBI修改其处理PDB衍生序列记录的方式。
• 最初和最明显的影响将出现在爆破DBv5（请参见BLAST公告)，它将支持PDB派生序列的多字符标识符。但是，任何来自NCBI或在其他地方创建的软件都假定一个单字符PDB链标识符将受到影响。
• 这些更改还将影响分子模型数据库（MMDB），这是源自PDB、和相关结构服务。在MMDB中完全实现多字符标识符后，本页将提供有关NCBI结构服务如何受到影响的更多详细信息。

iCn3D 2.6.0发布

[2019年3月19日]iCn3D2.6.0现已在NCBI web服务器上和GitHub上提供(https://github.com/ncbi/icn3d). 要查看更新的web应用程序，请参阅下面的示例结构，或使用iCn3D的“文件”菜单通过结构的ID检索结构，或在本地计算机上打开结构文件。这个iCn3D Web API文档描述了如何在您自己的网页中使用iCn3D结构查看器。

新功能在此版本中包括：

• 现在可以将蛋白质序列与3D结构对齐包含类似的蛋白质序列。这可以通过打开“文件“菜单和选择”对齐>序列到结构“结果对话框允许您输入（a）查询蛋白质的序列ID（或FASTA序列），以及（b）由爆炸使用查询蛋白质对蛋白质数据库蛋白质（pdb）进行搜索。
• 作为例子，打开的iCn3D显示NP_001108451与1TSR_A对齐这表明人类肿瘤蛋白63亚型3（NP_001108451）与DNA复合物（1TSR_A）中P53核心结构域的蛋白链A的3D结构对齐。
• 序列-结构或结构-结构对齐的默认配色方案是按序列“Conservation”进行配色
• 这个更改日志的部分iCn3D Web API帮助文档列表其他增强功能自iCn3D最初发布以来，已对其进行了修改。

发布了iCn3D 2.5.0

[2019年1月31日]iCn3D2.5.0现已在NCBI web服务器上和GitHub上提供(https://github.com/ncbi/icn3d). 要查看更新的web应用程序，请参阅下面的示例结构，或使用iCn3D“文件”菜单通过ID检索结构或在本地计算机上打开结构文件。这个iCn3D Web API文档描述了如何在您自己的网页中使用iCn3D结构查看器。

新功能在此版本中包括：

• 电子显微镜（EM）图现在可以为EM确定的结构的任何子集显示（例如：6年)，以补充iCn3D 2.4.0中提供的用于X射线晶体学测定结构的电子密度图（例如：3GVU（全球价值单位）).
• 一个新的注释，二硫键，现在在中可用序列和注释窗口。
• 非标准生物聚合物，如含有大量非标准残基的核苷酸或蛋白质序列，现在显示为平行四边形 在iCn3D中二维窗口(交互示意图).作为例子，打开结构iCn3D中的4GLS.单击任意图标在相互作用示意图中突出显示三维窗口（分子图形）并仅显示一维窗口（序列和注释）。使用控制+单击在2D和3D窗口中高亮显示多个分子，并在1D视图中显示所有选定的分子。
• 这个更改日志的部分iCn3D Web API帮助文档列表其他增强功能自iCn3D最初发布以来，已对其进行了修改。

更新的MMDB结构摘要页面具有更快的加载时间

[2019年1月24日]分子模型数据库（MMDB）结构摘要页面已修改为使用可缩放矢量图形(SVG公司)绘制交互示意图和蛋白质注释在中分子成分表，提高了后端响应时间和页面加载时间。这个交互示意图还增强了功能，包括一个新图标(平行四边形 )的非标准生物聚合物，一个从显示屏上移除化学品的选项，以及在交互示意图中移动图标的功能。作为例子，查看4GLS的MMDB摘要页“P21空间群中化学合成的杂手性{D-蛋白拮抗剂和VEGF-A}蛋白复合物的晶体结构。”
这个MMDB帮助文档提供有关结构摘要页面的其他信息，包括一个示例。

iCn3D 2.4.0发布

【2018年12月17日】iCn3D2.4.0现已在NCBI网络服务器和GitHub上提供(https://github.com/ncbi/icn3d). 作为更新的web应用程序的示例，打开1TUP：肿瘤抑制因子P53与Dna复合或使用iCn3D“文件”菜单通过ID检索结构或在本地计算机上打开结构文件。这个iCn3D Web API文档描述了如何在您自己的网页中使用iCn3D结构查看器。

