巨大的：矢量对齐搜索工具 关于 搜索 帮助 编号-PDB 出版物 资源 新闻 发现     关于VAST     VAST公司，是的缩写V（V）向量A类对齐S公司耳朵T型工具，是NCBI开发的一种计算机算法，用于识别类似的蛋白质三维结构（“类似结构“）由纯几何准则以及识别序列比较无法识别的远距离同源序列。 查找形状相似的 单个蛋白质分子 或3D域   这个原始VAST查找三维相似的结构单个蛋白质分子，或个人3D域。单击可查看原始样式的VAST显示“原始VAST”按钮在任何VAST+搜索结果页面上。这个原始VAST帮助文档提供了举例说明原始风格VAST搜索结果,路线示意图，以及一个示例三维叠加来自细菌、昆虫和人类的脂类化合物。这个VAST+帮助文档提供举例说明更新的VAST+搜索结果，您可以在每个插图的右上角附近看到“Original VAST”（原始VAST）按钮，并总结了VAST和VAST之间的差异+.出版物提供有关两者的更多详细信息。 查找形状相似的 高分子复合物   安增强的资源,VAST公司+，查找与查询结构类似的三维结构大分子复合物(生物单位)。“”中的搜索表单检索预先计算的结果“此页下面的部分将检索您指定的查询结构的VAST+结果。这个VAST+帮助文档提供举例说明VAST+搜索结果，具有类似的结构谷氨酸脱氢酶(海洋热托加)和脱氧血红蛋白(智人)。帮助文档还描述了VAST和VAST之间的差异+. 检索预先计算的结果   VAST和VAST+应用于分子模型数据库（MMDB）在期间MMDB数据处理以识别类似的3D结构。 要检索预先计算的结果，按照“类似结构“链接结构的摘要页面或使用任何访问方法在中描述VAST帮助文档 从结构摘要页面查找类似结构时，新样式VAST+结果默认情况下显示。图解示例VAST+搜索结果在中可用VAST+帮助文档在右边的缩略图中。 如果您喜欢查看原装VAST显示器，单击“原始VAST”按钮在任何VAST+搜索结果页面上。阅读更多关于VAST和VAST之间的差异+.   使用新结构搜索 （PDB格式的文件）   如果您有新解析的蛋白质结构它还不在MMDB中，您可以使用VAST搜索服务到输入您的数据PDB文件格式并将您的结构与MMDB中的所有结构进行比较，以找到3D相似结构。这个VAST Search帮助文档提供了有关使用VAST搜索页面的其他信息。 请注意，此时，VAST搜索仍然返回结果原始样式VAST显示器，列出了与单个蛋白质分子相似的结构3D域并允许您查看它们的序列对齐和3D叠加。 新的VAST公司+搜索结果，根据相似结构的生物单位与查询结构的相似性，以及提供查看生物单元序列比对和重叠的能力，目前仅针对公共数据库中可用的结构进行计算。 查看三维结构 和叠加   无论是从公共可用结构的摘要页面还是通过VAST搜索检索原始VAST类似结构，都可以使用免费的Cn3D公司结构查看程序查看查询结构和类似结构的叠加，如举例说明来自细菌、昆虫和人类的脂质运载蛋白，出现在原始VAST帮助文档。单击该插图可在免费Cn3D程序中打开交互式3D对齐。请注意Cn3D公司4.3.1必须安装在计算机中才能打开文件。这个Cn3D教程提供了有关的其他详细信息在Cn3D中查看结构路线. 注意：当您使用检索类似结构时VAST公司+而不是原始的VAST，3D叠加将在中自动打开iCn3D，NCBI的基于web的结构查看器，无需下载/安装单独的应用程序。

2016年9月26日修订