自我配置
NCBI的web服务器使用MIME类型向Cn3D发送数据应用程序/vnd.ncbi.cn3d.（在4.3版之前，Cn3D使用MIME类型chemical/ncbi-asn1-binary。）许多现代浏览器会允许您在第一次下载具有新MIME类型的文件时选择应用程序。如果浏览器为您提供了“打开方式”选项，请将其指向安装Cn3D 4.3.1的文件夹中的Cn3D应用程序。您还经常可以选择在将来自动启动该应用程序。
要在安装Cn3D后测试您的配置是否正常，请单击下图，该图应启动Cn3D 4.3.1，并应显示与此图中所示非常类似的结构和视点：
 单击此处测试Cn3D！
如果Cn3D 4.3.1没有通过测试图像启动，请查看下面关于如何设置特定浏览器的提示。您可能需要咨询系统管理员以获得帮助。
配置Internet Explorer
在Windows上，这应由安装程序完成。如果没有，你需要在资源管理器中设置一个新的文件类型，该文件类型与扩展名“.cn3”关联具有MIME类型应用程序/vnd.ncbi.cn3d和Cn3D.exe应用程序。（在4.3版之前，Cn3D使用MIME类型：chemical/ncbi-asn1-binary。从4.3.1版开始，Cn三维使用MIME的类型：application/vnd.ncbi.Cn3D。对于升级到4.3.1版的用户，可能需要将.cn3文件扩展名与此新的MIME类型重新关联。）
配置Firefox
Firefox允许您配置“下载操作”，通过选中下载对话框中的“从现在开始自动为此类文件执行此操作”框，在Cn3D中自动打开下载的文件。（请参见https://support.mozilla.org/en-US/kb/change-firefox-behavior-when打开文件详细信息。）要在Firefox中更改此行为（或将其重新配置为在Cn3D 4.3.1中而不是早期版本中打开），请转到其文件：首选项面板，然后选择应用程序选项卡。在内容类型列，单击对应的操作.cn3号文件并从下拉菜单中选择一个替代操作。
Macintosh用户注意：
在OSX下的浏览器上配置助手应用程序似乎很困难或不可能。特别是，Safari根本没有配置助手应用程序的机制。这种行为被认为是Mac计算机上的一种安全功能，并不特定于Cn3D。但是，您应该能够将数据文件保存到桌面或下载文件夹，并且可以a）将文件拖放到Cn3D图标上，b）按住Ctrl键单击.cn3文件并从“打开方式”弹出菜单中选择Cn3D.app，或者c）双击.cn3文件（如果已建立文件类型关联）手动启动它。
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