新功能在此版本中包括：

• 显示电子密度图对于晶体结构的任何子集，现在可从iCn3D获得“样式“菜单。
• 这个iCn3D PNG图像文件，由“文件>保存文件>iCn3D PNG图像“菜单选项，现在包括结构的静态图像和统一资源定位地址它捕获了保存结构之前用于自定义结构的一系列iCn3D命令（例如，选择、样式、颜色、位置）。因此，PNG文件可以作为静态图像（如果在照片查看软件中打开），或作为交互式三维结构（如果在iCn3D中使用“文件>打开文件>iCn3D PNG图像”菜单选项打开）。保存为iCn3D PNG图像文件一部分的URL与iCn3D生成的URL相同“文件>共享链接”菜单选项。
• 基因符号现在显示在“序列和注释“窗口。
• 这个更改日志的部分iCn3D Web API帮助文档列表其他增强功能自2018年4月发布iCn3D 2.0以来，已对iCn3D进行了修改。

iCn3D 2.0发布

[2018年4月17日]iCn3D2.0现已在NCBI网络服务器和GitHub上提供(https://github.com/ncbi/icn3d).此版本中的新功能包括：

• 全新“序列和注释窗口可从iCn3D“窗口”菜单访问，并已取代以前的“序列”窗口。
• 各种各样的生物学注释现在可以使用，例如具有临床意义的序列变异(ClinVar公司)，单核苷酸多态性(单核苷酸多态性),3D域,保守域,功能性场地,交互界面，以及更多，可以在序列数据和相应的3D结构上查看。
• 作为例子，打开的视图1TUP：与DNA复合的肿瘤抑制因子P53，定制用于显示ClinVar数据和功能位点在“序列和注释”窗口中
• 这个“摘要”选项卡在“序列和注释“窗口显示图形摘要您选择查看的注释。单击注释轨迹的名称（例如ClinVar），以在相应的3D结构上高亮显示该轨迹的所有注释。
• 这个“详细信息”选项卡显示映射到序列数据。单击序列中的单个残留物以查看其在3D中的位置，并将鼠标悬停在“序列和注释”窗口中的注释上，以阅读有关单个注释的更多信息和/或链接到其他数据库中的相关信息。
• 3D打印现在在“文件”菜单中可用
• 此选项导出两个立体光刻(STL公司)和虚拟现实建模语言(虚拟现实建模语言)用于3D打印的文件。
• A类“搜索”按钮位于iCn3D的右上角附近，可以输入一个字母IUPAC代码对于序列残基，在序列数据和3D结构中找到它们。
• 作为例子，打开结构1TUP：与DNA复合的肿瘤抑制因子P53和：
• 输入R（右）在“搜索”框中查找所有精氨酸残基，或
• 输入RLG公司找到所有相邻的含有精氨酸、亮氨酸和甘氨酸的序列区域。
• 的模糊代码X（X）可以用来表示任何氨基酸，因此搜索RXLG公司将找到包含精氨酸的所有序列区域，然后是任何氨基酸，然后是亮氨酸和甘氨酸。
• 您搜索的序列残留物将在3D结构、2D交互原理图和1D序列窗口中高亮显示。
• “仅查看所选内容“视图”菜单中的选项将刷新所有iCn3D窗口（3D结构、2D交互示意图以及1D序列和注释），以仅显示选定的对象。
• 作为例子，打开结构1TUP：与DNA复合的肿瘤抑制因子P53和：
• 使用CTRL+单击选择蛋白质1TUP_A型和1TUP_C型从“序列和注释”（1D）窗口，或从“交互”（2D）窗口。
• 使用“视图>仅查看当前选择“菜单选项，在所有窗口中仅显示选定的蛋白质，包括在分子图形（3D）窗口中。
• 使用“视图>重置>全部“菜单选项以恢复到3D窗口中的原始视图
• 重新加载iCn3D页面以恢复所有窗口（3D、2D和1D）中的原始视图。
• “定义的集合“选择”菜单中的选项是以前的“高级”、“结构”、“链”、“自定义”菜单的组合版本。
• 默认情况下，“选择集”窗口（当您选择“选择>定义集”菜单选项时出现）列出结构中的每个蛋白质和核苷酸分子，允许您选择一个或多个单独的生物分子。它还提供了选择结构中所有“离子”、“核苷酸”或“蛋白质”的选项。
• 如果需要，还可以将自定义集添加到“选择集”窗口。为此，请执行以下操作：
• 打开“序列和注释”窗口中的“详细信息”选项卡，选择感兴趣的项目（例如，蛋白质分子中的单个氨基酸）
• 在“选择：名称”和“描述”文本框中输入所选数据集的名称和描述。
• 点击“保存”按钮
• 然后，自定义集的名称将显示在“选择集”窗口中。
• 自定义集还可以与iCn3D选项一起使用，例如“视图>仅查看当前选择”、“样式”和“颜色”，允许您在所有iCn三维窗口中隔离自定义集，和/或以所需样式渲染它。也可以通过“文件>保存文件>状态文件”菜单选项保存以备将来使用。

iCn3D 1.2.0发布

【2016年8月17日】iCn3D1.2.0现在可在NCBI web服务器上使用(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/icn3d.html)和GitHub上的(https://github.com/ncbi/icn3d). 此版本中的新功能包括：

• 一个交互示意图当结构加载为MMDB文件。可用于选择/突出显示分子组分(图示示例)或交互界面(图示示例)
• 如果输入PDB文件未定义二级结构信息，则计算二级结构
• 以前的文件src/icn3d.js、src/full_ui.js和src/simple_ui.js被分隔为几个小文件

这个iCn3D帮助文档提供了有关查看器的其他详细信息，包括iCn3D的使用示例.

发布了VAST+的新版本

[2016年7月27日]新版VAST公司+已发布。它提供了基于结构的精细对齐并显示了最近发布的iCn3D基于WebGL的结构查看器。这个初始对准在首次释放VAST+时可用的类似大分子复合物中，使用了单独排列的大分子和相应的匹配氨基酸计算复合结构的叠加。相反，VAST+的新版本确定了氨基酸子集有高度相似的3D位置在查询和主题中复杂结构，并使用它创建精细对齐允许识别和可视化结构中最相似的部分（结构不变核以及结构之间的差异。

• 一个插图概述了VAST+算法中的一般概念，并包括1HHO和4N7N（人类血红蛋白的氧和脱氧形式）的初始比对以及精细比对的示例。
• iCn3D提供了初始路线的交互式视图、和精细路线的交互式视图、1HHO和4N7N，这是上图中所示的人类氧和脱氧血红蛋白的样本结构。

iCn3D 1.0现在可用

[2016年4月28日]iCn3D 1.0现在可用。它是一种新的基于WebGL的查看器，用于在web上交互式查看三维大分子结构，无需安装单独的应用程序，并使您能够：

• 交互式查看3D结构和相应的序列数据
• 交互式查看相似结构的叠加
• 裁减结构的显示并生成允许您共享链接的URL
• 将iCn3D合并到您自己的页面中

可以从“关于iCn3D“第页。

iCn3D可以从分子图解法出现在结构摘要页面中的任何记录分子模型数据库（MMDB）.

例如，查看的MMDB摘要页面肿瘤抑制因子P53与DNA复合（1TUP）。单击旋转图标在分子图中在iCn3D的基本版本中打开结构，或单击启动图标到在iCn3D的高级（全功能）版本中打开结构在一个单独的窗口中。

您还可以直接访问iCn3D的高级版本，网址为https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/full.html，您可以使用“文件”菜单通过ID检索结构或打开本地计算机上的结构文件。

这个源代码可从GitHub获得(https://github.com/ncbi/icn3d)对于希望自定义程序和/或贡献代码的开发人员，以及希望在本地计算机上运行程序的用户。

以交互式分子图形为特色的新结构摘要页面

【2016年4月28日】百万分贝结构摘要页面已修改为功能交互式分子图形使用iCn3D，一种新的基于WebGL的三维大分子结构查看器。A类旋转图标在分子图形中，将iCn3D的基本版本加载到网页中，使您能够以所需的样式呈现结构，并通过单击相应的交互示意图.A型启动图标在单独的窗口中打开iCn3D的高级（完整功能）版本。作为例子，查看肿瘤抑制因子P53与DNA复合（1TUP）的MMDB摘要页面。有关更多信息，请参阅MMDB帮助文档和关于iCn3D第页。

VAST公司+ 释放！找到具有类似高分子复合物的3D结构

[2013年12月6日]VAST公司+是一种新的工具，旨在识别具有类似三维结构的大分子，重点是寻找类似的大分子复合物。相似度是使用纯几何标准计算的，不考虑序列相似度，因此可以识别遥远的同源物。VAST+是在原有基础上构建的矢量对齐搜索工具（VAST），并通过考虑生物单位（“生物单元”），而不仅仅是单个蛋白质分子或其亚结构。最近出版提供了详细信息，VAST+帮助文档包括比较原始VAST和VAST+，以及如何使用VAST+了解更多蛋白质的示例.（请注意：为了查看类似生物单元的3D叠加，您必须安装最新版本的NCBI分子查看软件，Cn3D 4.3.1.)

VAST+搜索结果 1B26年 谷氨酸脱氢酶(海洋热藻)，截至2013年12月2日1GTM（1GTM）. 单击图像上的任意位置以 打开包含1B26的当前VAST+结果的实时网页 打开包含1B26 VAST+结果的实时网页

Cn3D 4.3.1现已上市

[2013年12月6日]新版NCBI大分子结构观察程序，Cn3D 4.3.1，现在可用(下载). 新功能包括查看具有类似结构的三维结构的叠加生物单位新发布的VAST公司+，的增强版本矢量对齐搜索工具（VAST）.此外，Cn3D 4.3.1现在使用MIME类型：application/vnd.ncbi.Cn3D。在4.3版之前，Cn3D使用MIME类型：chemical/ncbi-asn1-binary。

合并的PDB拆分文件：查看大分子的整体

[2012年7月25日]现在可以交互查看和/或下载整个大分子结构，例如病毒衣壳如下图所示大鼠肝穹窿、和核糖体结构通过诺贝尔奖获得者V.Ramakrishnan等等。这些和大约150个其他大分子结构超过了PDB文件格式中隐含的大小限制，因此被分割成几个PDB文件。MMDB数据处理程序将文件合并到单个结构记录中，合并的文件可以通过交互方式查看Cn3D公司4.3 (安装). 你也可以检索所有合并文件，如果需要。

PDB分割文件对于 腺相关病毒血清型6（Aav-6） MMDB合并文件 PDB编号：1伏U0 PDB编号：1伏U1 PDB编号：3TSX公司 MMDB ID：99554 单击上面的缩略图以在中打开合并的文件Cn3D公司4.3和交互式查看整个结构及其序列数据。

Entrez结构 界面重新设计

【2011年7月25日】NCBI结构数据库现在有一个修改过的主页、搜索界面和搜索结果显示，功能类似于PubMed中的功能。更改包括：（a）简化的主页，带有相关资源的链接；（b） “高级搜索”页面，可以一次生成一个查询词，浏览任何搜索字段的索引，并组合早期搜索; 和（c）新的搜索结果显示，在右边空白处提供搜索过滤器、相关数据和工具的链接。

Cn3D 4.3现已上市

[2011年5月25日]NCBI高分子结构观察程序的新版本，Cn3D 4.3，现在可用(下载). 新功能包括查看生物单位，包括那些包含通过应用变换生成的分子的晶体对称性，并排立体视图、用于编辑多序列对齐的其他对齐算法、新的突出显示功能等。它类似于Cn3D 4.2预览版它与CDTree一起打包，但已经打包为一个独立的程序，并进行了增强，以处理新的分子建模数据库（MMDB）数据规范，该规范现在包括生物单元和相互作用。

以生物单元和相互作用为特色的新结构摘要页面

[2011年5月9日]MMDB结构摘要页面已修改，以显示每个结构的显著特征，包括其生物单位和一个交互示意图描述结构之间的相互作用分子组分如下面的人类血红蛋白示例所示。这个识别结构生物单元的程序和用于显示交互的阈值在帮助文档中进行了描述。

不对称单元人类血红蛋白的三种不同结构记录中的（原始数据）： 生物单位 在所有方面都很相似 PDB编号：2DN2型 MMDB ID：39206 PDB编号：1升 MMDB ID：20898 PDB编号：1个LFL MMDB ID：20896 MMDB公司摘要页面默认情况下显示生物单位： 完成四聚体人类血红蛋白 一半四聚体的，它可以通过应用来自晶体对称性 两份副本四聚体的   和一个交互示意图:

Cn3D 4.2预览可用

[2011年5月9日]NCBI结构查看程序新版本预览，Cn3D公司4.2，与CD目录树程序(安装). 新功能包括：

• 查看生物单位在一个结构中识别，包括那些包含通过应用变换而产生的分子的结构晶体对称性
• 并排立体视图
• 编辑多序列比对的附加比对算法
• 新的突出显示功能
• 更健壮的序列标识符处理

“所选结构”显示在Entrez Structure搜索结果中

[2010年6月3日]当您搜索Entrez结构（分子建模数据库）数据库，“选定的结构“摘要框现在显示在搜索结果页面（例如，查看搜索结果p53抑癌基因). “选定结构”框列出了前五个蛋白质结构域家族在检索到的结构中发现，推断蛋白质功能，以及前五个有机体在结构中表示。它还可以方便地访问搜索结果中的各种结构记录子集，例如组成特定分子组合（例如，蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA、蛋白质-化学），以及与公共医学或在中释放全文公共医学中心.

推断生物分子相互作用服务器（IBIS）公开可用

【2009年8月18日】NCBI推断生物分子相互作用服务器（IBIS）服务器公开。对于给定的蛋白质序列或结构查询，IBIS报告在该蛋白质的实验确定结构中观察到的物理相互作用。IBIS还通过检查给定查询的密切同源物形成的蛋白质复合物，通过同源性推断/预测相互作用的伙伴和结合位点。为了确保推断的结合位点的生物相关性，IBIS算法基于结合位点序列和结构守恒对同源物形成的结合位点进行聚类。(阅读有关IBIS的更多信息；其他出版物)